Investigación desarrollada sobre frutos rojos frente a la helicobacter pylori
La Helicobacter pylori (H. pylori) es una bacteria gram negativa, bastante conocida en áreas de estudio de farmacia y microbiología debido a la inmunidad que presenta ante los antibióticos y a las numerosas enfermedades que esta puede ocasionar. El propósito de este estudio es realizar acoplamiento...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2020
- Institución:
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- Helicobacter pylori
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La Helicobacter pylori (H. pylori) es una bacteria gram negativa, bastante conocida en áreas de estudio de farmacia y microbiología debido a la inmunidad que presenta ante los antibióticos y a las numerosas enfermedades que esta puede ocasionar. El propósito de este estudio es realizar acoplamiento molecular con el fin de identificar potenciales fármacos contra esta bacteria entre los metabolitos secundarios presentes en frutos rojos, específicamente en el arándano. Para este estudio se escoge la ureasa, la cual es una de las proteínas más importantes de la H. pylori, debido a que es la encargada de mantener el pH óptimo para que la bacteria no muera en el ambiente ácido presente en el estómago. Para la modelación de las moléculas se utilizaron los programas Maestro, MarvinSketch y Avogadro. Se incluyó el efecto del pH mediante el cálculo de las protonaciones respectivas de la proteína y de los treinta y nueve metabolitos considerados. Consecuentemente se procedió a realizar el acoplamiento molecular por medio de AutoDock Vina 1.1.2. Se encontraron los mejores resultados de energía de afinidad (EA) para flavonoides y antocianinas contenidas en la fruta, tales como isorhamnetin 3-O-rutinósido, con una EA de -8.9 kcal/mol, como el valor de EA más alto. El mecanismo de acoplamiento es no competitivo y su EA es incluso mayor con respecto a compuestos actualmente estudiados para la inhibición o la actividad antiadherente frente a la H. pylori, como la molécula daphnetin, que revela una EA de -6.6 kcal/mol. |
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Para la modelación de las moléculas se utilizaron los programas Maestro, MarvinSketch y Avogadro. Se incluyó el efecto del pH mediante el cálculo de las protonaciones respectivas de la proteína y de los treinta y nueve metabolitos considerados. Consecuentemente se procedió a realizar el acoplamiento molecular por medio de AutoDock Vina 1.1.2. Se encontraron los mejores resultados de energía de afinidad (EA) para flavonoides y antocianinas contenidas en la fruta, tales como isorhamnetin 3-O-rutinósido, con una EA de -8.9 kcal/mol, como el valor de EA más alto. El mecanismo de acoplamiento es no competitivo y su EA es incluso mayor con respecto a compuestos actualmente estudiados para la inhibición o la actividad antiadherente frente a la H. pylori, como la molécula daphnetin, que revela una EA de -6.6 kcal/mol.#Frutosrojos#HelicobacterpyloriRequerimientos de sistema: Adobe Acrobat ReaderHelicobacter pylori (H. pylori) is a gram-negative bacterium, well known in the areas of pharmacy and microbiology due to its immunity to antibiotics and the numerous diseases it can cause. The purpose of this study is to perform molecular docking in order to identify potential drugs against this bacterium among the secondary metabolites present in red fruits, specifically in cranberry. For this study, urease is chosen, which is one of the most important proteins of H. pylori, because it is responsible for maintaining the optimum pH so that the bacterium does not die in the acidic environment present in the stomach. The Maestro, MarvinSketch and Avogadro programs were used to model the molecules. The effect of pH was included by calculating the respective protonations of the protein and the thirty-nine metabolites considered. The best affinity energy (AE) results were found for flavonoids and anthocyanins contained in the fruit, such as isorhamnetin 3-O-ruthinoside, with an AE of -8.9 kcal/mol, as the highest AE value. The coupling mechanism is non-competitive and its AE is even higher with respect to compounds currently studied for inhibition or anti-adhesion activity against H. pylori, such as the molecule daphnetin, which reveals an AE of -6.6 kcal/mol.35 páginasimage/jepg1 recurso en línea (archivo de textoUniversidad de Bogotá Jorge Tadeo LozanoDiseño IndustrialFacultad de Artes y Diseñoinstname:Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozanoreponame:Expeditio Repositorio Institucional UJTLHelicobacter pyloriAcoplamiento molecularUreasaMetabolitos secundariosActividad antiadherenteFlavonoidesAntocianinasQuímica -- Trabajos de gradoQuímica farmacéuticaQuímica combinatoriaDockingInvestigación desarrollada sobre frutos rojos frente a la helicobacter pyloriTrabajo de grado de pregradoTrabajo de gradoinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fAbierto (Texto Completo)http://purl.org/coar/access_right/c_f1cfORIGINALTrabajo de grado.pdfTrabajo de grado.pdfArchivo abierto / Open archiveapplication/pdf2262406https://expeditiorepositorio.utadeo.edu.co/bitstream/20.500.12010/11462/4/Trabajo%20de%20grado.pdfa2996d8c6be00655175a8a7f197e3f0dMD54open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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