Revisión sistemática y análisis filogenético de los aislamientos de SARS-CoV-2 en perros y gatos domésticos del mundo

La constante investigación respecto al coronavirus tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) requiere de revisiones periódicas en las que se concentre información reciente y relevante. El objetivo de éste estudio fue realizar una revisión sistemática epidemiológica del SARS...

Full description

Autores:
Jaramillo-Hernández, Dumar A.
Velásquez-Peña, María A.
Chacón-García, María C.
Tipo de recurso:
Article of journal
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Universidad de los Llanos
Repositorio:
Repositorio Digital Universidad de los LLanos
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unillanos.edu.co:001/4033
Acceso en línea:
https://repositorio.unillanos.edu.co/handle/001/4033
https://doi.org/10.22579/20112629.745
Palabra clave:
epidemiology
severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
phylogeny
coronavirus disease 2019 (COVID-19)
epidemiología
síndrome respiratorio agudo severo por coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
filogenia
enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19)
epidemiologia
síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2)
filogenia
doença de coronavírus 2019 (COVID-19)
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description La constante investigación respecto al coronavirus tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) requiere de revisiones periódicas en las que se concentre información reciente y relevante. El objetivo de éste estudio fue realizar una revisión sistemática epidemiológica del SARSCoV-2 en caninos y felinos domésticos, así como el análisis filogenético de las secuencias genéticas del virus aisladas de perros y gatos del mundo, reportadas en la plataforma GISAID. La revisión sistemática se estructuró a partir del protocolo PRISMA. Las palabras claves utilizadas fueron: SARSCoV-2, COVID-19, caninos, felinos, animales de compañía, reservorios animales y zoonosis. Adicionalmente, se seleccionaron todas las secuenciaciones genéticas del SARS-CoV-2 aisladas de perros y gatos alrededor del mundo, publicadas en la base de datos “EpiCov” de la plataforma GISAID, las cuales fueron analizadas a través de la plataforma Nextclade para la generación de los árboles filogenéticos respectivos. En cuanto a los resultados, en el mundo se ha reportado el aislamiento de material génico del SARS-CoV-2 en 99 perros y 108 gatos infectados naturalmente con éste virus. Además, existe un total mundial de 133 secuencias genéticas de SARS-CoV-2 en caninos (45) y felinos (88) domésticos reportadas en GISAID, donde las variantes preocupantes (VOC) (Alpha y Delta) y las variantes de interés (Iota y Lambda) para la salud pública según la OMS, han sido aisladas. Por otra parte, el linaje viral B.1. ha sido el de mayor predominancia tanto en caninos como en felinos (13,3%) y los clados Nextstrain 19A (24,1%) y GISAID GH (32,3%) los de mayor frecuencia, así como Norteamérica la región con mayor cantidad de genomas de SARS-CoV-2 aislados de caninos y felinos domésticos (40,1%). En conclusión, los caninos y felinos domésticos son susceptibles a la infección por SARS-CoV-2, probablemente gracias a un efecto de spillover desde el ser humano. Debido a su baja capacidad de transmitir el virus a otras especies animales, los animales de compañía pueden considerarse un fondo de saco epidemiológico en la dinámica de transmisión del virus. Por último, que las VOC Alpha y Delta lograran infectar tanto perros como gatos, es un hallazgo evidentemente significativo para la salud pública mundial y el conocimiento de la dinámica epidemiológica de éste nuevo virus. 
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Adicionalmente, se seleccionaron todas las secuenciaciones genéticas del SARS-CoV-2 aisladas de perros y gatos alrededor del mundo, publicadas en la base de datos “EpiCov” de la plataforma GISAID, las cuales fueron analizadas a través de la plataforma Nextclade para la generación de los árboles filogenéticos respectivos. En cuanto a los resultados, en el mundo se ha reportado el aislamiento de material génico del SARS-CoV-2 en 99 perros y 108 gatos infectados naturalmente con éste virus. Además, existe un total mundial de 133 secuencias genéticas de SARS-CoV-2 en caninos (45) y felinos (88) domésticos reportadas en GISAID, donde las variantes preocupantes (VOC) (Alpha y Delta) y las variantes de interés (Iota y Lambda) para la salud pública según la OMS, han sido aisladas. Por otra parte, el linaje viral B.1. ha sido el de mayor predominancia tanto en caninos como en