Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada
En el trabajo se realiza un analisis de alfa y beta diversidad de la composición bacteriana de 6 puntos del distrito de riego La Ramada, a partir de abundancias medidas posterior a la clasificación taxonómica realizada en 3 herramientas.
- Autores:
-
Bautista Sánchez, Edwin Dwan
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2022
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/56241
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/56241
- Palabra clave:
- Bioinformática
Biología computacional
Metagenómica
Diversidad
Ecología microbiana
Ecología microbiana
Sistemas biológicos
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
| id |
UNIANDES2_e84de2ea86fd95fe4059c8c899569fc4 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/56241 |
| network_acronym_str |
UNIANDES2 |
| network_name_str |
Séneca: repositorio Uniandes |
| repository_id_str |
|
| dc.title.none.fl_str_mv |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| title |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| spellingShingle |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada Bioinformática Biología computacional Metagenómica Diversidad Ecología microbiana Ecología microbiana Sistemas biológicos Biología |
| title_short |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| title_full |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| title_fullStr |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| title_full_unstemmed |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| title_sort |
Estudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La Ramada |
| dc.creator.fl_str_mv |
Bautista Sánchez, Edwin Dwan |
| dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Echeverry Gaitán, María Clara Duitama Castellanos, Jorge Alexander |
| dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Bautista Sánchez, Edwin Dwan |
| dc.contributor.jury.none.fl_str_mv |
Husserl Orjuela, Johana |
| dc.contributor.researchgroup.es_CO.fl_str_mv |
TICSw: Tecnologías de información y construcción de software |
| dc.subject.keyword.none.fl_str_mv |
Bioinformática Biología computacional Metagenómica Diversidad Ecología microbiana |
| topic |
Bioinformática Biología computacional Metagenómica Diversidad Ecología microbiana Ecología microbiana Sistemas biológicos Biología |
| dc.subject.armarc.none.fl_str_mv |
Ecología microbiana Sistemas biológicos |
| dc.subject.themes.es_CO.fl_str_mv |
Biología |
| description |
En el trabajo se realiza un analisis de alfa y beta diversidad de la composición bacteriana de 6 puntos del distrito de riego La Ramada, a partir de abundancias medidas posterior a la clasificación taxonómica realizada en 3 herramientas. |
| publishDate |
2022 |
| dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2022-03-08T20:40:03Z |
| dc.date.available.none.fl_str_mv |
2022-03-08T20:40:03Z |
| dc.date.issued.none.fl_str_mv |
2022-02-10 |
| dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Maestría |
| dc.type.coarversion.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
| dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TM |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1992/56241 |
| dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes |
| dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional Séneca |
| dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
| url |
http://hdl.handle.net/1992/56241 |
| identifier_str_mv |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
| dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv |
spa |
| language |
spa |
| dc.relation.references.es_CO.fl_str_mv |
