Machine learning with data augmentation to predict glucantime effectiveness against cutaneous leishmaniasis

Enfrentar problemas de análisis de datos en pequeños conjuntos de datos es un problema común en la investigación médica; asimismo, es un problema que dificulta mucho la aplicación y el éxito de los algoritmos clásicos de aprendizaje automático. Muchas técnicas han abordado el problema de un pequeño...

Full description

Autores:
Hoyos Urcué, Juan José
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana Cali
Repositorio:
Vitela
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:vitela.javerianacali.edu.co:11522/2841
Acceso en línea:
https://vitela.javerianacali.edu.co/handle/11522/2841
Palabra clave:
Machine Learning
Tabular data augmentation
Cutaneous leishmaniasis
Infectious disease
Synthetic data
Small dataset
K-Nearest neighbors
Logistic regression
Support vector machines
Rights
License
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description Enfrentar problemas de análisis de datos en pequeños conjuntos de datos es un problema común en la investigación médica; asimismo, es un problema que dificulta mucho la aplicación y el éxito de los algoritmos clásicos de aprendizaje automático. Muchas técnicas han abordado el problema de un pequeño conjunto de datos, principalmente para los campos de visión artificial y procesamiento de imágenes. Sin embargo, para los datos tabulares, se ha difundido muy poco. En este trabajo de grado se propone el uso de técnicas de aumento de datos tabulares para introducir instancias sintéticas bastante similares a las reales, particularmente en el contexto de un problema médico/social de predecir la efectividad de Glucantime como tratamiento contra la Leishmaniasis cutánea. Los experimentos muestran que el uso de estos algoritmos de aumento de datos mejora las características del conjunto de datos inicial y el rendimiento de los modelos de aprendizaje automático. El conjunto de datos utilizado en esta investigación tiene diez atributos y 18 registros.
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Los experimentos muestran que el uso de estos algoritmos de aumento de datos mejora las características del conjunto de datos inicial y el rendimiento de los modelos de aprendizaje automático. El conjunto de datos utilizado en esta investigación tiene diez atributos y 18 registros.Facing data analysis problems on small data sets is a common problem in medical research; likewise, it is a problem that makes the application and success of classic machine learning algorithms very difficult. Many techniques have tackled the problem of a small data set, mainly for computer vision and image processing fields. However, for tabular data, short has been disseminated. In this degree project, the use of tabular data augmentation techniques is proposed to introduce synthetic instances quite similar to real instances, particularly in the context of a medical/social problem of predicting the effectiveness of Glucantime as a treatment against cutaneous Leishmaniasis. Experiments show that using these data augmentation algorithms enhances the characteristics of the initial data set and dramatically improves the performance of machine learning models.70 p.application/pdfengPontificia Univerisdad Javeriana Calihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Machine LearningTabular data augmentationCutaneous leishmaniasisInfectious diseaseSynthetic dataSmall datasetK-Nearest neighborsLogistic regressionSupport vector machinesMachine learning with data augmentation to predict glucantime effectiveness against cutaneous leishmaniasishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttps://purl.org/redcol/resource_type/TPFacultad de Ingeniería y Ciencias. Ingeniería de Sistemas y ComputaciónPontificia Universidad Javeriana CaliPregradoIngeniero(a)de Sistemas y ComputaciónLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/8a28f9ed-4d4b-493c-beb5-dd5c0551e22b/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALTesis_Juan_Jose_Hoyos_Urcue.pdfTesis_Juan_Jose_Hoyos_Urcue.pdfapplication/pdf3186969https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/9907d8d5-10db-4166-8a64-c4622a0ffaf4/download98cbf8e866d3ee5283f779ef20a0567aMD52articulo-tesis.pdfarticulo-tesis.pdfapplication/pdf547705https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/9802bcc7-278c-4109-8ec0-845eb7724b93/download42c96b239c6741d84722e6cdfb7aea68MD53e mail Licencia CD Autorización.pdfe mail Licencia CD Autorización.pdfapplication/pdf221037https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/9e04d419-1713-4a93-afe5-c44244f32302/downloadf4c0188d8aae3ad1ef253ba08713dd0cMD54TEXTTesis_Juan_Jose_Hoyos_Urcue.pdf.txtTesis_Juan_Jose_Hoyos_Urcue.pdf.txtExtracted texttext/plain74233https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/b4cf8ef7-6032-4964-b93a-b94053b6642c/download49b47a3474f02dac0c9bfc1333eb5a39MD55articulo-tesis.pdf.txtarticulo-tesis.pdf.txtExtracted texttext/plain13951https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/c3c9139f-feff-42b5-a043-1b49958ce616/downloadf6889a37cbe43dbb43083b7bed348b35MD56e mail Licencia CD Autorización.pdf.txte mail Licencia CD Autorización.pdf.txtExtracted texttext/plain4804https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/b83c64b2-dfa1-42eb-814a-fbc38553ca0d/downloadd52c692adc9d3af36f7ac3300a31c46fMD510THUMBNAILarticulo-tesis.pdf.jpgarticulo-tesis.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5629https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/7be446fa-8f31-4e05-9cd8-dda13fadb2f4/download875994ae9ee809bd3549ffe7f166c114MD57e mail Licencia CD Autorización.pdf.jpge mail Licencia CD Autorización.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5290https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/186bc529-12a4-4bc2-b3e1-ddee9cb434ba/download45b802cf4869fac817ee062844923ae0MD58Tesis_Juan_Jose_Hoyos_Urcue.pdf.jpgTesis_Juan_Jose_Hoyos_Urcue.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2807https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/8cf4eafd-7c7c-468b-8f95-b65947411c56/download916805819bc808f22f6ee5480a5ce37aMD5911522/2841oai:vitela.javerianacali.edu.co:11522/28412024-06-25 05:15:36.941https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/open.accesshttps://vitela.javerianacali.edu.coRepositorio Vitelavitela.mail@javerianacali.edu.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