Identificación Molecular de Levaduras Asociadas a la Fermentación de Cacao Artesanal en el Departamento de Santander

Digital

Autores:
León Díaz, Laura Katherine
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Universidad de Santander
Repositorio:
Repositorio Universidad de Santander
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.udes.edu.co:001/5526
Acceso en línea:
https://repositorio.udes.edu.co/handle/001/5526
Palabra clave:
Cacao
Levaduras fermentadoras
ADN ribosomal
Cocoa
Fermenting yeasts
Ribosomal DNA
Rights
openAccess
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Derechos Reservados - Universidad de Santander, 2021
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spelling Rueda Forero, Nohora Julianafdefebdb-5a74-4c59-ba33-4ff4cc09bca4-1Sandoval Lozano, Claudia Johanna15784c8e-726a-4890-98b8-972d4bc0787d-1León Díaz, Laura Katherine06aa219c-c3c8-47d8-917d-e530af66c9eb-12021-08-20T19:40:07Z2021-08-20T19:40:07Z2021-01-25DigitalEl cacao ha sido priorizado en Colombia como uno de los productos agropecuarios con mayor potencial gracias al reconocimiento mundial de la calidad de los genotipos que se cultivan en el país (cacao criollo, forastero e híbrido) ya que cuenta con las condiciones adecuadas para el cultivo de este fruto. La fermentación es un proceso de reacciones químicas, mediante las cuales, los azúcares contenidos en la pulpa se transforman en productos como agua, alcohol etílico y ácido acético, entre otras sustancias, por la acción de microorganismos como las levaduras. En este estudio se realizó una caracterización e identificación molecular de levaduras relacionadas a la fermentación de cacao (Theobroma cacao L) mediante PCR punto final de las regiones 5.8S ITS y 26S (dominio D1/D2) del ADN ribosomal (ADNr) utilizando dos pares de cebadores específicos para cada región (ITS y NL) empleando así los siguientes ITS1 (5'- TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3') e ITS4 (5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'); NL-1F (5’- GCA TAT CAA TAA GCG GAG GAA AAG-3’) y NL-4R (5’-GGT CCG TGT TTC AAG ACG G-3’) realizando un análisis filogenético para las regiones y determinar su género y especie. Se identificaron un total de 40 aislados destacándose Hanseniaspora opuntiae, Pichia kluyverii y Torulaspora delbrueckii como las levaduras dominantes en este estudio, seguidas de Cándida parapsilopsis, Cándida sobosivorans, Criptococcus sp, Hanseniospora meyeri, Pichia kluyverii, Pichia kudriavzevii, Pichia mashurica, Pichia occidentalis, Rhodotorula acuta, Rhodotorula mucilaginosa, Saccharomyces cerevisiae, y Wickerhamomyces anomalus, todas estas con capacidad productoras de compuestos volátiles que le aportan propiedades organolépticas a los granos de cacao.Cocoa has been prioritized in Colombia as one of the agricultural products with the greatest potential thanks to the worldwide recognition of the quality of the genotypes that are cultivated in the country (Creole, foreign and hybrid cocoa) since it has the appropriate conditions for cultivation. of this fruit. Fermentation is a process of chemical reactions, through which the sugars contained in the pulp are transformed into products such as water, ethyl alcohol and acetic acid, among other substances, by the action of microorganisms such as yeast. In this study, a molecular characterization and identification of yeasts related to cocoa fermentation (Theobroma cacao L) was carried out by end-point PCR of the 5.8S ITS and 26S regions (D1 / D2 domain) of ribosomal DNA (rDNA) using two pairs of specific primers for each region (ITS and NL) thus using the following ITS1 (5'-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3 ') and ITS4 (5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'); NL-1F (5'-GCA TAT CAA TAA GCG GAG GAA AAG-3 ') and NL-4R (5'-GGT CCG TGT TTC AAG ACG G-3') performing a phylogenetic analysis for the regions and determining their gender and species. A total of 40 isolates were identified, highlighting Hanseniaspora opuntiae, Pichia kluyverii and Torulaspora delbrueckii as the dominant yeasts in this study, followed by Candida parapsilopsis, Cándida sobosivorans, Criptococcus sp, Hanseniospora meyeri, Pichia kluyhurria, Pichia kluyverria, Pichia kluyhurria occidental , Rhodotorula acuta, Rhodotorula mucilaginosa, Saccharomyces cerevisiae, and Wickerhamomyces anomalus, all of these with the capacity to produce volatile compounds that provide organoleptic properties to cocoa beans.PregradoMicrobiólogo Industrial1 ed.Introducción .............................................................................................................................. 16 1. Planteamiento del Problema .................................................................................................. 19 2. Justificación .......................................................................................................................... 21 3. Objetivos ............................................................................................................................... 24 3.1 Objetivo General ................................................................................................................. 24 3.2 Objetivos Específicos .......................................................................................................... 24 4. Marco Referencial ................................................................................................................. 