Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)

El manatí antillano (Trichechus manatus) es un mamífero del orden de los sirénidos, perteneciente a la familia Trichechidae, y del género Trichechus, el cual se encuentra amenazado debido a varios factores entre los que se encuentran la cacería, la colisión con embarcaciones y la contaminación de lo...

Full description

Autores:
Correa Aceros, Daniel Felipe
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2022
Institución:
Universidad de los Andes
Repositorio:
Séneca: repositorio Uniandes
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/59146
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/1992/59146
Palabra clave:
Probióticos
Trichechus manatus
Leche materna
Aislamiento
Microbiota
Manatíes
Microbiología
Rights
openAccess
License
Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
id UNIANDES2_d359f1e2b0497fcdcd6edc368de03ff9
oai_identifier_str oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/59146
network_acronym_str UNIANDES2
network_name_str Séneca: repositorio Uniandes
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
title Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
spellingShingle Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
Probióticos
Trichechus manatus
Leche materna
Aislamiento
Microbiota
Manatíes
Microbiología
title_short Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
title_full Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
title_fullStr Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
title_full_unstemmed Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
title_sort Aislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)
dc.creator.fl_str_mv Correa Aceros, Daniel Felipe
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv Caballero Gaitán, Susana Josefina
Vives Flórez, Martha Josefina
dc.contributor.author.none.fl_str_mv Correa Aceros, Daniel Felipe
dc.contributor.jury.none.fl_str_mv Realpe Rebolledo, Emilio
dc.contributor.researchgroup.es_CO.fl_str_mv CIMIC
LEMVA
CIMFU
dc.subject.keyword.none.fl_str_mv Probióticos
Trichechus manatus
Leche materna
Aislamiento
Microbiota
Manatíes
topic Probióticos
Trichechus manatus
Leche materna
Aislamiento
Microbiota
Manatíes
Microbiología
dc.subject.themes.es_CO.fl_str_mv Microbiología
description El manatí antillano (Trichechus manatus) es un mamífero del orden de los sirénidos, perteneciente a la familia Trichechidae, y del género Trichechus, el cual se encuentra amenazado debido a varios factores entre los que se encuentran la cacería, la colisión con embarcaciones y la contaminación de los ecosistemas marinos. Por este motivo muchos ejemplares de esta especie mueren cada año, entre los que se encuentran hembras lactantes con crías, las cuales quedan huérfanas y se ven privadas del suministro de leche materna, ya que la leche de manatí contiene una combinación de componentes químicos y microbiológicos que la cría requiere para su óptimo desarrollo y crecimiento. Hoy en día pese a que estas son rehabilitadas en acuarios y centros de conservación con fórmulas artificialmente preparadas, no se sabe mucho de la efectividad de estas alternativas en el crecimiento de las crías rescatadas y además estas no contienen los microorganismos probióticos necesarios que el neonato adquiriría en la naturaleza. Con la finalidad de aislar y caracterizar las bacterias cultivables presentes en las muestras de leche de manatí antillano para así, en estudios posteriores identificar cuales tienen el potencial probiótico para ser utilizadas en una formula sustituta para crías huérfanas, se aislaron distintas bacterias a partir de dos muestras de leche de dos hembras lactantes encalladas en Puerto Rico, a distintas diluciones en diferentes medios de cultivo para diferenciarlas por morfotipos. A estas se les realizo tinción gram y posteriormente a una extracción de ADN para identificarlas por medio de una PCR de la región 16s del ARN ribosomal, seguida de una secuenciación por el método Sanger. En total se obtuvieron 35 morfotipos correspondientes a bacterias tanto gram positivas como gram negativas, de las cuales se lograron identificar 15 bacterias en la secuenciación. De estas se identificaron 3 especies con potencial probiótico: Bacillus cereus, Kurthia gibsonii y Hafnia alvei. El resto de estas correspondieron a los géneros Staphylococcus, Klebsiella, Escherichia, Enterobacter, Salmonella y Shigella que en muchas ocasiones se asocian a patogenicidad, lo cual podría estar asociado al estado crítico de salud en el que se encontraban las hembras a las cuales se les tomaron las muestras, a comparación de la microbiota analizada a partir de hembras sanas en estudios previos. Por esto a futuro se recomienda complementar estos resultados con el uso de más tipos de medios de cultivo, así como con estudios a nivel genómico para así poder recuperar una mayor diversidad de microorganismos y por otro lado evaluar el potencial probiótico de estos con pruebas específicas, así como con pruebas de patogenicidad.