Almakki, A., Jumas-Bilak, E., Marchandin, H., & Licznar-Fajardo, P. (2019). Antibiotic resistance in urban runoff. The Science of the total environment, 667, 64¿76. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.02.183 Amir, A., McDonald, D., Navas-Molina, J. A., Kopylova, E., Morton, J. T., Zech Xu, Z., Kightley, E. P., Thompson, L. R., Hyde, E. R., Gonzalez, A., & Knight, R. (2017). Deblur Rapidly Resolves Single-Nucleotide Community Sequence Patterns. mSystems, 2(2), e00191-16. https://doi.org/10.1128/mSystems.00191-16 Balvo¿i¿t¿, M., & Huson, D. H. (2017). SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT - how do these taxonomies compare?. BMC genomics, 18(Suppl 2), 114. https://doi.org/10.1186/s12864-017-3501-4 Bender, M. A., Farach-Colton, M., Pemmasani, G., Skiena, S., & Sumazin, P. (2005). Lowest common ancestors in trees and directed acyclic graphs. Journal of Algorithms, 57(2), 75¿94. https://doi.org/10.1016/j.jalgor.2005.08.001 Bolyen, E., Rideout, J. R., Dillon, M. R., Bokulich, N. A., Abnet, C. C., Al-Ghalith, G. A., Alexander, H., Alm, E. J., Arumugam, M., Asnicar, F., Bai, Y., Bisanz, J. E., Bittinger, K., Brejnrod, A., Brislawn, C. J., Brown, C. T., Callahan, B. J., Caraballo-Rodríguez, A. M., Chase, J., Cope, E. K., ¿ Caporaso, J. G. (2019). Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature biotechnology, 37(8), 852¿857. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9 Corporación Autónoma Regional. (2009). Evaluación Ambiental y de Plan de Gestión Ambiental. Adecuación Hidráulica y Recuperación Ambiental Río Bogotá. http://web2.car.gov.co/recursos_user/Proyectos%20Especiales/río%20BOGOTA/Evaluacion%20Ambiental%20Volumen%20I.pdf Colwell, R. (2009). III.1 Biodiversity: Concepts, Patterns, and Measurement. In S. Levin, S. Carpenter, H. Godfray, A. Kinzig, M. Loreau, J. Losos, B. Walker & D. Wilcove (Ed.), The Princeton Guide to Ecology (pp. 257-263). Princeton: Princeton University Press. https://doi.org/10.1515/9781400833023.257 Cundell A. M. (2018). Microbial Ecology of the Human Skin. Microbial ecology, 76(1), 113¿120. https://doi.org/10.1007/s00248-016-0789-6 Díaz-Martínez, Jorge Alberto, & Granada-Torres, Carlos Arturo. (2018). Efecto de las actividades antrópicas sobre las características fisicoquímicas y microbiológicas del río Bogotá a lo largo del municipio de Villapinzón, Colombia. Revista de la Facultad de Medicina, 66(1), 45-52. https://doi.org/10.15446/revfacmed.v66n1.59728 Fierer, N., Breitbart, M., Nulton, J., Salamon, P., Lozupone, C., Jones, R., Robeson, M., Edwards, R. A., Felts, B., Rayhawk, S., Knight, R., Rohwer, F., & Jackson, R. B. (2007). Metagenomic and small-subunit rRNA analyses reveal the genetic diversity of bacteria, archaea, fungi, and viruses in soil. Applied and environmental microbiology, 73(21), 7059¿7066. https://doi.org/10.1128/AEM.00358-07 Figueira, V., Vaz-Moreira, I., Silva, M., & Manaia, C. M. (2011). Diversity and antibiotic resistance of Aeromonas spp. in drinking and waste water treatment plants. Water research, 45(17), 5599¿5611. https://doi.org/10.1016/j.watres.2011.08.021 Gardner, P. P., Watson, R. J., Morgan, X. C., Draper, J. L., Finn, R. D., Morales, S. E., & Stott, M. B. (2019). Identifying accurate metagenome and amplicon software via a meta-analysis of sequence to taxonomy benchmarking studies. PeerJ, 7, e6160. https://doi.org/10.7717/peerj.6160 Handelsman J. (2004). Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR, 68(4), 669¿685. https://doi.org/10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004 Henao-Herreño, L. X., López-Tamayo, A. M., Ramos-Bonilla, J. P., Haas, C. N., & Husserl, J. (2017). Risk of Illness with Salmonella due to Consumption of Raw Unwashed Vegetables Irrigated with Water from the Bogotá River. Risk analysis : an official publication of the Society for Risk Analysis, 37(4), 733¿743. https://doi.org/10.1111/risa.12656 Kittinger, C., Kirschner, A., Lipp, M., Baumert, R., Mascher, F., Farnleitner, A. H., & Zarfel, G. E. (2017). Antibiotic Resistance of Acinetobacter spp. Isolates from the River Danube: Susceptibility Stays High. International journal of environmental research and public health, 15(1), 52. https://doi.org/10.3390/ijerph15010052 Labella, A, Molero, R, Leiva-Rebollo, R, Pérez-Recuerda, R, Borrego, JJ (2021). Identification, resistance to antibiotics and biofilm formation of bacterial strains isolated from a reverse osmosis system of a drinking water treatment plant. Science of The Total Environment. 