ANÁLISIS DE PREFERENCIAS ALIMENTICIAS, DIVERSIDAD BACTERIANA Y VIRAL EN POBLACIONES DE Aedes aegypti CIRCULANTES EN EL MUNICIPIO DE IBAGUÉ A TRAVÉS DE METATRANSCRIPTÓMICA
Aedes aegypti, es considerado el principal vector de arbovirus de importancia en salud pública. El estudio e identificación del microbiota del vector (virus, bacterias, hongos y parásitos) es de gran importancia, pues sus interacciones pueden ser relevantes para comprender la capacidad vectorial y e...
- Autores:
-
BRIÑEZ ZABALETA, WEIMAR DAVID
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2024
- Institución:
- Universidad del Tolima
- Repositorio:
- RIUT: Repositorio U. Tolima
- Idioma:
- OAI Identifier:
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- Acceso en línea:
- https://repository.ut.edu.co/handle/001/3826
- Palabra clave:
- 570 - Biología
Microbiología
Virus específicos de artrópodos
Bacterias endógenas
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Aedes aegypti, es considerado el principal vector de arbovirus de importancia en salud pública. El estudio e identificación del microbiota del vector (virus, bacterias, hongos y parásitos) es de gran importancia, pues sus interacciones pueden ser relevantes para comprender la capacidad vectorial y efectuar vigilancia y control de estas arbovirosis y otras enfermedades. Este trabajo muestra la identificación de fuentes alimenticias, bacterias y virus circulantes en poblaciones de A. aegypti de la ciudad de Ibagué a través de RNAseq. Se colectaron adultos de A. aegypti procedentes de cuatro comunas de la con alta incidencia para arbovirosis de importancia médica durante la época de pandemia. A partir de pools de 50 hembras/comuna, se realizó RNAseq a través del instrumento Novaseq 6000 con depleción de rRNA. Seguidamente, fueron depurados las lecturas para ser ensambladas de novo con Trinity versión 2.13 (Grabherr et al., 2011). La identificación de preferencias alimenticias, riqueza y abundancia de virus y bacterias se llevó a cabo empleando los programas Blastx y Blastn, Kraken2 y MEGAN6. Se identificaron los hospederos de alimentación para A. aegypti. Se determinaron las familias bacterianas para cada una de las localidades evaluadas y se realizó la comparación de diversidad entre estas. Se identificaron especies virales pertenecientes al vector, de las cuales algunas pueden tener implicaciones en la competencia vectorial como Phasi Charoen-like virus. A. aegypti es un vector altamente antropofílico, sin embargo, también puede alimentarse de pequeños mamíferos, aves y especies de importancia pecuaria. La diversidad bacteriana entre localidades varia en la composición de familias, adicionalmente esta variabilidad parece estar ligada a la alimentación. El viroma central en A. aegypti se encuentra conservado; la prevalencia de arbovirus de importancia en salud pública encontrada en este trabajo fue nula. |
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Se colectaron adultos de A. aegypti procedentes de cuatro comunas de la con alta incidencia para arbovirosis de importancia médica durante la época de pandemia. A partir de pools de 50 hembras/comuna, se realizó RNAseq a través del instrumento Novaseq 6000 con depleción de rRNA. Seguidamente, fueron depurados las lecturas para ser ensambladas de novo con Trinity versión 2.13 (Grabherr et al., 2011). La identificación de preferencias alimenticias, riqueza y abundancia de virus y bacterias se llevó a cabo empleando los programas Blastx y Blastn, Kraken2 y MEGAN6. Se identificaron los hospederos de alimentación para A. aegypti. Se determinaron las familias bacterianas para cada una de las localidades evaluadas y se realizó la comparación de diversidad entre estas. Se identificaron especies virales pertenecientes al vector, de las cuales algunas pueden tener implicaciones en la competencia vectorial como Phasi Charoen-like virus. A. aegypti es un vector altamente antropofílico, sin embargo, también puede alimentarse de pequeños mamíferos, aves y especies de importancia pecuaria. La diversidad bacteriana entre localidades varia en la composición de familias, adicionalmente esta variabilidad parece estar ligada a la