publishDate 2022
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2022-07-25T15:41:10Z
dc.date.available.none.fl_str_mv 2022-07-25T15:41:10Z
dc.date.issued.none.fl_str_mv 2022-07-20
dc.type.es_CO.fl_str_mv Trabajo de grado - Pregrado
dc.type.driver.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
dc.type.version.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.coar.none.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
dc.type.content.es_CO.fl_str_mv Text
dc.type.redcol.none.fl_str_mv http://purl.org/redcol/resource_type/TP
format http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f
status_str acceptedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/1992/59146
dc.identifier.instname.es_CO.fl_str_mv instname:Universidad de los Andes
dc.identifier.reponame.es_CO.fl_str_mv reponame:Repositorio Institucional Séneca
dc.identifier.repourl.es_CO.fl_str_mv repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/
url http://hdl.handle.net/1992/59146
identifier_str_mv instname:Universidad de los Andes
reponame:Repositorio Institucional Séneca
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/
dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.references.es_CO.fl_str_mv Alexopoulos, C., Karagiannidis, A., Kritas, S. K., Boscos, C., Georgoulakis, I. E., & Kyriakis, S. C. (2001). Field evaluation of a bioregulator containing live Bacillus cereus spores on health status and performance of sows and their litters. Journal of veterinary medicine series A, 48(3), 137-145.
Arbeláez García, A & Caballero, S. (2020). Microbiota de la leche materna del manatí antillano (Trichechus manatus).
Arias Bonilla, J. V. (2021). Aislamiento y caracterización de microorganismos ácido-lácticos con potencial probiótico a partir de leche de manatí antillano (Trichechus manatus).
Arslan, S., Eyi, A., & Küçüksar, R. (2014). Toxigenic genes, spoilage potential, and antimicrobial resistance of Bacillus cereus group strains from ice cream. Anaerobe, 25, 42-46.
Askin, N., Belanger, M., & Wittnich, C. (2008). A review of natural milk, commercial replacement formulas, and home-made substitutes used in the care of rescued manatee calves.
Aspri, M. (2017). Donkey milk microbiota: isolation and characterization for potential applications (Doctoral dissertation, Department of Agricultural Sciences, Biotechnology and Food Science, Faculty of Geotechnical Sciences and Environmental Management, Cyprus University of Technology).
Ayyat, M. S., Labib, H. M., & Mahmoud, H. K. (2014). A probiotic cocktail as a growth promoter in Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Journal of Applied Aquaculture, 26(3), 208-215.
Beattie, L. M., & Weaver, L. T. (2011). Mothers, babies and friendly bacteria. Archives of Disease in Childhood-Fetal and Neonatal Edition, 96(3), F160-F163.
Callaway, T. R., Carr, M. A., Edrington, T. S., Anderson, R. C., & Nisbet, D. J. (2009). Diet, Escherichia coli O157: H7, and cattle: a review after 10 years. Current issues in molecular biology, 11(2), 67-80.
Charalampopoulos, D., & Rastall, R. A. (Eds.). (2009). Prebiotics and probiotics science and technology (Vol. 1, p. 354). New York: Springer.
Chen, C. M., Tang, H. L., Chiou, C. S., Tung, K. C., Lu, M. C., & Lai, Y. C. (2021). Colonization dynamics of Klebsiella pneumoniae in the pet animals and human owners in a single household. Veterinary Microbiology, 256, 109050.
Cui, Y., Märtlbauer, E., Dietrich, R., Luo, H., Ding, S., & Zhu, K. (2019). Multifaceted toxin profile, an approach toward a better understanding of probiotic Bacillus cereus. Critical Reviews in Toxicology, 49(4), 342-356.
Dashti, A. A., Jadaon, M. M., Abdulsamad, A. M., & Dashti, H. M. (2009). Heat treatment of bacteria: a simple method of DNA extraction for molecular techniques. Kuwait Med J, 41(2), 117-122.
De Andrés, J., Jiménez, E., Chico-Calero, I., Fresno, M., Fernández, L., & Rodríguez, J. M. (2017). Physiological translocation of lactic acid bacteria during pregnancy contributes to the composition of the milk microbiota in mice. Nutrients, 10(1), 14.
De Oliveira, J. E., Van der Hoeven-Hangoor, E., Van de Linde, I. B., Montijn, R. C., & Van der Vossen, J. M. B. M. (2014). In ovo inoculation of chicken embryos with probiotic bacteria and its effect on posthatch Salmonella susceptibility. Poultry Science, 93(4), 818-829.