774(145718). https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.145718 Magurran, A. E. (2004). Measuring biological diversity. Malden, Ma: Blackwell Pub. http://www.bio-nica.info/Biblioteca/Magurran2004MeasuringBiological.pdf Mande, S. S., Mohammed, M. H., & Ghosh, T. S. (2012). Classification of metagenomic sequences: methods and challenges. Briefings in bioinformatics, 13(6), 669¿681. https://doi.org/10.1093/bib/bbs054 Menzel, P., Ng, K. L., & Krogh, A. (2016). Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju. Nature communications, 7, 11257. https://doi.org/10.1038/ncomms11257 Miranda, D., Carranza, C., Rojas, C. A., Jerez, C. M., Fischer, G., & Zurita, J. (2011). Acumulación de metales pesados en suelo y plantas de cuatro cultivos hortícolas, regados con agua del río Bogotá. Revista Colombiana De Ciencias Hortícolas, 2(2), 180¿191. https://doi.org/10.17584/rcch.2008v2i2.1186 Niest¿pski, S., Harnisz, M., Korzeniewska, E., Aguilera-Arreola, M. G., Contreras-Rodríguez, A., Filipkowska, Z., & Osi¿ska, A. (2019). The emergence of antimicrobial resistance in environmental strains of the Bacteroides fragilis group. Environment international, 124, 408¿419. https://doi.org/10.1016/j.envint.2018.12.056 Oksanen J, Blanchet FG, Friendly M, Kindt R, Legendre P, McGlinn D, Minchin PR, O¿Hara RB, Simpson GL, Solymos P, et al. (2020). Package ¿vegan¿. Community ecology package, version. 2.5-7. https://CRAN.R-project.org/package=vegan Oviedo, A. (2021). Identificación de bacterias resistentes a betalactámicos en aguas para riego agrícola en la Ramada, Cundinamarca. [Tesis de Maestría. Universidad Nacional de Colombia] Posada-Perlaza, C. E., Ramírez-Rojas, A., Porras, P., Adu-Oppong, B., Botero-Coy, A. M., Hernández, F., Anzola, J. M., Díaz, L., Dantas, G., Reyes, A., & Zambrano, M. M. (2019). Bogotá River anthropogenic contamination alters microbial communities and promotes spread of antibiotic resistance genes. Scientific reports, 9(1), 11764. https://doi.org/10.1038/s41598-019-48200-6 Quast, C., Pruesse, E., Yilmaz, P., Gerken, J., Schweer, T., Yarza, P., Peplies, J., & Glöckner, F. O. (2013). The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools. Nucleic acids research, 41(Database issue), D590¿D596. https://doi.org/10.1093/nar/gks1219 R Core Team (2021). R: A language and environment for statistical computing. Vienna, Austria. R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/. Ramos, M. S., Furlan, J., Gallo, I., Dos Santos, L., de Campos, T. A., Savazzi, E. A., & Stehling, E. G. (2020). High Level of Resistance to Antimicrobials and Heavy Metals in Multidrug-Resistant Pseudomonas sp. Isolated from Water Sources. Current microbiology, 77(10), 2694¿2701. https://doi.org/10.1007/s00284-020-02052-w Rognes, T., Flouri, T., Nichols, B., Quince, C., & Mahé, F. (2016). VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics. PeerJ, 4, e2584. https://doi.org/10.7717/peerj.2584 Sánchez-Baena, A. M., Caicedo-Bejarano, L. D., & Chávez-Vivas, M. (2021). Structure of Bacterial Community with Resistance to Antibiotics in Aquatic Environments. A Systematic Review. International journal of environmental research and public health, 18(5), 2348. https://doi.org/10.3390/ijerph18052348 Sánchez, G., Chandillo, L.E., Ortiz, C., Sánchez, C., Oviedo, A., Bustos-López, M.C., Echeverry, M.C., López, M.C., & Mancipe-Muñoz, N.A. (2021). Perfil fisicoquímico, bacteríológico y parasitológico del agua de riego para cultivos de hortalizas en la Sabana de Bogotá. En N. Castaño & M. Feuillet (Comp.), 64° Congreso Internacional Agua, Saneamiento, Ambiente y Energias Renovables (pp. 185-191). Bogotá, Colombia. https://www.acodal.org.co/wp-content/uploads/Memorias-64-Congreso-ISSN-2539-0309.pdf Sánchez Romero, C. (2020). Evaluación de la toxicidad en sedimentos de los canales del Distrito de Riego de La Ramada mediante la utilización de dos bioensayos. [Tesis de Maestría. Universidad Nacional de Colombia] https://repositorío.unal.edu.co/bitstream/handle/unal/78837/Tesis%20C.%20Sanchez.pdf?sequence=1&isAllowed=y Séguin A, Gravel D, Archambault P. Effect of Disturbance Regime on Alpha and Beta Diversity of Rock Pools. Diversity. 