The experience of teaching introductory programming skills to bioscientists in Brazil
La biología computacional ha ganado fuerza como disciplina científica independiente en los últimos años en América del Sur. Sin embargo, todavía existe una necesidad creciente de biocientíficos, de diferentes orígenes y con diferentes niveles, para adquirir habilidades de programación, lo que podría...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2021
- Institución:
- Universidad del Rosario
- Repositorio:
- Repositorio EdocUR - U. Rosario
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
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- Acceso en línea:
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- Palabra clave:
- Biología computacional
Biociencias Brasil
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Python
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Tecnología (Ciencias aplicadas)
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La biología computacional ha ganado fuerza como disciplina científica independiente en los últimos años en América del Sur. Sin embargo, todavía existe una necesidad creciente de biocientíficos, de diferentes orígenes y con diferentes niveles, para adquirir habilidades de programación, lo que podría reducir el tiempo de los datos a los conocimientos y conectar la comunicación entre los científicos de la vida y los informáticos. Python es un lenguaje de programación ampliamente utilizado en bioinformática y ciencia de datos, que es particularmente adecuado para principiantes. Aquí, describimos la concepción, organización e implementación del Taller Brasileño de Python para Datos Biológicos. Este taller ha sido organizado por estudiantes de pregrado y posgrado y apoyado, principalmente en asuntos administrativos, por profesores experimentados desde 2017. El taller fue concebido para enseñar a biocientíficos, principalmente estudiantes en Brasil, sobre cómo programar en un contexto biológico. El objetivo de este artículo fue compartir nuestra experiencia con la edición 2020 del taller en su formato virtual debido a la pandemia de la Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) y comparar y contrastar la experiencia de este año con las ediciones presenciales anteriores. Describimos un modelo de taller práctico y de codificación en vivo para enseñar la programación introductoria de Python. También destacamos las adaptaciones realizadas de formato presencial a online en 2020, la evaluación de los participantes sobre la progresión del aprendizaje y la gestión general del taller. Por último, brindamos un resumen y reflexiones de nuestras experiencias personales de los talleres de los últimos 4 años. Nuestras conclusiones incluyeron los beneficios del aprendizaje a partir de los comentarios de los alumnos (LLF, por sus siglas en inglés) que nos permitieron mejorar el taller en tiempo real, a corto y probablemente a largo plazo. Concluimos que el Taller Brasileño de Python para Datos Biológicos es un modelo de taller altamente efectivo para la enseñanza de un lenguaje de programación que permite a los biocientíficos ir más allá de una exploración inicial de habilidades de programación para el análisis de datos a mediano y largo plazo. |
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Sin embargo, todavía existe una necesidad creciente de biocientíficos, de diferentes orígenes y con diferentes niveles, para adquirir habilidades de programación, lo que podría reducir el tiempo de los datos a los conocimientos y conectar la comunicación entre los científicos de la vida y los informáticos. Python es un lenguaje de programación ampliamente utilizado en bioinformática y ciencia de datos, que es particularmente adecuado para principiantes. Aquí, describimos la concepción, organización e implementación del Taller Brasileño de Python para Datos Biológicos. Este taller ha sido organizado por estudiantes de pregrado y posgrado y apoyado, principalmente en asuntos administrativos, por profesores experimentados desde 2017. El taller fue concebido para enseñar a biocientíficos, principalmente estudiantes en Brasil, sobre cómo programar en un contexto biológico. El objetivo de este artículo fue compartir nuestra experiencia con la edición 2020 del taller en su formato virtual debido a la pandemia de la Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) y comparar y contrastar la experiencia de este año con las ediciones presenciales anteriores. Describimos un modelo de taller práctico y de codificación en vivo para enseñar la programación introductoria de Python. También destacamos las adaptaciones realizadas de formato presencial a online en 2020, la evaluación de los participantes sobre la progresión del aprendizaje y la gestión general del taller. Por último, brindamos un resumen y reflexiones de nuestras experiencias personales de los talleres de los últimos 4 años. Nuestras conclusiones incluyeron los beneficios del aprendizaje a partir de los comentarios de los alumnos (LLF, por sus siglas en inglés) que nos permitieron mejorar el taller en tiempo real, a corto y probablemente a largo plazo. Concluimos que el Taller Brasileño de Python para Datos Biológicos es un modelo de taller altamente efectivo para la enseñanza de un lenguaje de programación que permite a los biocientíficos ir más allá de una exploración inicial de habilidades de programación para el análisis de datos a mediano y largo plazo.Computational biology has gained traction as an independent scientific discipline over the last years in South America. However, there is still a growing need for bioscientists, from different backgrounds, with different levels, to acquire programming skills, which could reduce the time from data to insights and bridge communication between life scientists and computer scientists. Python is a programming language extensively used in bioinformatics and data science, which is particularly suitable for beginners. Here, we describe the conception, organization, and implementation of the