Deutsch, C.J., Self-Sullivan, C. & Mignucci-Giannoni, A. 2008. Trichechus manatus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T22103A9356917.https://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T22103A9356917.en. Accessed on 12 May 2022.
Diaz, M. A., Bik, E. M., Carlin, K. P., Venn-Watson, S. K., Jensen, E. D., Jones, S. E., Versalovic, J. (2013). Identification ofLactobacillusstrains with probiotic features from the bottlenose dolphin (Tursiops truncatus). Journal of Applied Microbiology, n/an/a. doi:10.1111/jam.12305
Dixon, R. A., & Postgate, J. R. (1972). Genetic transfer of nitrogen fixation from Klebsiella pneumoniae to Escherichia coli. Nature, 237(5350), 102-103.
Duc, L. H., Hong, H. A., Barbosa, T. M., Henriques, A. O., & Cutting, S. M. (2004). Characterization of Bacillus probiotics available for human use. Applied and environmental microbiology, 70(4), 2161-2171.
Dougan, G., & Baker, S. (2014). Salmonella enterica serovar Typhi and the pathogenesis of typhoid fever. Annual review of microbiology, 68, 317-336.
Duignan, P. J. (2003). Disease investigations in stranded marine mammals, 1999-2002 (Vol. 104). Department of Conservation.
Farías Curtidor, N. E. (2008). Distribución del manatí Trichechus manatus manatus y percepción de la comunidad local con respecto a la especie en la cuenca media y baja del Río Atrato (Chocó, Colombia).
Goatcher, L. J., Barrett, M. W., Coleman, R. N., Hawley, A. W. L., & Qureshi, A. A. (1987). A study of predominant aerobic microflora of black bears (Ursus americanus) and grizzly bears (Ursus arctos) in northwestern Alberta. Canadian journal of microbiology, 33(11), 949-954
Hammon, H. M., W. Liermann, D. Frieten, and C. Koch. 2020. Review: Importance of colostrum supply and milk feeding intensity on gastrointestinal and systemic development in calves. Animal 14(S1):s133¿s143. https://doi.org/10.1017/S1751731119003148.
Hartman, D.S. 1979. Ecology and behavior of the manatee (Trichechus manatus) in Florida. American Society of Mammalogists Special Publication No. 5. 153 pp.
IUCN. 2008. 2008 IUCN Red List of Threatened Species in IUCN, editor. World Conservation Union.
Janda, J. M., & Abbott, S. L. (2006). The genus Hafnia: from soup to nuts. Clinical microbiology reviews, 19(1), 12-28.
Lefebvre, L. W., M. Marmontel, J. P. Reid, G. B. Rathbun, and D. P. Domning. 2001. Status and Biogeography of the West Indian Manatee. Pages 425-474 in C. A. Woods, and F. E. Sergile, editors. Biogeography of the West Indies: Patterns and perspectives. CRC Press, Boca Raton.
Li, D., Chen, L., Wang, C., Liu, M., Zhu, L., Wang, X., ... & Cui, H. (2012). Aerobic bacterial flora of nasal cavity of seven giant pandas (Ailuropoda melanoleuca). Journal of Animal and Veterinary Advances, 11(16), 3008-3010.
Li, G., Lai, R., Duan, G., Lyu, L. B., Zhang, Z. Y., Liu, H., & Xiang, X. (2014). Isolation and identification of symbiotic bacteria from the skin, mouth, and rectum of wild and captive tree shrews. Dong wu xue yan jiu = Zoological research, 35(6), 492¿499. https://doi.org/10.13918/j.issn.2095-8137.2014.6.492
Liu, D. Y., Xiao, X., Wang, H. H., Zhang, Q. Y., & Zou, Y. F. (2019). Characterization of the bacterial community of braised chicken, a specialty poultry product in China. Poultry science, 98(2), 1055-1063.
Lopez, A. J., & Heinrichs, A. J. (2022). Invited review: The importance of colostrum in the newborn dairy calf. Journal of Dairy Science.
Mainil, J. (2013). Escherichia coli virulence factors. Veterinary immunology and immunopathology, 152(1-2), 2-12.
Nakamura, R. K., Zimmerman, S. A., Lange, A. J., & Lesser, M. B. (2012). Isolation of methicillin-resistant Staphylococcus lugdunensis in a dog with endocarditis. Journal of Veterinary Cardiology, 14(4), 531-536.
Newburg, D. S. (2005). Innate immunity and human milk. The Journal of nutrition, 135(5), 1308-1312.