2014; 6(1):1-17. https://doi.org/10.3390/d6010001 Simberloff, D. (1972). Properties of the Rarefaction Diversity Measurement. The American Naturalist, 106(949), 414-418. https://doi.org/10.1086/282781 Simpson, E. H. (1949). Measurement of diversity. Nature, 163, 688. https://people.wku.edu/charles.smith/biogeog/SIMP1949.pdf Spellerberg, I.F. and Fedor, P.J. (2003), A tribute to Claude Shannon (1916¿2001) and a plea for more rigorous use of species richness, species diversity and the ¿Shannon¿Wiener¿ Index. Global Ecology and Biogeography, 12: 177-179. https://doi.org/10.1046/j.1466-822X.2003.00015.x UNESCO, UN-Water, (2020): United Nations World Water Development Report 2020: Water and Climate Change, UNESCO. https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000372985/PDF/372985eng.pdf.multi Venegas, C., Diez, H., Blanch, A. R., Jofre, J., & Campos, C. (2015). Microbial source markers assessment in the Bogotá River basin (Colombia). Journal of water and health, 13(3), 801¿810. https://doi.org/10.2166/wh.2015.240 Vetrovsky, T., & Baldrian, P. (2013). The variability of the 16S rRNA gene in bacterial genomes and its consequences for bacterial community analyses. PloS one, 8(2), e57923. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0057923 Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. (2016) Springer-Verlag New York, https://ggplot2.tidyverse.org. Woese, C. R., & Fox, G. E. (1977). Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 74(11), 5088¿5090. https://doi.org/10.1073/pnas.74.11.5088 Wood, D. E., Lu, J., & Langmead, B. (2019). Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome biology, 20(1), 257. https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0 Wood, D. E., & Salzberg, S. L. (2014). Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments. Genome biology, 15(3), R46. https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46 Yadav, R., Rajput, V., & Dharne, M. (2021). Metagenomic analysis of a mega-city river network reveals microbial compositional heterogeneity among urban and peri-urban river stretch. The Science of the total environment, 783, 146960. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146960 Ye, S. H., Siddle, K. J., Park, D. J., & Sabeti, P. C. (2019). Benchmarking Metagenomics Tools for Taxonomic Classification. Cell, 178(4), 779¿794. https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.07.010 Zhang, S. Y., Tsementzi, D., Hatt, J. K., Bivins, A., Khelurkar, N., Brown, J., Tripathi, S. N., & Konstantinidis, K. T. (2019). Intensive allochthonous inputs along the Ganges River and their effect on microbial community composition and dynamics. Environmental microbiology, 21(1), 182¿196. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14439 |
| dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ |
| dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| rights_invalid_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv |
21 páginas |
| dc.publisher.es_CO.fl_str_mv |
Universidad de los Andes |
| dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv |
Maestría en Biología Computacional |
| dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
| dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv |
Departamento de Ciencias Biológicas |
| institution |
Universidad de los Andes |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/dfc80e4c-e523-4e7a-8bcc-47955804761f/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/79baf4fe-a93f-4e3d-b550-efab28bb69dc/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/ab48bd86-a0ad-4326-8a30-3dce4d14dcf1/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/07b2e035-a132-4a86-93bf-53694f2fef2f/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/8cfd8b79-8269-477e-9676-8568a4ac35d3/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/41df4c37-4599-4640-8060-4c16ea654f0f/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fc4a11ff-c138-4326-9c4a-210d437b8baa/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/5979583f-b280-4bc6-a65f-40d5a3dc486f/download |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
96eefd3fcd955522a40ea5114f8540c6 8ca7a40c0dbe1d3581094af17b9b2c03 0175ea4a2d4caec4bbcc37e300941108 5aa5c691a1ffe97abd12c2966efcb8d6 74e9f4fdf57145a86746d376d1563dce 73217b39ebf43c407b3c0d10740d366e 8e424162c190e8a69acfd649fb5d9e59 580ff00575d556dbe6b22b67ee161906 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio institucional Séneca |
