Optimización de primers de PCR para el diagnóstico de especies de orquídeas en Colombia mediante Código de Barras de la Vida

La identificación de especies es esencial para conocer y descifrar la biodiversidad. El Código de Barras de la Vida (DNA barcode), es una herramienta molecular de identificación rápida y precisa que usa regiones semi-conservadas del genoma. Sin embargo, en plantas no hay un acuerdo sobre qué región del genoma sirven para actuar como códigos de barra de la vida universales en plantas. Además, para los loci sugeridos existen dos o más distintos pares de primers. Este trabajo evalúa la eficiencia en términos de éxito de amplificación de PCR y de variabilidad genética de seis loci, cinco del genoma del cloroplasto, matK, trnH-psbA, rbcL, ycf1-3’ y ycf1-5’, y un locus del genoma nuclear, rRNA-ITS, a través de un panel de ocho especies que representan las cuatro subfamilias de orquídeas presentes en Colombia. Al mismo tiempo, se optimizaron las condiciones de la PCR para temperatura de anillamiento de los primers y la concentración del Mg. Los resultados sugieren el uso del locus rRNA-ITS con los primers 17SE y 26SE para el diagnóstico de especies de orquídeas colombianas. Seaplicaron la estandarización de la metodología y el locus seleccionado anteriormente para elcaso de estudio sobre una comunidad de seis morfotipos del género Vanilla, en el municipio de Bahía Solano, Chocó. Cinco morfotipos fueron identificados hasta especie, basado en caracterización morfológica y genética; y un morfotipo no fue posible identificarlo morfológicamente. También se corroboró que el locus rRNA-ITS, presenta mayor variación interespecífica, lo que contribuye adecuadamente en el diagnóstico a nivel de especie en la familia Orchidaceae en Colombia.

• Autores: Navia Samboni, Yeison Andrés
• Tipo de recurso: Tesis
• Fecha de publicación: 2021
• Institución: Pontificia Universidad Javeriana Cali
• Repositorio: Vitela
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:vitela.javerianacali.edu.co:11522/1883
• Acceso en línea: https://vitela.javerianacali.edu.co/handle/11522/1883
• Palabra clave: DNA barcode; Primers; Vanilla; Optimización; PCR; Diagnóstico de especies
• Rights: openAccess
• License: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/