In-silico design of an all-armchair graphene nanoribbon field effect transistor sensor for the indirect detection of starch

El almidón juega un papel fundamental al ser una molécula esencial para comprender el transporte y almacenamiento de energía en plantas. En este artículo se destaca la importancia de la medición en tiempo real de la concentración ultra baja de este metabolito, para detectar y manejar los factores ex...

Full description

Autores:
López Cifuentes, Isabella
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana Cali
Repositorio:
Vitela
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:vitela.javerianacali.edu.co:11522/2557
Acceso en línea:
https://vitela.javerianacali.edu.co/handle/11522/2557
Palabra clave:
Rights
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description El almidón juega un papel fundamental al ser una molécula esencial para comprender el transporte y almacenamiento de energía en plantas. En este artículo se destaca la importancia de la medición en tiempo real de la concentración ultra baja de este metabolito, para detectar y manejar los factores externos de estrés en plantas. Por lo tanto, presentamos el diseño in-silico de un dispositivo basado en un transistor de efecto de campo conformado por nanocintas de grafeno tipo armchair para la detección de concentraciones ultra bajas (pM-nM) de amilosa. Las moléculas de almidón están compuestas principalmente por dos polímeros de glucosa: amilopectina y amilosa, en donde la última presenta una estructura lineal, deseada por su simplicidad y menor tamaño. Usamos una monocapa autoensamblada de una molécula tipo pireno, como lo es el ácido 3-[4-(pireno-1-il)butanamido] fenilborónico o PBPBA, el cual se adsorbe físicamente sobre el canal semiconductor, funcionalizando la superficie del grafeno por medio de la estructura aromática del pireno. Adicionalmente, la interacción covalente de la molécula analito al extremo con ácido fenilborónico facilita la señal de detección al brindar estabilidad mecánica, química y electrónica del analito de interés. Además, examinamos configuraciones del sensor con diferentes anchos, para controlar la banda prohibida en el canal, diferentes longitudes para asegurar el transporte por tunelamiento cuántico a través de la unión semiconductor, y usamos un canal de compuerta trasera para optimizar el transporte electrónico y las propiedades de conmutación del dispositivo. Demostramos que la capa autoensamblada de PBPBA sobre el canal mejora la relación señal/ruido (SNR) del dispositivo, y estimamos un límite de detección (LOD) de 7; 123=n _102mol=L (para una configuración de una matriz 2D simétrica, con el número de unidades de sensor por dimensión de matriz). Los dispositivos ofrecen una sensibilidad de corriente de salida entre 100-300 nA, a voltajes de compuerta bajos (VG = 1:2V) y voltaje de drenaje a fuente VDS = 0:6V 0:8V, para la detección de 1-2 moléculas de trímeros de amilosa. Por lo tanto, obtuvimos un sensor GNRFET de bajo consumo de energía con ligandos PBPBA funcionalizando el canal, el cual proporciona una solución en tiempo real y de alto rendimiento para detectar amilosa (un componente del almidón).
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Usamos una monocapa autoensamblada de una molécula tipo pireno, como lo es el ácido 3-[4-(pireno-1-il)butanamido] fenilborónico o PBPBA, el cual se adsorbe físicamente sobre el canal semiconductor, funcionalizando la superficie del grafeno por medio de la estructura aromática del pireno. Adicionalmente, la interacción covalente de la molécula analito al extremo con ácido fenilborónico facilita la señal de detección al brindar estabilidad mecánica, química y electrónica del analito de interés. Además, examinamos configuraciones del sensor con diferentes anchos, para controlar la banda prohibida en el canal, diferentes longitudes para asegurar el transporte por tunelamiento cuántico a través de la unión semiconductor, y usamos un canal de compuerta trasera para optimizar el transporte electrónico y las propiedades de conmutación del dispositivo. Demostramos que la capa autoensamblada de PBPBA sobre el canal mejora la relación señal/ruido (SNR) del dispositivo, y estimamos un límite de detección (LOD) de 7; 123=n _102mol=L (para una configuración de una matriz 2D simétrica, con el número de unidades de sensor por dimensión de matriz). Los dispositivos ofrecen una sensibilidad de corriente de salida entre 100-300 nA, a voltajes de compuerta bajos (VG = 1:2V) y voltaje de drenaje a fuente VDS = 0:6V 0:8V, para la detección de 1-2 moléculas de trímeros de amilosa. Por lo tanto, obtuvimos un sensor GNRFET de bajo consumo de energía con ligandos PBPBA funcionalizando el canal, el cual proporciona una solución en tiempo real y de alto rendimiento para detectar amilosa (un componente del almidón).Starchplaysafundamentalroleinplants,beinganessentialmoleculeto understand