| repository.mail.fl_str_mv |
adminrepositorio@uniandes.edu.co |
| _version_ |
1818111819395366912 |
| spelling |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Echeverry Gaitán, María Clarad823b5cf-51e0-4a48-9f07-adbd0bb3835c600Duitama Castellanos, Jorge Alexandervirtual::7442-1Bautista Sánchez, Edwin Dwan5a95efd4-49f2-4a95-8286-f20fa9fb3ba1600Husserl Orjuela, JohanaTICSw: Tecnologías de información y construcción de software2022-03-08T20:40:03Z2022-03-08T20:40:03Z2022-02-10http://hdl.handle.net/1992/56241instname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/En el trabajo se realiza un analisis de alfa y beta diversidad de la composición bacteriana de 6 puntos del distrito de riego La Ramada, a partir de abundancias medidas posterior a la clasificación taxonómica realizada en 3 herramientas.El incremento de la población humano y su actividad asociada, han tenido impacto en la composición bacteriana de muchos ambientes, entre ellos los entornos acuáticos. Se ha reportado que en cuerpos de agua como ríos, lagos, lagunas y efluentes de plantas de tratamiento de aguas residuales, se presentan mayor abundancia bacterias presentes en el tracto gastrointestinal. Se han realizado trabajos donde han reportado la presencia de Salmonella, E. coli, Bacteroides, Bifiodobacterium y otros Bacteroidetes en el río Bogotá. En este trabajo se caracterizó la composición de la comunidad microbiana acuática de muestras tomadas en seis lugares en el distrito de riego La Ramada, a partir de secuenciación dirigida al gen del ARNr 16s. Las bacterias identificadas con las distintas herramientas dan cuenta que la actividad humana puede tener un impacto negativo en la calidad del agua, consistente con trabajos previos.Al Ministerío de Ciencia, Tecnología e Innovación. Proyecto ¿Identificación de contaminantes emergentes y microbiológicos, análisis metagenómico bacteriano y perfil de resistencia a antibióticos en aguas de riego y hortalizas de la Sabana occidental de Cundinamarca, código 110180763785¿.Magíster en Biología ComputacionalMaestría21 páginasspaUniversidad de los AndesMaestría en Biología ComputacionalFacultad de CienciasDepartamento de Ciencias BiológicasEstudio de la composición de comunidades bacterianas en aguas del distrito de riego La RamadaTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMBioinformáticaBiología computacionalMetagenómicaDiversidadEcología microbianaEcología microbianaSistemas biológicosBiologíaAlmakki, A., Jumas-Bilak, E., Marchandin, H., & Licznar-Fajardo, P. (2019). Antibiotic resistance in urban runoff. The Science of the total environment, 667, 64¿76. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.02.183Amir, A., McDonald, D., Navas-Molina, J. A., Kopylova, E., Morton, J. T., Zech Xu, Z., Kightley, E. P., Thompson, L. R., Hyde, E. R., Gonzalez, A., & Knight, R. (2017). Deblur Rapidly Resolves Single-Nucleotide Community Sequence Patterns. mSystems, 2(2), e00191-16. https://doi.org/10.1128/mSystems.00191-16Balvo¿i¿t¿, M., & Huson, D. H. (2017). SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT - how do these taxonomies compare?. BMC genomics, 18(Suppl 2), 114. https://doi.org/10.1186/s12864-017-3501-4Bender, M. A., Farach-Colton, M., Pemmasani, G., Skiena, S., & Sumazin, P. (2005). Lowest common ancestors in trees and directed acyclic graphs. Journal of Algorithms, 57(2), 75¿94. https://doi.org/10.1016/j.jalgor.2005.08.001Bolyen, E., Rideout, J. R., Dillon, M. R., Bokulich, N. A., Abnet, C. C., Al-Ghalith, G. A., Alexander, H., Alm, E. J., Arumugam, M., Asnicar, F., Bai, Y., Bisanz, J. E., Bittinger, K., Brejnrod, A., Brislawn, C. J., Brown, C. T., Callahan, B. J., Caraballo-Rodríguez, A. M., Chase, J., Cope, E. K., ¿ Caporaso, J. G. (2019). Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature biotechnology, 37(8), 852¿857. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9Corporación Autónoma Regional. (2009). Evaluación Ambiental y de Plan de Gestión Ambiental. Adecuación Hidráulica y Recuperación Ambiental Río Bogotá. http://web2.car.gov.co/recursos_user/Proyectos%20Especiales/río%20BOGOTA/Evaluacion%20Ambiental%20Volumen%20I.pdfColwell, R. (2009). III.1 Biodiversity: Concepts, Patterns, and Measurement. In S. Levin, S. Carpenter, H. Godfray, A. Kinzig, M. Loreau, J. Losos, B. Walker & D. Wilcove (Ed.), The Princeton Guide to Ecology (pp. 257-263). Princeton: Princeton University Press. https://doi.org/10.1515/9781400833023.257Cundell A. M. (2018). Microbial Ecology of the Human Skin. Microbial ecology, 76(1), 113¿120. https://doi.org/10.1007/s00248-016-0789-6Díaz-Martínez, Jorge Alberto, & Granada-Torres, Carlos Arturo. (2018). Efecto de las actividades antrópicas sobre las características fisicoquímicas y microbiológicas del río Bogotá a lo largo del municipio de Villapinzón, Colombia. Revista de la Facultad de Medicina, 66(1), 45-52. https://doi.org/10.15446/revfacmed.v66n1.59728Fierer, N., Breitbart, M., Nulton, J., Salamon, P., Lozupone, C., Jones, R., Robeson, M., Edwards, R. A., Felts, B., Rayhawk, S., Knight, R., Rohwer, F., & Jackson, R. B. (2007). Metagenomic and small-subunit rRNA analyses reveal the genetic diversity of bacteria, archaea, fungi, and viruses in soil. Applied and environmental microbiology, 73(21), 7059¿7066. https://doi.org/10.1128/AEM.00358-07Figueira, V., Vaz-Moreira, I., Silva, M., & Manaia, C. M. (2011). Diversity and antibiotic resistance of Aeromonas spp. in drinking and waste water treatment plants. Water research, 45(17), 5599¿5611. https://doi.org/10.1016/j.watres.2011.08.021Gardner, P. P., Watson, R. J., Morgan, X. C., Draper, J. L., Finn, R. D., Morales, S. E., & Stott, M. B. (2019). Identifying accurate metagenome and amplicon software via a meta-analysis of sequence to taxonomy benchmarking studies. PeerJ, 7, e6160. https://doi.org/10.7717/peerj.6160Handelsman J. (2004). Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR, 68(4), 669¿685. https://doi.org/10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004Henao-Herreño, L. X., López-Tamayo, A. M., Ramos-Bonilla, J. P., Haas, C. N., & Husserl, J. (2017). Risk of Illness with Salmonella due to Consumption of Raw Unwashed Vegetables Irrigated with Water from the Bogotá River. Risk analysis : an official publication of the Society for Risk Analysis, 37(4), 733¿743. https://doi.org/10.1111/risa.12656Kittinger, C., Kirschner, A., Lipp, M., Baumert, R., Mascher, F., Farnleitner, A. H., & Zarfel, G. E. (2017). Antibiotic Resistance of Acinetobacter spp. Isolates from the River Danube: Susceptibility Stays High. International journal of environmental research and public health, 15(1), 52. https://doi.org/10.3390/ijerph15010052Labella, A, Molero, R, Leiva-Rebollo, R, Pérez-Recuerda, R, Borrego, JJ (2021). Identification, resistance to antibiotics and biofilm formation of bacterial strains isolated from a reverse osmosis system of a drinking water treatment plant. Science of The Total Environment. 774(145718). https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.145718Magurran, A. E. (2004). Measuring biological diversity. Malden, Ma: Blackwell Pub. http://www.bio-nica.info/Biblioteca/Magurran2004MeasuringBiological.pdfMande, S. S., Mohammed, M. H., & Ghosh, T. S. (2012). Classification of metagenomic sequences: methods and challenges. Briefings in bioinformatics, 13(6), 669¿681. https://doi.org/10.1093/bib/bbs054Menzel, P., Ng, K. L., & Krogh, A. (2016). Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju. Nature communications, 7, 11257. https://doi.org/10.1038/ncomms11257Miranda, D., Carranza, C., Rojas, C. A., Jerez, C. M., Fischer, G., & Zurita, J. (2011). Acumulación de metales pesados en suelo y plantas de cuatro cultivos hortícolas, regados con agua del río Bogotá. Revista Colombiana De Ciencias Hortícolas, 2(2), 180¿191. https://doi.org/10.17584/rcch.2008v2i2.1186Niest¿pski, S., Harnisz, M., Korzeniewska, E., Aguilera-Arreola, M. G., Contreras-Rodríguez, A., Filipkowska, Z., & Osi¿ska, A. (2019). The emergence of antimicrobial resistance in environmental strains of the Bacteroides fragilis group. Environment international, 124, 408¿419. https://doi.org/10.1016/j.envint.2018.12.056Oksanen J, Blanchet FG, Friendly M, Kindt R, Legendre P, McGlinn D, Minchin PR, O¿Hara RB, Simpson GL, Solymos P, et al. (2020). Package ¿vegan¿. Community ecology package, version. 