Evaluación de la unión de péptidos derivados del Virus Sincitial Respiratorio (RSV) predichos in silico a las moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad DRb1*0101 y DRb1*0401 por docking molecular (2018)
El virus sincitial respiratorio (RSV) presenta una distribución mundial y es el principal agente viral causante de neumonía y enfermedades del tracto respiratorio en niños menores de dos años, adultos mayores y pacientes inmunocomprometidos. A pesar de la importancia de este virus para la salud pública, hasta el momento no se ha desarrollado una vacuna efectiva o tratamiento. De ahí la importancia de estudiar la identificación y reconocimiento de péptidos virales por medio del MHC II que eviten una respuesta inflamatoria exacerbada. El presente estudio presenta la evaluación de los péptidos de RSV predichos previamente por los algoritmos bioinformáticas Syfpeithi, TEPITOPE (p9) y NetMHCIIpan 3.1 para los alelos DR1*0101 y DR1*0401 de las moléculas del MHC-II por medio de la simulación de docking molecular. A partir de la selección de los 41 péptidos con el mayor puntaje simultáneo para los 3 algoritmos bioinformáticas. Se realizó el docking molecular usando el software CABS-dock empleando tanto la región del nonamero como péptidos de 15mer, se contrastaron los resultados obtenidos para las diferentes regiones para cada uno de los alelos, a su vez se realizó la comparación de resultados entre regiones para los péptidos compartidos por los alelos y por último se realizó una confirmación a partir de los resultados obtenidos por los algoritmos bioinformáticas y el docking molecular