theirenergytransportandstorage.Therefore,continuousmonitoringof the intracellularsynthesisofstarchiscriticalforunderstandingenergypathwaysand metabolicregulationinplants.Thisworkhighlightstheimportanceofreal-timemea- surementofultra-lowconcentrationofthismetabolite,todetectandmanagestress- induced eventsinplants.Thus,wepresentthein-silicodesignofanall-armchair graphene nanoribbon_eld-e_ecttransistor(GNRFET)deviceforthedetectionofultra- lowconcentration(pM-nM)amylose.Starchmoleculesarecomposedprimarilyoftwo glucose polymers:amylopectinandamylose,thelatterpresentingalinearstructure desired foritssimplicityandsmallersize.Weuseaself-assembledmonolayer(SAM) of apyrenemoiety,3-[4-(pyren-1-yl)butanamido]phenylboronicacid(PBPBA)adsorbed on thechannel,tofunctionalizethegraphenesurface.Thencovalentbindingofthe target moleculetotheendwithphenylboronicacidprovidesmechanical,chemical,and electronic signalsensingstability.Furthermore,wescreenedGNRFETcon_gurations with di_erentwidths,tocontrolbandgapinthechannel,lengthstoensuretunneling transportacrossthesemiconductingjunction,andaback-gatedchanneltooptimize electronic transportandswitchingpropertiesofthedevice.Wedemonstratethechan- nel SAMofPBPBAfunctionalizationimprovesthesignal-to-noise-ratio(SNR)ofthe device, andestimateitslimitofdetection(LOD)tobe7:123=n _102mol=L (for asym- metric 2Darraycon_gurationwith n as thenumberofsensorunitsperarraydimension). The deviceso_ersanoutputcurrentsensitivityof100 300nA, atlowgatevoltages (VG = 1:2V ) anddrain-to-sourcevoltage VDS = 0:6V 0:8V , forthedetectionof1- 2 amylosetrimers.Thereforeweobtainedalow-powerall-armchairGNR-FETsensor with SAMPBPBAligandsinthechannelthatprovidesareal-timeandhighthroughput solution forsensingamylose(acomponentofstarch).93 p.application/pdfengPontificia Universidad Javeriana Calihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2In-silico design of an all-armchair graphene nanoribbon field effect transistor sensor for the indirect detection of starchhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttps://purl.org/redcol/resource_type/TPFacultad de Ingeniería y Ciencias. Ingeniería ElectrónicaPontificia Universidad Javeriana CaliPregradoORIGINALThesis_Isabella_Lopez_Cifuentes.pdfThesis_Isabella_Lopez_Cifuentes.pdfapplication/pdf14770543https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/283b9b55-0815-44c9-aa6c-39d90835274e/download988d91912d07ced1a94c9045d849abb0MD51Articulo_vitela Isabella Lopez Cifuentes.pdfArticulo_vitela Isabella Lopez Cifuentes.pdfapplication/pdf8362148https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/a4d33a61-fb9c-4dce-a24c-7086eb5e285a/download5b0fed697997c8db43049b06285f8dc6MD52Licencia CD Autorización.pdfLicencia CD Autorización.pdfapplication/pdf204269https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/d0fea6f2-fd7b-450c-bdb7-698278b7dc96/downloadcac9784724f9724e8eb002ae4fe844dcMD53LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81748https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/4c7ee13f-2598-4ff4-82e3-bebb9543c107/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD52TEXTThesis_Isabella_Lopez_Cifuentes.pdf.txtThesis_Isabella_Lopez_Cifuentes.pdf.txtExtracted texttext/plain100524https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/46bc134b-4fd4-4e01-8f0e-dd9d29e828f7/downloadf1d9f6e6fcc78bba105cb4f2999c54aeMD510Articulo_vitela Isabella Lopez Cifuentes.pdf.txtArticulo_vitela Isabella Lopez Cifuentes.pdf.txtExtracted texttext/plain26062https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/0135f7b1-0137-49b9-9fba-a3f8c4b750d6/download243bf16f4fac5d24012feba941fb9077MD512Licencia CD Autorización.pdf.txtLicencia CD Autorización.pdf.txtExtracted texttext/plain4845https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/9be50fec-553c-487e-8b7a-ab3726641f7f/downloadb4ad0164a91e98e065897d167ab0b3f8MD514THUMBNAILThesis_Isabella_Lopez_Cifuentes.pdf.jpgThesis_Isabella_Lopez_Cifuentes.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3989https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/46604b81-8dc2-4391-90f3-5f6a4d396a3c/download073f27bb85591cb80316ffee6d11e3dbMD511Articulo_vitela Isabella Lopez Cifuentes.pdf.jpgArticulo_vitela Isabella Lopez Cifuentes.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5948https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/471cc95f-0a4a-49f2-a305-3dd5ab47efcb/download0ec30b3e14167b8e1c752ed16385b430MD513Licencia CD Autorización.pdf.jpgLicencia CD Autorización.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5284https://vitela.javerianacali.edu.co/bitstreams/f6b8c9cc-7d17-4c9d-ab42-69c038ed5ba7/downloada1c122e995799e9b6be1066d1e93b8cbMD51511522/2557oai:vitela.javerianacali.edu.co:11522/25572024-06-25 05:14:50.222https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/open.accesshttps://vitela.javerianacali.edu.coRepositorio Vitelavitela.mail@javerianacali.edu.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