25 4.1 Estado del Arte .................................................................................................................... 25 4.2 Marco Teórico ..................................................................................................................... 30 4.2.1 Proceso de Fermentación del Cacao .................................................................................. 30 4.2.2 Roles de los Microorganismos Involucrados en la Fermentación ...................................... 32 4.2.2.1 Levaduras ...................................................................................................................... 32 4.2.2.2 Bacterias ........................................................................................................................ 35 4.2.3 Métodos de Identificación Molecular ................................................................................ 36 4.2.3.1 Métodos Basados en el Análisis de Regiones Ribosómicas. .......................................... 37 4.2.3.1.1 Secuenciación de Regiones Ribosómicas .................................................................... 38 4.2.3.1.2 Polimorfismo de Longitud en los Fragmentos de Restricción del rDNA/rRNA (RFLPs) .................................................................................................................................. 38 4.2.3.1.3 PCR-DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) ............................................. 39 4.2.3.1.4 PCR en Tiempo Real .................................................................................................. 39 4.3 Marco Legal ........................................................................................................................ 40 5. Hipótesis ............................................................................................................................... 42 5.1 Hipótesis Nula ..................................................................................................................... 42 5.2 Hipótesis Alternativa ........................................................................................................... 42 6. Método .................................................................................................................................. 43 6.1 Diseño del Estudio .............................................................................................................. 43 6.2 Metodología ........................................................................................................................ 43 6.3 Materiales y Métodos ................................................................................................ 44 6.3.1 Cultivo de Levaduras de Interés ........................................................................................ 44 6.3.2 Extracción y Cuantificación de ADN Genómico ............................................................... 44 6.3.2.1Amplificación por PCR .................................................................................................. 45 6.3.2.2 Electroforesis................................................................................................................. 46 6.3.2.3 Purificación de PCR ...................................................................................................... 47 6.3.2.4 Secuencia y Filogenia.. .................................................................................................. 47 7. Resultados ............................................................................................................................. 49 7.1 Extracción, Cuantificación y Purificación de ADN Genómico ............................................. 49 7.2 Amplificación por PCR ....................................................................................................... 50 7.3 Análisis de Secuencia y Filogenia para cada Aislado ........................................................... 52 8. Discusión .............................................................................................................................. 61 9. Conclusiones ......................................................................................................................... 67 10. Recomendaciones ................................................................................................................ 68 Referencias Bibliográficas......................................................................................................... 69 Apéndices ................................................................................................................................. 7789 papplication/pdfT 33.21 L266ihttps://repositorio.udes.edu.co/handle/001/5526spaBucaramanga : Universidad de Santander, 2021Facultad de Ciencias Exactas, Naturales y AgropecuariasBucaramanga, ColombiaMicrobiología IndustrialDerechos Reservados - Universidad de Santander, 2021info:eu-repo/semantics/openAccessAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2CacaoLevaduras fermentadorasADN ribosomalCocoaFermenting yeastsRibosomal DNAIdentificación Molecular de Levaduras Asociadas a la Fermentación de Cacao Artesanal en el Departamento de SantanderTrabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTextinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttps://purl.org/redcol/resource_type/TPhttp://purl.org/coar/version/c_71e4c1898caa6e32Todas las AudienciasAfoakwa, E.O., Paterson, A., Fowler, M., Ryan, A., 2011. 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