Brazilian Python Workshop for Biological Data. This workshop has been organized by graduate and undergraduate students and supported, mostly in administrative matters, by experienced faculty members since 2017. The workshop was conceived for teaching bioscientists, mainly students in Brazil, on how to program in a biological context. The goal of this article was to share our experience with the 2020 edition of the workshop in its virtual format due to the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic and to compare and contrast this year’s experience with the previous in-person editions. We described a hands-on and live coding workshop model for teaching introductory Python programming. We also highlighted the adaptations made from in-person to online format in 2020, the participants’ assessment of learning progression, and general workshop management. Lastly, we provided a summary and reflections from our personal experiences from the workshops of the last 4 years. Our takeaways included the benefits of the learning from learners’ feedback (LLF) that allowed us to improve the workshop in real time, in the short, and likely in the long term. We concluded that the Brazilian Python Workshop for Biological Data is a highly effective workshop model for teaching a programming language that allows bioscientists to go beyond an initial exploration of programming skills for data analysis in the medium to long term.16 ppapplication/pdfhttps://doi.org/10.1371/journal.pcbi.10095341553-7358https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/35096enghttps://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1009534Atribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 ColombiaAbierto (Texto Completo)EL AUTOR, manifiesta que la obra objeto de la presente autorización es original y la realizó sin violar o usurpar derechos de autor de terceros, por lo tanto la obra es de exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre la misma. PARGRAFO: En caso de presentarse cualquier reclamación o acción por parte de un tercero en cuanto a los derechos de autor sobre la obra en cuestión, EL AUTOR, asumirá toda la responsabilidad, y saldrá en defensa de los derechos aquí autorizados; para todos los efectos la universidad actúa como un tercero de buena fe. EL AUTOR, autoriza a LA UNIVERSIDAD DEL ROSARIO, para que en los términos establecidos en la Ley 23 de 1982, Ley 44 de 1993, Decisión andina 351 de 1993, Decreto 460 de 1995 y demás normas generales sobre la materia, utilice y use la obra objeto de la presente autorización. -------------------------------------- POLITICA DE TRATAMIENTO DE DATOS PERSONALES. Declaro que autorizo previa y de forma informada el tratamiento de mis datos personales por parte de LA UNIVERSIDAD DEL ROSARIO para fines académicos y en aplicación de convenios con terceros o servicios conexos con actividades propias de la academia, con estricto cumplimiento de los principios de ley. Para el correcto ejercicio de mi derecho de habeas data cuento con la cuenta de correo habeasdata@urosario.edu.co, donde previa identificación podré solicitar la consulta, corrección y supresión de mis datos.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/co/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2instname:Universidad del Rosarioreponame:Repositorio Institucional EdocURBiología computacionalBiociencias BrasilLenguajes de programaciónPythonVisualización de datosHabilidades de programaciónTalleres de formaciónDatos biológicosMétodos de enseñanzaBiological dataTecnología (Ciencias aplicadas)600600Ciencias naturales & matemáticas500600Computational biologyBiosciences BrazilProgramming languagesPythonData visualizationProgramming skillsInformation workshopsTeaching methodsThe experience of teaching introductory programming skills to bioscientists in BrazilLa experiencia de enseñar habilidades de programación introductoria a biocientíficos en BrasilarticleArtículohttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85http://purl.org/coar/resource_type/c_6501Zuvanov, LuízaBasso Garcia, Ana LetyciaHenrique Correr, FernandoBizarria Júnior, RodolfoCosta Filho, AiltonHayasi da Costa, AlissonThomaz, AndreaPinheiro, Ana Lucia Riaño-Pachón, Diego MauricioVischi Winck, FlaviaEsteves, FrancieleRodrigues Alves Margarido, GabrielStanfoca Casagrande, Giovanna MariaFrajacomo, HenriqueMartins, LeonardoFeitosa Cavalheiro, MarianaGraf Grachet, NathaliaSilva, RaniereCerri, RicardoRamos, RommelMedeiros, Simone Daniela Sartorio deTavares, ThayanaCorrêa dos Santos, Renato AugustoORIGINALThe-experience-of-teaching.pdfThe-experience-of-teaching.pdfapplication/pdf991248https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/ece478ef-f15f-4067-be2c-a63c278d2b82/download9cb96282ab5ce0e3ccd6b3e5f72bb69cMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain1475https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/eef9a6a4-5178-476b-a894-a8078fbfd2e8/downloadfab9d9ed61d64f6ac005dee3306ae77eMD52CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-81037https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/e82cffed-272d-40f7-a426-2955e86375b3/download1487462a1490a8fc01f5999ce7b3b9ccMD53TEXTThe-experience-of-teaching.pdf.txtThe-experience-of-teaching.pdf.txtExtracted texttext/plain51189https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/bf1fff37-271f-4bdd-8d9d-05e94ca832a2/downloade3ed653ece1b45d6445e6544fbab8abaMD54THUMBNAILThe-experience-of-teaching.pdf.jpgThe-experience-of-teaching.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4690https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/6d58b6cf-f8ef-4984-849b-bd9a0a19b325/downloaddb4d71104d00d89d174cd0a3accb90a5MD5510336/35096oai:repository.urosario.edu.co:10336/350962022-09-02 03:03:52.463http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/co/Atribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Colombiahttps://repository.urosario.edu.coRepositorio institucional EdocURedocur@urosario.edu.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 |