Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces
"Este proyecto plantea una estrategi para la evaluación y optimización de métodos computacionales para identificar la fuente de origen genética y su abundancia en datos metagenómicos de mezclas de alimentos para peces, utilizando datos de secuenciación previamente generados por el Instituto de...
- Autores:
-
Moreno Ibarguen, Carlos
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43781
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/43781
- Palabra clave:
- Metagenómica - Investigaciones - Modelos matemáticos
Peces - Alimentos - Investigaciones
Optimización matemática - Investigaciones
Bioinformática - Investigaciones
Biología
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- openAccess
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"Este proyecto plantea una estrategi para la evaluación y optimización de métodos computacionales para identificar la fuente de origen genética y su abundancia en datos metagenómicos de mezclas de alimentos para peces, utilizando datos de secuenciación previamente generados por el Instituto de investigación marina IMR de Noruega, basados en una librería de genes nucleares, conformados por cinco grupos de muestras (tres controles y datos experimentales). Para cada una de las especies de interés: Cod (Gadus morhua), Haddock (Melanogrammus aeglefinus), Pike (Esox lucius), Platy (Xiphophorus maculatus), Atlantic Salmón (Salmo salar), y Tilapia (Oreochromis niloticus) se descargó su respectivo genoma de referencia del repositorio público online de NCBI. Se realizaron análisis de calidad, corrección de adaptadores, luego se generaron simulaciones de lecturas (reads) a partir de los mismos genomas de referencia, con el objeto de optimizar los genomas de referencia para que fueran lo más precisos posibles en la identificación en cada una de sus respectivas especies..." -- Tomado del Formato de Documento de Grado. |
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