Onmaz, N. E., Yildirim, Y., Karadal, F., Hizlisoy, H., Al, S., Gungor, C., ... & Simsek, E. (2020). Escherichia coli O157 in fish: Prevalence, antimicrobial resistance, biofilm formation capacity, and molecular characterization. LWT, 133, 109940.
Parente, C. L., Vergara-Parente, J. E., & Lima, R. P. (2004). Strandings of Antillean manatees, Trichechus manatus manatus, in northeastern Brazil. Latin American Journal of Aquatic Mammals, 69-75.
Paul, M. K., Mini, K. D., & Mathew, J. (2022). Antifungal effects of Kurthia gibsonii Mb 126 chitinase as a seed treatment on seed-borne fungi of rice seed on germination percentage and seedling vigor. Journal of Applied Biology and Biotechnology, 10(4), 1-3.
Perez, P. F., Dore, J., Leclerc, M., Levenez, F., Benyacoub, J., Serrant, P., ... & Donnet-Hughes, A. (2007). Bacterial imprinting of the neonatal immune system: lessons from maternal cells?. Pediatrics, 119(3), e724-e732.
Pervai, S., & Brew, K. (1986). dolphin (tursiops truncatus) and the florida manatee (trichechus manatus latirostris). Comp. Biochem. Physiol, 84(2), 357-360
Petag. (2014). ZOOLOGIC® Nutritional Components Milk Matrix.
Puyate, Y. T., & Rim-Rukeh, A. (2008). Variability with depth of some physico-chemical and biological parameters of Atlantic Ocean water in part of the coastal area of Nigeria. Journal of Applied Sciences and Environmental Management, 12(1).
Quintana-Rizzo, E., and J. E. Reynolds. 2008. Regional management plan for the West Indian Manatee (Trichechus manatus). Caribbean Environment Programme. United Nations Environment Program, Gosier, Guadeloupe, France.
Ramos-Vivas, J. (2020). Microbiología de Hafnia alvei. Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, 38, 1-6. doi:10.1016/j.eimc.2020.02.001
Reynolds, J.E. III and D.K. Odell. 1991. Manatees and dugongs. Facts on File, Inc. New York. 192 pp.
Reynolds III, J. E., Powell, J. A., Diagne, L. W. K., Barton, S. L., & Scolardi, K. M. (2018). Manatees: Trichechus manatus, T. senegalensis, and T. inunguis. In Encyclopedia of marine mammals (pp. 558-566). Academic Press.
Scharek, L., Altherr, B. J., Tölke, C., & Schmidt, M. F. G. (2007). Influence of the probiotic Bacillus cereus var. toyoi on the intestinal immunity of piglets. Veterinary immunology and immunopathology, 120(3-4), 136-147 Spiegelberger, T., & Ganslosser, U. (2005). Habitat analysis and exclusive bank feeding of the Antillean manatee (Trichechus manatus manatus L. 1758) in the Coswine Swamps of French Guiana, South America. Tropical Zoology, 18(1), 1-12.
Sharma, B. C., Subba, R., & Saha, A. (2012). Kurthia sp, a Novel member of phosphate solubilising bacteria from rhizospheric tea soil of Darjeeling Hills, India. Journal of Pharmacy and Biological Sciences, 2(3), 36-39.
Stott, G. H., D. B. Marx, B. E. Menefee, and G. T. Nightengale. 1979b. Colostral immunoglobulin transfer in calves I. Period of absorption. J. Dairy Sci. 62:1632-1638. https://doi.org/10.3168/ jds.S0022-0302(79)83472-4.
Ukena, S. N., Singh, A., Dringenberg, U., Engelhardt, R., Seidler, U., Hansen, W., ... & Westendorf, A. M. (2007). Probiotic Escherichia coli Nissle 1917 inhibits leaky gut by enhancing mucosal integrity. PloS one, 2(12), e1308.
Vasiljevic, T., & Shah, N. P. (2008). Probiotics¿from Metchnikoff to bioactives. International Dairy Journal, 18(7), 714-728.
Vergara-Parente, J. E., Sidrim, J. J. C., ABGdP, P., Parente, C. L., Marcondes, M. C. C., MFdS, T., & Rocha, M. F. G. (2003). Bacterial flora of upper respiratory tract of captive Antillean manatees. Aquatic Mammals, 29(1), 124-130.
Vivas, J., Padilla, D., Real, F., Bravo, J., Grasso, V., & Acosta, F. (2008). Influence of environmental conditions on biofilm formation by Hafnia alvei strains. Veterinary microbiology, 129(1-2), 150-155.