felinos (13,3%) y los clados Nextstrain 19A (24,1%) y GISAID GH (32,3%) los de mayor frecuencia, así como Norteamérica la región con mayor cantidad de genomas de SARS-CoV-2 aislados de caninos y felinos domésticos (40,1%). En conclusión, los caninos y felinos domésticos son susceptibles a la infección por SARS-CoV-2, probablemente gracias a un efecto de spillover desde el ser humano. Debido a su baja capacidad de transmitir el virus a otras especies animales, los animales de compañía pueden considerarse un fondo de saco epidemiológico en la dinámica de transmisión del virus. Por último, que las VOC Alpha y Delta lograran infectar tanto perros como gatos, es un hallazgo evidentemente significativo para la salud pública mundial y el conocimiento de la dinámica epidemiológica de éste nuevo virus. The constant investigation regarding the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSCoV-2) requires periodic reviews in which recent and relevant information is concentrated. The objective of this study was to carry out a systematic epidemiological review of SARS-CoV-2 in domestic dogs and cats, as well as the phylogenetic analysis of the genetic sequences of the virus isolated from dogs and cats around the world, reported on GISAID’s platform. This systematic review was structuredbased on the PRISMA protocol. The keywords used were: SARS-CoV-2, COVID-19, canines, felines, companion animals, animal reservoirs, and zoonoses. Additionally, all the genetic sequences of SARS-CoV-2 isolated from dogs and cats around the world, published in the "EpiCov" database of GISAID’s platform, were selected and analyzed through Nextclade’s platform for the generation of the respective phylogenetic trees. Regarding the results, the isolation of SARS-CoV-2 gene materialin 99 dogs and 108 cats naturally infected with this virus has been reported worldwide. In addition, there is a global total of 133 genetic sequences of SARS-CoV-2 in domestic canines (45) and felines (88) reported in GISAID, where the variants of concern (VOC) (Alpha and Delta) and the variants of interest (Iota and Lambda) for public health according to the WHO, have been isolated. On the other hand, the viral lineage B.1. has been the most predominant in both canines and felines (13.3%) and the clades Nextstrain 19A (24.1%) and GISAID GH (32.3%) the most frequent, as well as North America the region with the highest number of SARS-CoV-2 genomes isolated from domestic canines and felines (40.1%). In conclusion, domestic canines and felines are susceptible to SARS-CoV-2 infection, probably due to a spillover effect from humans. Due to their low capacity to transmit the virus to other animal species, companion animals can be considered epidemiological dead-end hosts in the virus transmission dynamics. Finally, that the VOC Alpha and Delta were able to infect both dogs and cats, is an obviously significant finding for global public health and knowledge of the epidemiological dynamics of this new virus.application/pdfspaUniversidad de los Llanoshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0info:eu-repo/semantics/openAccessEsta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución-NoComercial 4.0.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2https://orinoquia.unillanos.edu.co/index.php/orinoquia/article/view/745epidemiologysevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)phylogenycoronavirus disease 2019 (COVID-19)epidemiologíasíndrome respiratorio agudo severo por coronavirus 2 (SARS-CoV-2)filogeniaenfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19)epidemiologiasíndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2)filogeniadoença de coronavírus 2019 (COVID-19)Revisión sistemática y análisis filogenético de los aislamientos de SARS-CoV-2 en perros y gatos domésticos del mundoSystematic review and phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 isolates in domestic dogs and cats worldwideArtículo de revistainfo:eu-repo/semantics/articleJournal articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1Texthttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85https://orinoquia.unillanos.edu.co/index.php/orinoquia/article/download/745/1279Núm. 2 , Año 2021 : Suplemento Resumenes3923725OrinoquiaPublicationOREORE.xmltext/xml2732https://repositorio.unillanos.edu.co/bitstreams/55aecb30-b84f-48d8-ae24-95dbbdc306f3/download89446dc052f7e5f864733d687b36da9cMD51001/4033oai:repositorio.unillanos.edu.co:001/40332024-07-25 13:15:18.34http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0metadata.onlyhttps://repositorio.unillanos.edu.coRepositorio Universidad de Los Llanosrepositorio@unillanos.edu.co