Estandarización de la prueba RT-LAMP para la detección del virus del Chikungunya
El virus del Chikungunya (CHIKV) es un alfavirus transmitido por los mosquitos Aedes aegypti y Aedes albopictus (Higgs et al., 2015). Este virus representa un problema en salud pública, ya que en la actualidad se está diseminando en áreas urbanas (Carbona et al., 2018). Durante el transcurso del año...
- Autores:
-
Bolívar Flórez, Juliana Valentina
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2023
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
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- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/68832
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/68832
- Palabra clave:
- Chikungunya
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El virus del Chikungunya (CHIKV) es un alfavirus transmitido por los mosquitos Aedes aegypti y Aedes albopictus (Higgs et al., 2015). Este virus representa un problema en salud pública, ya que en la actualidad se está diseminando en áreas urbanas (Carbona et al., 2018). Durante el transcurso del año 2022 se reportaron un total de 271.176 casos de chikunguña en la región de las Américas, lo que supone un número mayor de casos reportados que en años anteriores (OMS, 2023). El objetivo de este trabajo fue realizar la estandarización de un método de detección rápido, sensible y de bajo costo llamado amplificación isotérmica mediada por bucle con transcripción inversa (RT-LAMP), implementado el uso de un dispositivo portátil de bajo costo (Portable Low-cost User-friendly Multimode PLUM) para la interpretación de los resultados. Para llevar a cabo la estandarización, se realizaron diluciones seriadas para evaluar el desempeño analítico de la técnica RT-PCR convencional y de la RT-LAMP, determinando el Rango reportable anticipado (RRA) y el Límite de detección (LoD). Se encontró que el LoD para la RT-LAMP se ajusta a la dilución 1/10^6, en comparación con la RT-PCR convencional donde el LoD corresponde a la dilución 1/10^3. En conclusión, se logró estandarizar por primera vez la técnica RT-LAMP con el uso del PLUM, donde la RT-LAMP mostró en comparación con la técnica RT-PCR convencional una mayor sensibilidad, debido a que detecta menores concentraciones del CHIKV. |
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Escalante-Maldonado, O., Gavilán, R. G., García, M. P., Marcelo, A., Pacheco, E., Cabezas, C., & Yamazaki, W. (2019). Desarrollo y validación del método de amplificación isotérmica mediada en lazo para la detección del virus Zika. Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Publica, 36, 442-447. Lira Carmona, R., De la Cruz Pérez, J., Maldonado Rodríguez, A., & Rojas Montes, O. (2018). Sistemas de amplificación isotérmica para la detección molecular de los virus zika, dengue y chikungunya. Mens. Bioquim, 42, 92-102. Notomi, T., Okayama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N., & Hase, T. (2000). Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic acids research, 28(12), e63-e63. Palacios-Martínez, D., Díaz-Alonso, R. A., Arce-Segura, L. J., & Díaz-Vera, E. (2015). Chikungunya, una enfermedad vírica emergente. Propuesta de un algoritmo de manejo clínico. SEMERGEN-Medicina de Familia, 41(4), 221-225. Yaren, O., Alto, B. W., Bradley, K. M., Moussatche, P., Glushakova, L., & Benner, S. A. (2018). Multiplexed isothermal amplification based diagnostic platform to detect zika, chikungunya, and dengue 1. JoVE (Journal of Visualized Experiments), (133), e57051 Higgs S, Vanlandingham D 2015. Chikungunya virus and its mosquito vectors. Vector Borne Zoonotic Dis 15:231-240. Sam I, Kummerer B, Chan Y, Roques P, Drosten C, Abubakar S 2015. Updates on Chikungunya epidemiology, Clinical disease, and Diagnostics. Vector-Borne Zoo Dis 5;(4):223-230 Sreekumar, E., Issac, A., Nair, S., Hariharan, R., Janki, M. B., Arathy, D. S., ... & Pillai, M. R. (2010). Genetic characterization of 2006-2008 isolates of Chikungunya virus from Kerala, South India, by whole genome sequence analysis. Virus genes, 40, 14-27. Zuluaga-Gómez M, Vanegas Isaza D. El virus Chikungunya en Colombia: aspectos clínicos y epidemiológicos y revisión de la literatura. Iatreia [Internet]. 17 de noviembre de 2015 [citado 14 de julio de 2023];29(1):65-74. 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Chikungunya virus and its mosquito vectors. Vector Borne Zoonotic Dis 15:231-240.Sam I, Kummerer B, Chan Y, Roques P, Drosten C, Abubakar S 2015. Updates on Chikungunya epidemiology, Clinical disease, and Diagnostics. Vector-Borne Zoo Dis 5;(4):223-230Sreekumar, E., Issac, A., Nair, S., Hariharan, R., Janki, M. B., Arathy, D. S., ... & Pillai, M. R. (2010). Genetic characterization of 2006-2008 isolates of Chikungunya virus from Kerala, South India, by whole genome sequence analysis. Virus genes, 40, 14-27.Zuluaga-Gómez M, Vanegas Isaza D. El virus Chikungunya en Colombia: aspectos clínicos y epidemiológicos y revisión de la literatura. Iatreia [Internet]. 17 de noviembre de 2015 [citado 14 de julio de 2023];29(1):65-74. Disponible en: https://revistas.udea.edu.co/index.php/iatreia/article/view/21728Kaur, P., & Chu, J. J. H. (2013). Chikungunya virus: an update on antiviral development and challenges. Drug discovery today, 18(19-20), 969-983.Barton, D. J., Sawicki, S. 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Aumento de casos y defunciones por chikunguña en la Región de las Américas. 2023. Descarga: https://www. paho. org/es/documentos/alerta-epidemiologica-aumento-chikunguna-region-americas.Organización Panamericana de la Salud / Organización Mundial de la Salud. Alerta Epidemiológica: Aumento de casos y defunciones por chikunguña en la Región de las Américas. 8 de marzo de 2023. Washington, D.C. OPS/OMS. 2023da Silva, S. J. R., Pardee, K., Balasuriya, U. B., & Pena, L. (2021). Development and validation of a one-step reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) for rapid detection of ZIKV in patient samples from Brazil. Scientific reports, 11(1), 4111.Saechue, B., Kamiyama, N., Wang, Y., Fukuda, C., Watanabe, K., Soga, Y., ... & Kobayashi, T. (2020). Development of a portable reverse transcription loop-mediated isothermal amplification system to detect the E1 region of Chikungunya virus in a cost-effective manner. Genes to Cells, 25(9), 615-625.León, C. 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