De novo assembly and functional annotation of blood transcriptome of loggerhead turtle, and in silico characterization of peroxiredoxins and thioredoxins

El objetivo de este estudio fue generar y analizar el atlas del transcriptoma de la sangre de la tortuga boba sangre de tortuga boba mediante RNA-seq, así como identificar y caracterizar las enzimas antioxidantes tiorredoxina (Tnxs) y peroxiredoxina (Prdxs), las enzimas antioxidantes de mayor interé...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
Article of journal
Fecha de publicación:
2021
Institución:
Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano
Repositorio:
Expeditio: repositorio UTadeo
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:expeditiorepositorio.utadeo.edu.co:20.500.12010/32268
Acceso en línea:
https://peerj.com/articles/12395/#
http://hdl.handle.net/20.500.12010/32268
Palabra clave:
Bioinformática
Genómica
Biología marina
Biología molecular
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Un total de 52.147 (31,5%) de estos transcritos tenían coincidencias homológicas significativas en al menos una de las cinco bases de datos utilizadas. en al menos una de las cinco bases de datos utilizadas. A partir del enriquecimiento de términos GO, se identificaron 180 proteínas con actividad antioxidante, entre ellas 28 Prdxs y 50 Tnxs putativas. Las proteínas putativas de las tortugas bobas codificadas por los genes Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn y Txnip fueron predichas y caracterizadas in silico. Al comparar Prdxs y Txns de la tortuga boba con proteínas humanas homólogas, mostraron 18 (9%), 52 (18%) 94 (43%), 36 (16%), 35 (33%) y 74 (19%) mutaciones de aminoácidos respectivamente. Sin embargo, mostraron una alta conservación en los sitios activos y los motivos estructurales (98%), con pocas modificaciones específicas. De ellas, Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn y Txnip presentaron 0, 25, 18, tres, seis y dos cambios deletéreos. Este estudio proporciona un transcriptoma sanguíneo de alta calidad y una anotación funcional de las caguama.#CarettaCarettaThe aim of this study was to generate and analyze the atlas of the loggerhead turtle blood transcriptome by RNA-seq, as well as identify and characterize thioredoxin (Tnxs) and peroxiredoxin (Prdxs) antioxidant enzymes of the greatest interest in the control of peroxide levels and other biological functions. The transcriptome of loggerhead turtle was sequenced using the Illumina Hiseq 2000 platform and de novo assembly was performed using the Trinity pipeline. The assembly comprised 515,597 contigs with an N50 of 2,631 bp. Contigs were analyzed with CD-Hit obtaining 374,545 unigenes, of which 165,676 had ORFs encoding putative proteins longer than 100 amino acids. A total of 52,147 (31.5%) of these transcripts had significant homology matches in at least one of the five databases used. From the enrichment of GO terms, 180 proteins with antioxidant activity were identified, among these 28 Prdxs and 50 putative Tnxs. The putative proteins of loggerhead turtles encoded by the genes Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn and Txnip were predicted and characterized in silico. When comparing Prdxs and Txns of loggerhead turtle with homologous human proteins, they showed 18 (9%), 52 (18%) 94 (43%), 36 (16%), 35 (33%) and 74 (19%) amino acid mutations respectively. However, they showed high conservation in active sites and structural motifs (98%), with few specific modifications. Of these, Prdx1, Prdx3, Prdx5, Prdx6, Txn and Txnip presented 0, 25, 18, three, six and two deleterious changes. This study provides a high quality blood transcriptome and functional annotation of loggerhead sea turtles.32 páginasapplication/pdfspaPeerJBioinformáticaGenómicaBiología marinaBiología molecularDe novo assembly and functional annotation of blood transcriptome of loggerhead turtle, and in silico characterization of peroxiredoxins and thioredoxinsAbierto (Texto Completo)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Research 25:3389 3402 DOI 10.1093/nar/25.17.3389.Amaya-Espinel JD, Zapata LA (eds.) 2014. Guía de las especies migratorias de la biodiversidad en Colombia. In: Insectos murciélagos, tortugas marinas, mamíferos marines y dulceacuícolas. Volumen 3. Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible. WWFColombia, Bogotá D.C. Colombia, 370 pp.Andrews S. 2018. 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