Yang, F., Yang, J., Zhang, X., Chen, L., Jiang, Y., Yan, Y., ... & Jin, Q. (2005). Genome dynamics and diversity of Shigella species, the etiologic agents of bacillary dysentery. Nucleic acids research, 33(19), 6445-6458.
dc.rights.license.spa.fl_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
dc.rights.uri.*.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv 29 páginas
dc.format.mimetype.es_CO.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.es_CO.fl_str_mv Universidad de los Andes
dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv Microbiología
dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv Facultad de Ciencias
dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv Departamento de Ciencias Biológicas
institution Universidad de los Andes
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/683d87db-c0f4-498b-a450-a36b93a2a8e7/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/423b621a-67de-40e9-b782-d8abb41f906d/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/592fdee0-c970-491d-b624-c4d544992d9d/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/7f717e5d-6c20-4f70-8b99-b4e83754a389/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/8bfef2f4-60cf-4f5d-8d7c-5ee7b40262a3/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/8ad1711a-e7aa-4d87-8b9f-1c1cc316ab64/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/1a69d4ac-943b-45ef-952b-f56052e042e4/download
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/768bda2a-cc9c-4170-9fa6-325c421c6d5a/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 40a7dd3c07f87ec9d7c7ca1182da1ba6
b9d00dfe264a31777324c1a705fdd9b6
bd4be4065c071a4e33a43e5f637d3ad0
7c5c0226e1e426e4c9b4512bb9d23f82
4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347
5f72b25d36d95baefe76e2377c59dbb2
e11b22b342d674de2a120e233ab2c1ad
5aa5c691a1ffe97abd12c2966efcb8d6
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio institucional Séneca
repository.mail.fl_str_mv adminrepositorio@uniandes.edu.co
_version_ 1812134066507481088
spelling Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Caballero Gaitán, Susana Josefinavirtual::16820-1Vives Flórez, Martha Josefinavirtual::16821-1Correa Aceros, Daniel Felipe9dc134a8-27e5-423c-a85b-085a5e0bc304600Realpe Rebolledo, EmilioCIMICLEMVACIMFU2022-07-25T15:41:10Z2022-07-25T15:41:10Z2022-07-20http://hdl.handle.net/1992/59146instname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/El manatí antillano (Trichechus manatus) es un mamífero del orden de los sirénidos, perteneciente a la familia Trichechidae, y del género Trichechus, el cual se encuentra amenazado debido a varios factores entre los que se encuentran la cacería, la colisión con embarcaciones y la contaminación de los ecosistemas marinos. Por este motivo muchos ejemplares de esta especie mueren cada año, entre los que se encuentran hembras lactantes con crías, las cuales quedan huérfanas y se ven privadas del suministro de leche materna, ya que la leche de manatí contiene una combinación de componentes químicos y microbiológicos que la cría requiere para su óptimo desarrollo y crecimiento. Hoy en día pese a que estas son rehabilitadas en acuarios y centros de conservación con fórmulas artificialmente preparadas, no se sabe mucho de la efectividad de estas alternativas en el crecimiento de las crías rescatadas y además estas no contienen los microorganismos probióticos necesarios que el neonato adquiriría en la naturaleza. Con la finalidad de aislar y caracterizar las bacterias cultivables presentes en las muestras de leche de manatí antillano para así, en estudios posteriores identificar cuales tienen el potencial probiótico para ser utilizadas en una formula sustituta para crías huérfanas, se aislaron distintas bacterias a partir de dos muestras de leche de dos hembras lactantes encalladas en Puerto Rico, a distintas diluciones en diferentes medios de cultivo para diferenciarlas por morfotipos. A estas se les realizo tinción gram y posteriormente a una extracción de ADN para identificarlas por medio de una PCR de la región 16s del ARN ribosomal, seguida de una secuenciación por el método Sanger. En total se obtuvieron 35 morfotipos correspondientes a bacterias tanto