Análisis de variantes de interés en salud publica de SARS-CoV-2 en Colombia

La pandemia actualmente tiene una preocupación especial sobre las variantes presentes del virus causante del COVID-19, debido a su afectación en el manejo de esta emergencia, las VOCs existentes del SARS-CoV-2 requieren un esfuerzo importante y rápido de herramientas de vigilancia genómica. El objetivo de este trabajo fue identificar los linaje. Materiales y métodos: Un total de 376 muestras de ARN de pacientes con diagnóstico positivo para COVID19 fueron elegidas, bajo los criterios de selección del Instituto Nacional de Salud de Colombia para la vigilancia genómica en el país. La presuntiva identificación de linajes se realizó mediante la comparación de dos protocolos de biología molecular. El primero consistió en una RT-qPCR "in house" usando tres sondas Taqman para la identificación de dos mutaciones de interés presentes en las variantes de preocupación (VOCs) alfa, beta y gamma de SARS-CoV-2. El segundo protocolo consistió en una RT-PCR "in house", que evalúa un total de siete mutaciones para las mismas variantes. Las muestras que presuntivamente correspondían a un linaje de interés en salud publica fueron confirmadas con secuenciación de nueva generación usando la plataforma Ion Torrent S5. Resultados: Los resultados del primer protocolo (RT-qPCR) mostraron que 43 muestras correspondían a posibles VOCs. Para el segundo, protocolo (RT-PCR) 16 muestras fueron evaluadas, obteniendo diez muestras como posibles VOCs según la interpretación de los resultados. La confirmación se realizó usando secuenciación de nueva generación para el protocolo RT-qPCR, donde se escogieron 32 muestras; las cuales permitieron identificar los linajes alfa (B.1.1.7; n=6), gamma (P.1; n=5), iota (B.1.526; n=1), A.2.5 (n=1), B.1.625 (n=8), B.1.621(n=3), B.1.1.519 (n=1), B.1.111(n=3), B.1.1.348 (n=4). Conclusión: La implementación de protocolos de tamizaje masivo para la identificación de linajes de preocupación puede ser útil para la optimización de los recursos para análisis genómicos.

• Autores: Palacio Ardila, Ana María
• Tipo de recurso: Trabajo de grado de pregrado
• Fecha de publicación: 2021
• Institución: Universidad de los Andes
• Repositorio: Séneca: repositorio Uniandes
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/55079
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/1992/55079
• Palabra clave: Linajes; COVID-19; Secuenciación; Alfa; Gamma; Biología
• Rights: openAccess
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/