2.5-7. https://CRAN.R-project.org/package=veganOviedo, A. (2021). Identificación de bacterias resistentes a betalactámicos en aguas para riego agrícola en la Ramada, Cundinamarca. [Tesis de Maestría. Universidad Nacional de Colombia]Posada-Perlaza, C. E., Ramírez-Rojas, A., Porras, P., Adu-Oppong, B., Botero-Coy, A. M., Hernández, F., Anzola, J. M., Díaz, L., Dantas, G., Reyes, A., & Zambrano, M. M. (2019). Bogotá River anthropogenic contamination alters microbial communities and promotes spread of antibiotic resistance genes. Scientific reports, 9(1), 11764. https://doi.org/10.1038/s41598-019-48200-6Quast, C., Pruesse, E., Yilmaz, P., Gerken, J., Schweer, T., Yarza, P., Peplies, J., & Glöckner, F. O. (2013). The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools. Nucleic acids research, 41(Database issue), D590¿D596. https://doi.org/10.1093/nar/gks1219R Core Team (2021). R: A language and environment for statistical computing. Vienna, Austria. R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/.Ramos, M. S., Furlan, J., Gallo, I., Dos Santos, L., de Campos, T. A., Savazzi, E. A., & Stehling, E. G. (2020). High Level of Resistance to Antimicrobials and Heavy Metals in Multidrug-Resistant Pseudomonas sp. Isolated from Water Sources. Current microbiology, 77(10), 2694¿2701. https://doi.org/10.1007/s00284-020-02052-wRognes, T., Flouri, T., Nichols, B., Quince, C., & Mahé, F. (2016). VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics. PeerJ, 4, e2584. https://doi.org/10.7717/peerj.2584Sánchez-Baena, A. M., Caicedo-Bejarano, L. D., & Chávez-Vivas, M. (2021). Structure of Bacterial Community with Resistance to Antibiotics in Aquatic Environments. A Systematic Review. International journal of environmental research and public health, 18(5), 2348. https://doi.org/10.3390/ijerph18052348Sánchez, G., Chandillo, L.E., Ortiz, C., Sánchez, C., Oviedo, A., Bustos-López, M.C., Echeverry, M.C., López, M.C., & Mancipe-Muñoz, N.A. (2021). Perfil fisicoquímico, bacteríológico y parasitológico del agua de riego para cultivos de hortalizas en la Sabana de Bogotá. En N. Castaño & M. Feuillet (Comp.), 64° Congreso Internacional Agua, Saneamiento, Ambiente y Energias Renovables (pp. 185-191). Bogotá, Colombia. https://www.acodal.org.co/wp-content/uploads/Memorias-64-Congreso-ISSN-2539-0309.pdfSánchez Romero, C. (2020). Evaluación de la toxicidad en sedimentos de los canales del Distrito de Riego de La Ramada mediante la utilización de dos bioensayos. [Tesis de Maestría. Universidad Nacional de Colombia] https://repositorío.unal.edu.co/bitstream/handle/unal/78837/Tesis%20C.%20Sanchez.pdf?sequence=1&isAllowed=ySéguin A, Gravel D, Archambault P. Effect of Disturbance Regime on Alpha and Beta Diversity of Rock Pools. Diversity. 2014; 6(1):1-17. https://doi.org/10.3390/d6010001Simberloff, D. (1972). Properties of the Rarefaction Diversity Measurement. The American Naturalist, 106(949), 414-418. https://doi.org/10.1086/282781Simpson, E. H. (1949). Measurement of diversity. Nature, 163, 688. https://people.wku.edu/charles.smith/biogeog/SIMP1949.pdfSpellerberg, I.F. and Fedor, P.J. (2003), A tribute to Claude Shannon (1916¿2001) and a plea for more rigorous use of species richness, species diversity and the ¿Shannon¿Wiener¿ Index. Global Ecology and Biogeography, 12: 177-179. https://doi.org/10.1046/j.1466-822X.2003.00015.xUNESCO, UN-Water, (2020): United Nations World Water Development Report 2020: Water and Climate Change, UNESCO. https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000372985/PDF/372985eng.pdf.multiVenegas, C., Diez, H., Blanch, A. R., Jofre, J., & Campos, C. (2015). Microbial source markers assessment in the Bogotá River basin (Colombia). Journal of water and health, 13(3), 801¿810. https://doi.org/10.2166/wh.2015.240Vetrovsky, T., & Baldrian, P. (2013). The variability of the 16S rRNA gene in bacterial genomes and its consequences for bacterial community analyses. PloS one, 8(2), e57923. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0057923Wickham H. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. (2016) Springer-Verlag New York, https://ggplot2.tidyverse.org.Woese, C. R., & Fox, G. E. (1977). Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 74(11), 5088¿5090. https://doi.org/10.1073/pnas.74.11.5088Wood, D. E., Lu, J., & Langmead, B. (2019). Improved metagenomic analysis with Kraken 2. Genome biology, 20(1), 257. https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0Wood, D. E., & Salzberg, S. L. (2014). Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments. Genome biology, 15(3), R46. https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46Yadav, R., Rajput, V., & Dharne, M. (2021). Metagenomic analysis of a mega-city river network reveals microbial compositional heterogeneity among urban and peri-urban river stretch. The Science of the total environment, 783, 146960. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146960Ye, S. H., Siddle, K. J., Park, D. J., & Sabeti, P. C. (2019). Benchmarking Metagenomics Tools for Taxonomic Classification. Cell, 178(4), 779¿794. https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.07.010Zhang, S. Y., Tsementzi, D., Hatt, J. K., Bivins, A., Khelurkar, N., Brown, J., Tripathi, S. N., & Konstantinidis, K. T. (2019). Intensive allochthonous inputs along the Ganges River and their effect on microbial community composition and dynamics. Environmental microbiology, 21(1), 182¿196. https://doi.org/10.1111/1462-2920.14439201811411Publication07e4ae59-26ee-4988-9701-129fa965d270virtual::7442-107e4ae59-26ee-4988-9701-129fa965d270virtual::7442-1ORIGINALESTUDIO DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES BACTERIANAS EN AGUAS DEL DISTRITO DE RIEGO LA RAMADA.pdfESTUDIO DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES BACTERIANAS EN AGUAS DEL DISTRITO DE RIEGO LA RAMADA.pdfTrabajo de gradoapplication/pdf2387378https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/dfc80e4c-e523-4e7a-8bcc-47955804761f/download96eefd3fcd955522a40ea5114f8540c6MD54formato tesis.pdfformato tesis.pdfHIDEapplication/pdf1207407https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/79baf4fe-a93f-4e3d-b550-efab28bb69dc/download8ca7a40c0dbe1d3581094af17b9b2c03MD53CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8908https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/ab48bd86-a0ad-4326-8a30-3dce4d14dcf1/download0175ea4a2d4caec4bbcc37e300941108MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81810https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/07b2e035-a132-4a86-93bf-53694f2fef2f/download5aa5c691a1ffe97abd12c2966efcb8d6MD51THUMBNAILESTUDIO DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES BACTERIANAS EN AGUAS DEL DISTRITO DE RIEGO LA RAMADA.pdf.jpgESTUDIO DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES BACTERIANAS EN AGUAS DEL DISTRITO DE RIEGO LA RAMADA.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg6795https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/8cfd8b79-8269-477e-9676-8568a4ac35d3/download74e9f4fdf57145a86746d376d1563dceMD56formato tesis.pdf.jpgformato tesis.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg15867https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/41df4c37-4599-4640-8060-4c16ea654f0f/download73217b39ebf43c407b3c0d10740d366eMD58TEXTESTUDIO DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES BACTERIANAS EN AGUAS DEL DISTRITO DE RIEGO LA RAMADA.pdf.txtESTUDIO DE LA COMPOSICIÓN DE COMUNIDADES BACTERIANAS EN AGUAS DEL DISTRITO DE RIEGO LA RAMADA.pdf.txtExtracted texttext/plain51561https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fc4a11ff-c138-4326-9c4a-210d437b8baa/download8e424162c190e8a69acfd649fb5d9e59MD55formato tesis.pdf.txtformato tesis.pdf.txtExtracted texttext/plain1515https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/5979583f-b280-4bc6-a65f-40d5a3dc486f/download580ff00575d556dbe6b22b67ee161906MD571992/56241oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/562412024-03-13 13:26:03.484http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.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 |