gram positivas como gram negativas, de las cuales se lograron identificar 15 bacterias en la secuenciación. De estas se identificaron 3 especies con potencial probiótico: Bacillus cereus, Kurthia gibsonii y Hafnia alvei. El resto de estas correspondieron a los géneros Staphylococcus, Klebsiella, Escherichia, Enterobacter, Salmonella y Shigella que en muchas ocasiones se asocian a patogenicidad, lo cual podría estar asociado al estado crítico de salud en el que se encontraban las hembras a las cuales se les tomaron las muestras, a comparación de la microbiota analizada a partir de hembras sanas en estudios previos. Por esto a futuro se recomienda complementar estos resultados con el uso de más tipos de medios de cultivo, así como con estudios a nivel genómico para así poder recuperar una mayor diversidad de microorganismos y por otro lado evaluar el potencial probiótico de estos con pruebas específicas, así como con pruebas de patogenicidad.MicrobiólogoPregradoMicrobiología29 páginasapplication/pdfspaUniversidad de los AndesMicrobiologíaFacultad de CienciasDepartamento de Ciencias BiológicasAislamiento, caracterización y análisis de microbiota presente en la leche del manatí antillano (Trichechus manatus)Trabajo de grado - Pregradoinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TPProbióticosTrichechus manatusLeche maternaAislamientoMicrobiotaManatíesMicrobiologíaAlexopoulos, C., Karagiannidis, A., Kritas, S. K., Boscos, C., Georgoulakis, I. E., & Kyriakis, S. C. (2001). Field evaluation of a bioregulator containing live Bacillus cereus spores on health status and performance of sows and their litters. Journal of veterinary medicine series A, 48(3), 137-145.Arbeláez García, A & Caballero, S. (2020). Microbiota de la leche materna del manatí antillano (Trichechus manatus).Arias Bonilla, J. V. (2021). Aislamiento y caracterización de microorganismos ácido-lácticos con potencial probiótico a partir de leche de manatí antillano (Trichechus manatus).Arslan, S., Eyi, A., & Küçüksar, R. (2014). Toxigenic genes, spoilage potential, and antimicrobial resistance of Bacillus cereus group strains from ice cream. Anaerobe, 25, 42-46.Askin, N., Belanger, M., & Wittnich, C. (2008). A review of natural milk, commercial replacement formulas, and home-made substitutes used in the care of rescued manatee calves.Aspri, M. (2017). Donkey milk microbiota: isolation and characterization for potential applications (Doctoral dissertation, Department of Agricultural Sciences, Biotechnology and Food Science, Faculty of Geotechnical Sciences and Environmental Management, Cyprus University of Technology).Ayyat, M. S., Labib, H. M., & Mahmoud, H. K. (2014). A probiotic cocktail as a growth promoter in Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Journal of Applied Aquaculture, 26(3), 208-215.Beattie, L. M., & Weaver, L. T. (2011). Mothers, babies and friendly bacteria. Archives of Disease in Childhood-Fetal and Neonatal Edition, 96(3), F160-F163.Callaway, T. R., Carr, M. A., Edrington, T. S., Anderson, R. C., & Nisbet, D. J. (2009). Diet, Escherichia coli O157: H7, and cattle: a review after 10 years. Current issues in molecular biology, 11(2), 67-80.Charalampopoulos, D., & Rastall, R. A. (Eds.). (2009). Prebiotics and probiotics science and technology (Vol. 1, p. 354). New York: Springer.Chen, C. M., Tang, H. L., Chiou, C. S., Tung, K. C., Lu, M. C., & Lai, Y. C. (2021). Colonization dynamics of Klebsiella pneumoniae in the pet animals and human owners in a single household. Veterinary Microbiology, 256, 109050.Cui, Y., Märtlbauer, E., Dietrich, R., Luo, H., Ding, S., & Zhu, K. (2019). Multifaceted toxin profile, an approach toward a better understanding of probiotic Bacillus cereus. Critical Reviews in Toxicology, 49(4), 342-356.Dashti, A. A., Jadaon, M. M., Abdulsamad, A. M., & Dashti, H. M. (2009). Heat treatment of bacteria: a simple method of DNA extraction for molecular techniques. Kuwait Med J, 41(2), 117-122.De Andrés, J., Jiménez, E., Chico-Calero, I., Fresno, M., Fernández, L., & Rodríguez, J. M. (2017). Physiological translocation of lactic acid bacteria during pregnancy contributes to the composition of the milk microbiota in