Rationally designed peptides with interfacial activity: a molecular dynamics study at the decane-water interface

Los biosurfactantes son moléculas con actividad interfacial procedentes de fuentes naturales que tienen una creciente demanda mundial, ya que han demostrado potencial para convertirse en sustitutos de varias aplicaciones en las que dominan sus homólogos petroquímicos. Tienen un comportamiento interf...

Full description

Autores:
Pérez Bejarano, Johana Valentina
Fajardo Rojas, Jair Fernando
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Universidad de los Andes
Repositorio:
Séneca: repositorio Uniandes
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/53882
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/1992/53882
Palabra clave:
Biotensoactivos
Péptidos
Dinámica molecular
Ingeniería
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description Los biosurfactantes son moléculas con actividad interfacial procedentes de fuentes naturales que tienen una creciente demanda mundial, ya que han demostrado potencial para convertirse en sustitutos de varias aplicaciones en las que dominan sus homólogos petroquímicos. Tienen un comportamiento interfacial similar en un amplio rango de temperaturas, presiones y pH, y su liberación al medio ambiente tiene un impacto mínimo. Sin embargo, su producción aún no es económicamente competitiva y diferentes esfuerzos han sido realizados para mitigar este inconveniente. En este trabajo se evaluó la actividad interfacial de dos péptidos diseñados racionalmente (Surf-UAC1, Surf-UAC2) mediante simulaciones de dinámica molecular. Se verificaron sus estabilidades, perfiles de densidad, energías de interacción, curvas promedio de IFT, conformaciones y orientaciones en la interfaz decano-agua. Ambos péptidos se diseñaron in-silico, basándose en las polaridades y propiedades de los aminoácidos para facilitar su posterior producción y purificación a nivel macroscópico. Se propuso una nueva metodología de simulación con el campo de fuerzas OPLS-AA para evaluar la actividad interfacial de dichas moléculas. Los resultados muestran que esta metodología proporciona datos precisos de tensión interfacial. A bajas concentraciones, los péptidos se adsorben aleatoriamente en la interfaz líquido-líquido. A medida que aumenta la concentración, la interfaz se satura y se forma un agregado de péptidos con forma irregular. Este comportamiento sugiere que, tras la saturación de la interfase, existe una barrera de adsorción que se atribuye al gran tamaño de los péptidos. Se observa el fenómeno de reorganización de los péptidos en la interfaz. Estos resultados se asemejan a los de otros sistemas de origen petroquímico. La comprensión molecular adquirida proporcionará información valiosa para rediseñar los péptidos buscando características específicas en función de la aplicación industrial.
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Tienen un comportamiento interfacial similar en un amplio rango de temperaturas, presiones y pH, y su liberación al medio ambiente tiene un impacto mínimo. Sin embargo, su producción aún no es económicamente competitiva y diferentes esfuerzos han sido realizados para mitigar este inconveniente. En este trabajo se evaluó la actividad interfacial de dos péptidos diseñados racionalmente (Surf-UAC1, Surf-UAC2) mediante simulaciones de dinámica molecular. Se verificaron sus estabilidades, perfiles de densidad, energías de interacción, curvas promedio de IFT, conformaciones y orientaciones en la interfaz decano-agua. Ambos péptidos se diseñaron in-silico, basándose en las polaridades y propiedades de los aminoácidos para facilitar su posterior producción y purificación a nivel macroscópico. Se propuso una nueva metodología de simulación con el campo de fuerzas OPLS-AA para evaluar la actividad interfacial de dichas moléculas. Los resultados muestran que esta metodología proporciona datos precisos de tensión interfacial. A bajas concentraciones, los péptidos se adsorben aleatoriamente en la interfaz líquido-líquido. A medida que aumenta la concentración, la interfaz se satura y se forma un agregado de péptidos con forma irregular. Este comportamiento sugiere que, tras la saturación de la interfase, existe una barrera de adsorción que se atribuye al gran tamaño de los péptidos. Se observa el fenómeno de reorganización de los péptidos en la interfaz. Estos resultados se asemejan a los de otros sistemas de origen petroquímico. La comprensión molecular adquirida proporcionará información valiosa para rediseñar los péptidos buscando características específicas en función de la aplicación industrial.Biosurfactants are surface-active molecules obtained from natural sources that are in increasing global demand, as they have shown potential to become substitutes for several applications where their petrochemical counterparts dominate. They exhibit similar interfacial behavior over a wide range of temperatures, pressures, and pH, and their release to the environment has a minimal impact. However, their production is not yet cost-competitive, and different efforts have been made to mitigate this drawback. This work evaluated the interfacial activity of two rationally designed peptides (Surf-UAC1, Surf-UAC2) using molecular dynamics simulations. Their stabilities, mass density profiles, interaction energies, average IFT curves, conformations, and orientations were assessed at the decane-water interface. Both peptides were in-silico designed, based on the polarities and properties of the amino acids, to facilitate their subsequent production and purification at the macroscopic level. A new simulation methodology with the OPLS-AA force field was proposed to evaluate the interfacial activity of these molecules. The results show that this methodology provides accurate interfacial tension data. At low concentrations, the peptides are randomly adsorbed at the liquid-liquid interface. As the concentration increases, the interface becomes saturated, and an irregularly shaped peptide cluster is formed. This behavior strongly suggests that after interfacial saturation, there is an adsorption barrier attributed to the large size of the peptides. Reorganization of the peptides at the interface is observed. These findings resemble other systems of petrochemical origin. The molecular understanding acquired with this study will provide valuable information for redesigning the peptides looking for specific features depending on the industrial application.Magíster en Ingeniería QuímicaMaestría49 páginasapplication/pdfengUniversidad de los AndesMaestría en Ingeniería QuímicaFacultad de IngenieríaDepartamento de Ingeniería Química y de AlimentosRationally designed peptides with interfacial activity: a molecular dynamics study at the decane-water interfaceTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMBiotensoactivosPéptidosDinámica molecularIngeniería201318484Publicationhttps://scholar.google.es/citations?user=KRpunCoAAAAJvirtual::14011-10000-0001-8810-9526virtual::14011-1https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000069593virtual::14011-1ce1c2534-6d8a-4981-8def-52f4d33132favirtual::14011-110c65e28-e393-4bfe-91e5-f3a7d32e6771virtual::14012-1ce1c2534-6d8a-4981-8def-52f4d33132favirtual::14011-110c65e28-e393-4bfe-91e5-f3a7d32e6771virtual::14012-1ORIGINAL24912.pdfapplication/pdf2527298https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/e838d865-df38-4820-9bcb-e083ea905832/download8ce76dbab1359b6948476ad5a280f2ccMD51TEXT24912.pdf.txt24912.pdf.txtExtracted texttext/plain127009https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/3662c63a-f551-45e2-b6dc-ab8c11c11628/download828549db00fb4147c6fbd8fc6a539a80MD54THUMBNAIL24912.pdf.jpg24912.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg11691https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/64f15a5c-c899-47a6-be09-c2984d7f5ad3/downloade0b9ede9564c0544a28c911b8bc979bbMD551992/53882oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/538822024-03-13 15:05:21.839http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co