Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiple

82 Páginas

Autores:
Solano Gutiérrez, Juan Sebastián
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2014
Institución:
Universidad del Tolima
Repositorio:
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Palabra clave:
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spelling Solano Gutiérrez, Juan Sebastián1de8b8fa-074d-49be-8824-31bc8216e47f-12014-09-16T20:45:53Z2014-09-16T20:45:53Z2014-0582 PáginasRecurso ElectrónicoMycobacterium tuberculosis (MTB) es el agente causal de la tuberculosis (TB), una enfermedad presente en un tercio de la población y cuyo control se ve amenazado por la co-infección con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) y el surgimiento de cepas Multidrogo-Resistentes (MDR-TB). Con el fin de aportar información que pueda tener importancia en el control y seguimiento de la enfermedad, el análisis de secuencias nucleotídicas es una herramienta que permite la identificación de cambios en el genoma de distintos aislamientos con el objetivo de realizar una caracterización completa que pueda aportar información de las propiedades patógenas de MTB y pueda servir en estudios de transmisión de TB. En este estudio se realizó el ensamble, anotación y comparación del genoma de seis aislamientos MDR-TB utilizando herramientas bioinformaticas. Se estableció la metodología para la corrección, reconstrucción, anotación y alineamiento múltiple de los seis genomas que permitió encontrar deleciones e inserciones de cada aislamiento en comparación con el genoma de referencia H37Rv, además, se encontraron las regiones específicas de cada aislamiento. Deleciones de la secuencia de inserción IS6110 presentaron número y posición diferente en cada aislamiento y una pérdida de fragmento de 6.480 pb comprendiendo los genes Rv2271 a Rv2279 fue la deleción más importante presente en todos los genomas. Las secuencias únicas sumaron un total de 36 entre todos los genomas y se encontraron distribuidas principalmente en los genes de la familia PPE y PE_PGRS y en regiones intergénicas.ABSTRAC. Mycobacterium tuberculosis (MTB) is the causative agent of tuberculosis (TB), a disease present in a third of the population and whose control is threatened by co – infection with HIV and the emergence of Multidrug resistance strains (MDR-TB). In order to provide information that can be important in the control and monitoring of the disease, the analysis of nucleotide sequences is a tool that allows identification of changes in the genome of other isolates with the aim of realize a complete characterization who can provide information about MTB pathogenic properties and that may serve in studies of TB transmission. In this study was carried out assembly, annotation and comparison of six MDR-TB isolates using bioinformatics tools. It established the methodology for correction, reconstruction, annotation and multiple sequence alignment of the six genomes what allowed to find deletions and insertions of each isolate in comparison to the reference genome H37Rv. Additional were found the unique regions of each isolate. Deletions of the insertion sequence IS6110 presented different number and position at each isolation and a loss of 6.480 bp fragment comprising the Rv2271 to Rv2279 genes was the most important deletion in all genomes. The unique sequences had a total of 36 and they were mainly distributed in the PPE and PE_PGRS family genes and intergenic regions.INTRODUCCIÓN 12 1. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA 14 1.2 FORMULACIÓN DEL PROBLEMA 14 1.3 JUSTIFICACIÓN 15 2 OBJETIVOS 17 2.1 OBJETIVO GENERAL 17 2.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS 17 3. MARCO REFERENCIAL 18 3.1 ANTECEDENTES 18 3.2 MARCO TEÓRICO 21 3.2.1 Patógeno 21 3.2.2 Situación Epidemiológica 24 3.2.3 Secuencias De Interés 25 3.2.3.1 Elemento De Inserción IS6110 25 3.2.3.2 Familia PE/PPE 26 3.2.4 Ensamble De Novo 27 3.2.5 Contigs y Scaffolds 27 3.2.6 Secuenciamiento De ADN 28 3.2.7 Herramientas Computacionales 29 3.2.7.1 SOAPdenovo 29 3.2.7.2 Quake 30 3.2.7.3 ABACAS 32 3.2.7.4 RATT 32 3.2.7.5 Artemis 33 3.2.7.6 Mauve 33 4. METODOLOGÍA 35 4.1 CORRECCIÓN DE LECTURAS 35 4.2 ENSAMBLE DE LECTURAS 36 4.3 ORDENAMIENTO DE SECUENCIAS 37 4.4 ANOTACIÓN 38 4.5 ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE GENOMAS 39 4.6 DISEÑO METODOLÓGICO 39 5. RESULTADOS 40 5.1 CORRECCIÓN DE LECTURAS 40 5.2 ENSAMBLE Y ANOTACIÓN 41 5.3 ALINEAMIENTO MÚLTIPLE 47 6. DISCUSIÓN 51 6.1 CORRECCIÓN DE SECUENCIAS 51 6.2 RECONSTRUCCIÓN DE GENOMAS 52 6.3 ANOTACIÓN 54 6.4 ALINEAMIENTO MÚLTIPLE 57 7. CONCLUSIONES 60 8. RECOMENDACIONES 62 REFERENCIAS 63application/pdfSolano Gutiérrez Juan Sebastián. Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiple. Ibagué : Univesidad del Tolima, 2014. <http://repository.ut.edu.co/handle/001/1134>T 0701 267CD3599https://repository.ut.edu.co/handle/001/1134spaIbagué : Universidad del Tolima, 2014Facultad de Ciencias, Programa de BiologíaAtribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Colombia (CC BY-NC-SA 2-5 CO)http://www.creativecommons.org/licenses by-nc/2.5/co/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Mycobacterium tuberculosisEnsambleAlineamiento múltipleGenomaAssemblyMultiple sequence alignmentFacultad de Ciencias, Programa de BiologíaRodríguez Cabal, Héctor Alejandro (Director)Rouzaud, Francois (Codirector)Vallejo, Gustavo Adolfo (Codirector)PregradoBiólogoAnálisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltipleTrabajo de grado - PregradoTextinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/version/c_71e4c1898caa6e32http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fPublicationORIGINALRIUT-AAA-spa-2013-Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiplie.pdfRIUT-AAA-spa-2013-Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiplie.pdfapplication/pdf1752456https://repository.ut.edu.co/bitstreams/af122af1-d986-46af-8ba6-2f2294ca3521/downloadf6a3402aace4256bb02ca9bb7232cc06MD51RIUT-AAA-spa-2013-Solano Gutiérrez, Juan Sebastián.pdfRIUT-AAA-spa-2013-Solano Gutiérrez, Juan Sebastián.pdfapplication/pdf481140https://repository.ut.edu.co/bitstreams/4765747e-e814-48bb-a918-ed3f9c9fba75/download629950649c0ba834aaceaffc283caec3MD56CC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain; charset=utf-849https://repository.ut.edu.co/bitstreams/11fe4658-3eba-4d8b-813b-38c9fdf8ed52/download4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52license_textlicense_texttext/html; charset=utf-822302https://repository.ut.edu.co/bitstreams/8c4f2c42-d036-48d7-807b-f7448b6f68cf/download1e0094e9d8adcf16b18effef4ce7ed83MD53license_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-823148https://repository.ut.edu.co/bitstreams/c684ff92-49b4-4f70-857c-20ae237ba6fd/download9da0b6dfac957114c6a7714714b86306MD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8227https://repository.ut.edu.co/bitstreams/31eab394-5694-40cb-8766-7c72b4015680/download127f1942dfbe07f43e8227b660620c70MD55TEXTRIUT-AAA-spa-2013-Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiplie.pdf.txtRIUT-AAA-spa-2013-Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiplie.pdf.txtExtracted texttext/plain122549https://repository.ut.edu.co/bitstreams/49fd01cc-a8be-4653-9c6a-dc0ef7f4ab74/download1290cdd06ccb446d5a1005a347213c91MD57RIUT-AAA-spa-2013-Solano Gutiérrez, Juan Sebastián.pdf.txtRIUT-AAA-spa-2013-Solano Gutiérrez, Juan Sebastián.pdf.txtExtracted texttext/plain2https://repository.ut.edu.co/bitstreams/7c4cab7a-3f5f-4b4e-a58d-4781e5c275a1/downloade1c06d85ae7b8b032bef47e42e4c08f9MD58THUMBNAILRIUT-AAA-spa-2013-Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiplie.pdf.jpgRIUT-AAA-spa-2013-Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de Mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiplie.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg9154https://repository.ut.edu.co/bitstreams/6b23ce96-3c28-4502-b8d6-bcc6f32c9b83/downloadd67e132c938c0ef4c01db06b4772482bMD59RIUT-AAA-spa-2013-Solano Gutiérrez, Juan Sebastián.pdf.jpgRIUT-AAA-spa-2013-Solano Gutiérrez, Juan Sebastián.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg13147https://repository.ut.edu.co/bitstreams/f06a9cc1-b164-458b-ad2f-cb680aca276a/download0cc24c04e4e8428fcb343f80442484edMD510001/1134oai:repository.ut.edu.co:001/11342023-03-24 17:41:12.019http://www.creativecommons.org/licenses by-nc/2.5/co/Atribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Colombia (CC BY-NC-SA 2-5 CO)https://repository.ut.edu.coRepositorio Institucional - Universidad del Tolimasoporte@metabiblioteca.comQ3JlYXRpdmUgQ29tbW9ucyAtIExpY2VuY2lhIGRlIFJlY29ub2NpbWllbnRvIC0gTm9Db21lcmNpYWwgKGJ5LW5jKSA6IFNlIHBlcm1pdGUgbGEgZ2VuZXJhY2nDs24gZGUgb2JyYXMgZGVyaXZhZGFzIHNpZW1wcmUgcXVlIG5vIHNlIGhhZ2EgdW4gdXNvIGNvbWVyY2lhbC4gVGFtcG9jbyBzZSBwdWVkZSB1dGlsaXphciBsYSBvYnJhIG9yaWdpbmFsIGNvbiBmaW5hbGlkYWRlcyBjb21lcmNpYWxlcy4=

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