mice. Nutrients, 10(1), 14.De Oliveira, J. E., Van der Hoeven-Hangoor, E., Van de Linde, I. B., Montijn, R. C., & Van der Vossen, J. M. B. M. (2014). In ovo inoculation of chicken embryos with probiotic bacteria and its effect on posthatch Salmonella susceptibility. Poultry Science, 93(4), 818-829.Deutsch, C.J., Self-Sullivan, C. & Mignucci-Giannoni, A. 2008. Trichechus manatus. The IUCN Red List of Threatened Species 2008: e.T22103A9356917.https://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2008.RLTS.T22103A9356917.en. Accessed on 12 May 2022.Diaz, M. A., Bik, E. M., Carlin, K. P., Venn-Watson, S. K., Jensen, E. D., Jones, S. E., Versalovic, J. (2013). Identification ofLactobacillusstrains with probiotic features from the bottlenose dolphin (Tursiops truncatus). Journal of Applied Microbiology, n/an/a. doi:10.1111/jam.12305Dixon, R. A., & Postgate, J. R. (1972). Genetic transfer of nitrogen fixation from Klebsiella pneumoniae to Escherichia coli. Nature, 237(5350), 102-103.Duc, L. H., Hong, H. A., Barbosa, T. M., Henriques, A. O., & Cutting, S. M. (2004). Characterization of Bacillus probiotics available for human use. Applied and environmental microbiology, 70(4), 2161-2171.Dougan, G., & Baker, S. (2014). Salmonella enterica serovar Typhi and the pathogenesis of typhoid fever. Annual review of microbiology, 68, 317-336.Duignan, P. J. (2003). Disease investigations in stranded marine mammals, 1999-2002 (Vol. 104). Department of Conservation.Farías Curtidor, N. E. (2008). Distribución del manatí Trichechus manatus manatus y percepción de la comunidad local con respecto a la especie en la cuenca media y baja del Río Atrato (Chocó, Colombia).Goatcher, L. J., Barrett, M. W., Coleman, R. N., Hawley, A. W. L., & Qureshi, A. A. (1987). A study of predominant aerobic microflora of black bears (Ursus americanus) and grizzly bears (Ursus arctos) in northwestern Alberta. Canadian journal of microbiology, 33(11), 949-954Hammon, H. M., W. Liermann, D. Frieten, and C. Koch. 2020. Review: Importance of colostrum supply and milk feeding intensity on gastrointestinal and systemic development in calves. Animal 14(S1):s133¿s143. https://doi.org/10.1017/S1751731119003148.Hartman, D.S. 1979. Ecology and behavior of the manatee (Trichechus manatus) in Florida. American Society of Mammalogists Special Publication No. 5. 153 pp.IUCN. 2008. 2008 IUCN Red List of Threatened Species in IUCN, editor. World Conservation Union.Janda, J. M., & Abbott, S. L. (2006). The genus Hafnia: from soup to nuts. Clinical microbiology reviews, 19(1), 12-28.Lefebvre, L. W., M. Marmontel, J. P. Reid, G. B. Rathbun, and D. P. Domning. 2001. Status and Biogeography of the West Indian Manatee. Pages 425-474 in C. A. Woods, and F. E. Sergile, editors. Biogeography of the West Indies: Patterns and perspectives. CRC Press, Boca Raton.Li, D., Chen, L., Wang, C., Liu, M., Zhu, L., Wang, X., ... & Cui, H. (2012). Aerobic bacterial flora of nasal cavity of seven giant pandas (Ailuropoda melanoleuca). Journal of Animal and Veterinary Advances, 11(16), 3008-3010.Li, G., Lai, R., Duan, G., Lyu, L. B., Zhang, Z. Y., Liu, H., & Xiang, X. (2014). Isolation and identification of symbiotic bacteria from the skin, mouth, and rectum of wild and captive tree shrews. Dong wu xue yan jiu = Zoological research, 35(6), 492¿499. https://doi.org/10.13918/j.issn.2095-8137.2014.6.492Liu, D. Y., Xiao, X., Wang, H. H., Zhang, Q. Y., & Zou, Y. F. (2019). Characterization of the bacterial community of braised chicken, a specialty poultry product in China. Poultry science, 98(2), 1055-1063.Lopez, A. J., & Heinrichs, A. J. (2022). Invited review: The importance of colostrum in the newborn dairy calf. Journal of Dairy Science.Mainil, J. (2013). Escherichia coli virulence factors. Veterinary immunology and immunopathology, 152(1-2), 2-12.Nakamura, R. K., Zimmerman, S. A., Lange, A. J., & Lesser, M. B. (2012). Isolation of methicillin-resistant Staphylococcus lugdunensis in a dog with endocarditis. Journal of Veterinary Cardiology, 14(4), 531-536.Newburg, D. S. (2005). Innate immunity and human milk. The Journal of nutrition, 135(5), 1308-1312.Onmaz, N. E., Yildirim, Y., Karadal, F., Hizlisoy, H., Al, S., Gungor, C., ... & Simsek, E. (2020). Escherichia