Stabilization and interaction energies of non-planar DNA base pairs Guanine-Cytosine and Adenine-Thymine. A study based on the SIESTA method

En este trabajo calculamos las energ´ıas de interaccion y estabilizaci ´ on de los pares de bases nitrogenadas Guanina-Citosina y Adenina-Timina ´ en la configuracion Watson-Crick, dentro del marco de la aproximaci ´ on GGA de la teor ´ ´ıa DFT, usando el metodo SIESTA. Las optimizaciones ´ estructurales son realizadas con el metodo de los gradientes conjugados sin ligaduras geom ´ etricas, permitiendo estructuras no planas para ´ las bases y piramidalizacion de los grupos amino. La comparaci ´ on entre las geometr ´ ´ıas obtenidas con los resultados provenientes de los mejores calculos encontrados en la literatura (MP2 con correlaci ´ on) indican diferecias del orden del 1% en las distancias intramoleculares ´ de las bases. De otro lado, se encontro que la proporci ´ on entre las energ ´ ´ıas de estabilizacion de los pares de bases tiene aproximadamente el ´ mismo valor que el reportado, mientras sus valores absolutos presentan diferencias.

• Tipo de recurso: Article of journal
• Fecha de publicación: 2007
• Institución: Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano
• Repositorio: Expeditio: repositorio UTadeo
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:expeditiorepositorio.utadeo.edu.co:20.500.12010/13037
• Acceso en línea: https://www.redalyc.org/pdf/570/57036163050.pdf; http://hdl.handle.net/20.500.12010/13037
• Palabra clave: Bases nitrogenadas; DFT; Siesta; Energía de interacción; DNA base pairs; Dft; Siesta; Interaction energy
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0