Prediction of transposable elements
Transposable Elements (TEs) play a fundamental role on the DNA sequences in eukariotic genomes. Their nature imply they form repetitive regions, which control the structure, rearrangement and regulatory functions inside our genome. With the new sequencing techniques and the lack of bioinformatic sof...
- Autores:
-
Jiménez Gacha, Stephannie
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/45395
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/45395
- Palabra clave:
- Transposones
Genómica
Bioinformática
Ingeniería
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
id |
UNIANDES2_eb727a9d515f635e502e222dfb822036 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/45395 |
network_acronym_str |
UNIANDES2 |
network_name_str |
Séneca: repositorio Uniandes |
repository_id_str |
|
spelling |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Duitama Castellanos, Jorge Alexander579ff412-de79-4c40-a3c9-02c47a5ad340400Jiménez Gacha, Stephannie40c04b95-f057-4259-b4cb-8967121a93a95002020-09-03T15:58:13Z2020-09-03T15:58:13Z2019http://hdl.handle.net/1992/45395u827442.pdfinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/Transposable Elements (TEs) play a fundamental role on the DNA sequences in eukariotic genomes. Their nature imply they form repetitive regions, which control the structure, rearrangement and regulatory functions inside our genome. With the new sequencing techniques and the lack of bioinformatic software that is capable of predicting TEs, arise the problem of detecting these sequences. Using an approach based on kmer search on an FM-Index we were able to indentify type I retrotransposons. Finally, we measured the effectivity of our proposed method in the Saccharomyces genome database obtaining 68.19% of precision, 58.82% of recall and 63.15% of F-measure. A further evaluation is needed using other genomes that vary their composition of repetitive elements to determine the performance of the proposed method."Los elementos transponibles (TE) desempeñan un papel fundamental en las secuencias de ADN en los genomas eucarióticos. Su naturaleza implica que forman regiones repetitivas, que controlan la estructura, la reorganización y las funciones reguladoras dentro de nuestro genoma. Con las nuevas técnicas de secuenciación y la falta de software bioinformático capaz de predecir los TE, surge el problema de la detección de estas secuencias. Usando un enfoque basado en la búsqueda kmer en un índice FM, pudimos identificar retrotransposones tipo I. Finalmente, medimos la efectividad de nuestro método propuesto en la base de datos del genoma de Saccharomyces obteniendo 68.19% de precisión, 58.82% de recordación y 63.15% de F-medida. Se necesita una evaluación adicional utilizando otros genomas que varían su composición de elementos repetitivos para determinar el rendimiento del método propuesto."--Tomado del Formato de Documento de Grado.Ingeniero de Sistemas y ComputaciónPregrado7 hojasapplication/pdfengUniversidad de los AndesIngeniería de Sistemas y ComputaciónFacultad de IngenieríaDepartamento de Ingeniería de Sistemas y Computacióninstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaPrediction of transposable elementsTrabajo de grado - Pregradoinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TPTransposonesGenómicaBioinformáticaIngenieríaPublicationTHUMBNAILu827442.pdf.jpgu827442.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg22366https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/b7a68797-8ada-455e-9c81-14eda24b1402/download3d497ccdf15b7de320d40bcf7380b28bMD55TEXTu827442.pdf.txtu827442.pdf.txtExtracted texttext/plain30857https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/c7bde143-5364-4a41-b840-c14a7ba17a2e/download356ff255da182e2ec4dbeb6d57267e44MD54ORIGINALu827442.pdfapplication/pdf319636https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fdd3a7b8-0bf8-48f1-8167-735b718a2473/download217a7ce69760e6da8fdcfa467c6409f5MD511992/45395oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/453952023-10-10 15:56:43.51http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co |
dc.title.es_CO.fl_str_mv |
Prediction of transposable elements |
title |
Prediction of transposable elements |
spellingShingle |
Prediction of transposable elements Transposones Genómica Bioinformática Ingeniería |
title_short |
Prediction of transposable elements |
title_full |
Prediction of transposable elements |
title_fullStr |
Prediction of transposable elements |
title_full_unstemmed |
Prediction of transposable elements |
title_sort |
Prediction of transposable elements |
dc.creator.fl_str_mv |
Jiménez Gacha, Stephannie |
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Duitama Castellanos, Jorge Alexander |
dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Jiménez Gacha, Stephannie |
dc.subject.armarc.es_CO.fl_str_mv |
Transposones Genómica Bioinformática |
topic |
Transposones Genómica Bioinformática Ingeniería |
dc.subject.themes.none.fl_str_mv |
Ingeniería |
description |
Transposable Elements (TEs) play a fundamental role on the DNA sequences in eukariotic genomes. Their nature imply they form repetitive regions, which control the structure, rearrangement and regulatory functions inside our genome. With the new sequencing techniques and the lack of bioinformatic software that is capable of predicting TEs, arise the problem of detecting these sequences. Using an approach based on kmer search on an FM-Index we were able to indentify type I retrotransposons. Finally, we measured the effectivity of our proposed method in the Saccharomyces genome database obtaining 68.19% of precision, 58.82% of recall and 63.15% of F-measure. A further evaluation is needed using other genomes that vary their composition of repetitive elements to determine the performance of the proposed method. |
publishDate |
2019 |
dc.date.issued.none.fl_str_mv |
2019 |
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2020-09-03T15:58:13Z |
dc.date.available.none.fl_str_mv |
2020-09-03T15:58:13Z |
dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Pregrado |
dc.type.coarversion.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
dc.type.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TP |
format |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1992/45395 |
dc.identifier.pdf.none.fl_str_mv |
u827442.pdf |
dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes |
dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional Séneca |
dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
url |
http://hdl.handle.net/1992/45395 |
identifier_str_mv |
u827442.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
rights_invalid_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv |
7 hojas |
dc.format.mimetype.es_CO.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.es_CO.fl_str_mv |
Universidad de los Andes |
dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv |
Ingeniería de Sistemas y Computación |
dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv |
Facultad de Ingeniería |
dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv |
Departamento de Ingeniería de Sistemas y Computación |
dc.source.es_CO.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca |
instname_str |
Universidad de los Andes |
institution |
Universidad de los Andes |
reponame_str |
Repositorio Institucional Séneca |
collection |
Repositorio Institucional Séneca |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/b7a68797-8ada-455e-9c81-14eda24b1402/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/c7bde143-5364-4a41-b840-c14a7ba17a2e/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fdd3a7b8-0bf8-48f1-8167-735b718a2473/download |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
3d497ccdf15b7de320d40bcf7380b28b 356ff255da182e2ec4dbeb6d57267e44 217a7ce69760e6da8fdcfa467c6409f5 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositorio institucional Séneca |
repository.mail.fl_str_mv |
adminrepositorio@uniandes.edu.co |
_version_ |
1812133846722805760 |