Análisis genómico comparativo de las cepas de Helicobacter pylori: evidencia evolutiva de su patogenicidad
87 p.
- Autores:
-
Rodríguez Guzmán, Aura María
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2020
- Institución:
- Universidad del Tolima
- Repositorio:
- RIUT: Repositorio U. Tolima
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
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- Acceso en línea:
- https://repository.ut.edu.co/handle/001/3374
- Palabra clave:
- bioinformática
patogenicidad
filogeografía
- Rights
- License
- Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
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Rodríguez Guzmán, Aura María8e47df7f-70f7-471f-a350-d7b54778f83a-1Ibagué, Tolima, Colombia2021-11-11T20:53:56Z2021-11-11T20:53:56Z202087 p.Helicobacter pylori es una bacteria patogénica que coloniza el tracto gastrointestinal del estómago humano; causante de enfermedades como gastritis, úlcera péptica, linfoma gástrico (MALT) y cáncer gástrico, con mayor prevalencia en países subdesarrollados. Su gran diversidad genética es causada por una alta tasa de mutaciones, observándose variaciones en los factores de virulencia en los diferentes linajes filogeográficos. Este proyecto tuvo como objetivo, postular los eventos de evolución en los genes asociados a factores de virulencia presentes en las cepas de Helicobacter pylori, con el fin de identificar la relación de estos genes con su origen filogeográfico. Se analizaron por medio de herramientas bioinformáticas, los genomas completos de 135 cepas disponibles en NCBI, de diferentes orígenes poblacionales, identificando eventos de reorganización génica en 87 genes de factores de virulencia, divididos en 7 grupos funcionales, para así, determinar cambios en la posición, número de copias, identidad nucleotídica y tamaño, contrastándolos con su linaje geográfico y fenotipo patogénico. Como resultado se demuestran que no hay una relación directa entre el nivel de reorganización con el linaje geográfico. Sin embargo, si se puede evidenciar una relación en el fenotipo patogénico demostrada en el análisis de número de copias, tamaño y similitud al dividirse las cepas que poseen y no las citotoxinas cagPAI teniendo mayor riesgo de desarrollar gastritis y úlcera péptica. Estudios evidencian el impacto funcional y patogénico de las reorganizaciones en cepas de bacterias patogénicas, pero solo en algunos factores de virulencia de mayor interés como cag y vacA.Helicobacter pylori is a pathogenic bacteria that colonizes the gastrointestinal tract from human stomachs and causes diseases including gastritis, peptic ulcers, gastric lymphoma (MALT) and gastric cancer, with higher prevalence in developing countries. Its high genetic diversity among strains is caused by a high mutation rate, observing virulence factors' variations in different geographic lineages. This project aimed to postulate the evolution events in the genes associated with virulence factors present in the Helicobacter pylori strains, in order to identify the relationship of these genes with their phylogeographic origin. The complete genomes of 135 strains available in NCBI, from different population origins, were analyzed using bioinformatics tools, identifying gene reorganization events in 87 virulence factor genes, divided into 7 functional groups, to determine changes in position, number of copies, nucleotide identity and size, contrasting them with their geographical lineage and pathogenic phenotype. As a result, it was shown that there's not a direct relationship between the reorganization level and geographic lineage. However, it can be evidenced a relation with respect to the pathogenic phenotype demonstrated in the analysis of number of copies, size and similarity when dividing the strains that possess and not the cytotoxins cagPAI having a higher risk of developing gastritis and peptic ulcer. Studies show the functional and pathogenic impact of reorganizations in strains of pathogenic bacteria, but just in a few interest virulence factors as cag and vacA.application/pdfhttps://repository.ut.edu.co/handle/001/3374spaUniversidad del Tolima(CO COL 170)Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es#http://purl.org/coar/access_right/c_abf2bioinformáticapatogenicidadfilogeografíaFacultad de Ciencias – BiologíaPrada Quiroga, Carlos Fernando - DirectorUrrea Montes, Daniel Alfonso - CodirectorPregradoBiólogoAnálisis genómico comparativo de las cepas de Helicobacter pylori: evidencia evolutiva de su patogenicidadTrabajo de grado - PregradoTextinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/version/c_71e4c1898caa6e32http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fPublicationORIGINALCD9013.pdfCD9013.pdfapplication/pdf3133233https://repository.ut.edu.co/bitstreams/32a7044d-d8b4-4377-8ed2-9a1c167a9d6e/download07e726d7779c98e9c86080225b29781cMD51CC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849https://repository.ut.edu.co/bitstreams/9c4544ff-5042-4ee4-a6b3-c79fcb9b6a5a/download4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52license_textlicense_texttext/html; charset=utf-80https://repository.ut.edu.co/bitstreams/6a4e1803-503d-4068-b66e-6a712a86125c/downloadd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD53license_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-80https://repository.ut.edu.co/bitstreams/ec69883a-459f-494a-b950-98c2bdbac735/downloadd41d8cd98f00b204e9800998ecf8427eMD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8227https://repository.ut.edu.co/bitstreams/7271bf82-3991-4de5-a05c-a4ce19ddc1ef/download127f1942dfbe07f43e8227b660620c70MD55TEXTCD9013.pdf.txtCD9013.pdf.txtExtracted texttext/plain101556https://repository.ut.edu.co/bitstreams/d0109743-2c9c-4a18-9de8-851eb3e8ea81/downloadfbd23f1cfa8bf05739294cc835554b8dMD56THUMBNAILCD9013.pdf.jpgCD9013.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg7518https://repository.ut.edu.co/bitstreams/829f1b1d-665f-445d-80f6-30043da94ef9/downloaddee126c4d59f8707c24cdc75be10350aMD57001/3374oai:repository.ut.edu.co:001/33742023-03-24 17:35:48.391https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es#Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttps://repository.ut.edu.coRepositorio Institucional - Universidad del Tolimasoporte@metabiblioteca.comQ3JlYXRpdmUgQ29tbW9ucyAtIExpY2VuY2lhIGRlIFJlY29ub2NpbWllbnRvIC0gTm9Db21lcmNpYWwgKGJ5LW5jKSA6IFNlIHBlcm1pdGUgbGEgZ2VuZXJhY2nDs24gZGUgb2JyYXMgZGVyaXZhZGFzIHNpZW1wcmUgcXVlIG5vIHNlIGhhZ2EgdW4gdXNvIGNvbWVyY2lhbC4gVGFtcG9jbyBzZSBwdWVkZSB1dGlsaXphciBsYSBvYnJhIG9yaWdpbmFsIGNvbiBmaW5hbGlkYWRlcyBjb21lcmNpYWxlcy4= |