alimentación. El viroma central en A. aegypti se encuentra conservado; la prevalencia de arbovirus de importancia en salud pública encontrada en este trabajo fue nula.Aedes aegypti is considered the primary vector of arboviruses of public health significance. The study and identification of the vector's microbiota (viruses, bacteria, fungi, and parasites) are of great importance, as their interactions may be relevant for understanding vectorial capacity and for conducting surveillance and control of arboviroses and other diseases. This work presents the identification of food sources, bacteria, and circulating viruses in A. aegypti populations in the city of Ibagué through RNAseq. Adults of A. aegypti were collected from four districts with high incidence of medically important arboviruses during the pandemic period. RNAseq was performed on pools of 50 females/district using the Novaseq 6000 instrument with rRNA depletion. Subsequently, the reads were filtered and de novo assembled with Trinity version 2.13 (Grabherr et al., 2011). Identification of feeding preferences, richness, and abundance of viruses and bacteria was carried out using the Blastx and Blastn programs, Kraken2, and MEGAN6. Hosts for A. aegypti feeding were identified, and bacterial families for each evaluated location were determined, with a comparison of diversity between them. Viral species belonging to the vector were identified, some of which may have implications in vectorial competence, such as Phasi Charoen-like virus. A. aegypti is a highly anthropophilic vector; however, it can also feed on small mammals, birds, and species of veterinary importance. Bacterial diversity among locations varies in family composition, and this variability appears to be linked to feeding habits. The core virome in A. aegypti is conserved; the prevalence of arboviruses of public health importance found in this work was null. Keywords: Arthropod-specific viruses, endogenous bacteria, feeding preferences.PregradoBiologo114 p.application/pdfhttps://repository.ut.edu.co/handle/001/3826Universidad del TolimaFacultad de CienciasIBAGUÉ-TOLIMABiologíaTodos los derechos reservados. Queda prohibida la reproducción total o parcial de este libro por cualquier medio, sin autorización expresa del titular del derecho de autor.info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Atribución-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0)https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/570 - BiologíaMicrobiologíaVirus específicos de artrópodosBacterias endógenasPreferencias alimenticias.ANÁLISIS DE PREFERENCIAS ALIMENTICIAS, DIVERSIDAD BACTERIANA Y VIRAL EN POBLACIONES DE Aedes aegypti CIRCULANTES EN EL MUNICIPIO DE IBAGUÉ A TRAVÉS DE METATRANSCRIPTÓMICATrabajo de grado - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTextinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/redcol/resource_type/TPinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionPublicationORIGINALTesis_Biblioteca_WEIMAR_DAVID_BRIÑEZ_ZABALETA (1).pdfTesis_Biblioteca_WEIMAR_DAVID_BRIÑEZ_ZABALETA (1).pdfapplication/pdf2853281https://repository.ut.edu.co/bitstreams/062f5192-dead-45cd-be10-6595e3fd4ea5/download6396bc3c4317865710d49742240c9ef8MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8227https://repository.ut.edu.co/bitstreams/074b63ec-a14c-4e8f-86be-66499da6db64/download127f1942dfbe07f43e8227b660620c70MD52TEXTTesis_Biblioteca_WEIMAR_DAVID_BRIÑEZ_ZABALETA (1).pdf.txtTesis_Biblioteca_WEIMAR_DAVID_BRIÑEZ_ZABALETA (1).pdf.txtExtracted texttext/plain101315https://repository.ut.edu.co/bitstreams/92bf8716-42dc-4480-b63a-36ce736847db/downloadd0118145f038a4d0bd9007e284a7f589MD53THUMBNAILTesis_Biblioteca_WEIMAR_DAVID_BRIÑEZ_ZABALETA (1).pdf.jpgTesis_Biblioteca_WEIMAR_DAVID_BRIÑEZ_ZABALETA (1).pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg7865https://repository.ut.edu.co/bitstreams/63d0c862-df2d-4fe4-80fa-26ca57ac3696/download5d617ec4dd48bba987802b77894ba2d4MD54001/3826oai:repository.ut.edu.co:001/38262024-05-03 03:00:56.84https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/Todos los derechos reservados. 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