coli O157 in fish: Prevalence, antimicrobial resistance, biofilm formation capacity, and molecular characterization. LWT, 133, 109940.Parente, C. L., Vergara-Parente, J. E., & Lima, R. P. (2004). Strandings of Antillean manatees, Trichechus manatus manatus, in northeastern Brazil. Latin American Journal of Aquatic Mammals, 69-75.Paul, M. K., Mini, K. D., & Mathew, J. (2022). Antifungal effects of Kurthia gibsonii Mb 126 chitinase as a seed treatment on seed-borne fungi of rice seed on germination percentage and seedling vigor. Journal of Applied Biology and Biotechnology, 10(4), 1-3.Perez, P. F., Dore, J., Leclerc, M., Levenez, F., Benyacoub, J., Serrant, P., ... & Donnet-Hughes, A. (2007). Bacterial imprinting of the neonatal immune system: lessons from maternal cells?. Pediatrics, 119(3), e724-e732.Pervai, S., & Brew, K. (1986). dolphin (tursiops truncatus) and the florida manatee (trichechus manatus latirostris). Comp. Biochem. Physiol, 84(2), 357-360Petag. (2014). ZOOLOGIC® Nutritional Components Milk Matrix.Puyate, Y. T., & Rim-Rukeh, A. (2008). Variability with depth of some physico-chemical and biological parameters of Atlantic Ocean water in part of the coastal area of Nigeria. Journal of Applied Sciences and Environmental Management, 12(1).Quintana-Rizzo, E., and J. E. Reynolds. 2008. Regional management plan for the West Indian Manatee (Trichechus manatus). Caribbean Environment Programme. United Nations Environment Program, Gosier, Guadeloupe, France.Ramos-Vivas, J. (2020). Microbiología de Hafnia alvei. Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, 38, 1-6. doi:10.1016/j.eimc.2020.02.001Reynolds, J.E. III and D.K. Odell. 1991. Manatees and dugongs. Facts on File, Inc. New York. 192 pp.Reynolds III, J. E., Powell, J. A., Diagne, L. W. K., Barton, S. L., & Scolardi, K. M. (2018). Manatees: Trichechus manatus, T. senegalensis, and T. inunguis. In Encyclopedia of marine mammals (pp. 558-566). Academic Press.Scharek, L., Altherr, B. J., Tölke, C., & Schmidt, M. F. G. (2007). Influence of the probiotic Bacillus cereus var. toyoi on the intestinal immunity of piglets. Veterinary immunology and immunopathology, 120(3-4), 136-147 Spiegelberger, T., & Ganslosser, U. (2005). Habitat analysis and exclusive bank feeding of the Antillean manatee (Trichechus manatus manatus L. 1758) in the Coswine Swamps of French Guiana, South America. Tropical Zoology, 18(1), 1-12.Sharma, B. C., Subba, R., & Saha, A. (2012). Kurthia sp, a Novel member of phosphate solubilising bacteria from rhizospheric tea soil of Darjeeling Hills, India. Journal of Pharmacy and Biological Sciences, 2(3), 36-39.Stott, G. H., D. B. Marx, B. E. Menefee, and G. T. Nightengale. 1979b. Colostral immunoglobulin transfer in calves I. Period of absorption. J. Dairy Sci. 62:1632-1638. https://doi.org/10.3168/ jds.S0022-0302(79)83472-4.Ukena, S. N., Singh, A., Dringenberg, U., Engelhardt, R., Seidler, U., Hansen, W., ... & Westendorf, A. M. (2007). Probiotic Escherichia coli Nissle 1917 inhibits leaky gut by enhancing mucosal integrity. PloS one, 2(12), e1308.Vasiljevic, T., & Shah, N. P. (2008). Probiotics¿from Metchnikoff to bioactives. International Dairy Journal, 18(7), 714-728.Vergara-Parente, J. E., Sidrim, J. J. C., ABGdP, P., Parente, C. L., Marcondes, M. C. C., MFdS, T., & Rocha, M. F. G. (2003). Bacterial flora of upper respiratory tract of captive Antillean manatees. Aquatic Mammals, 29(1), 124-130.Vivas, J., Padilla, D., Real, F., Bravo, J., Grasso, V., & Acosta, F. (2008). Influence of environmental conditions on biofilm formation by Hafnia alvei strains. Veterinary microbiology, 129(1-2), 150-155.Yang, F., Yang, J., Zhang, X., Chen, L., Jiang, Y., Yan, Y., ... & Jin, Q. (2005). Genome dynamics and diversity of Shigella species, the etiologic agents of bacillary dysentery. Nucleic acids research, 33(19), 6445-6458.201619136Publicationhttps://scholar.google.es/citations?user=FmskIBcAAAAJvirtual::16821-10000-0002-9285-3873virtual::16820-10000-0001-7795-1494virtual::16821-1https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000686603virtual::16820-1https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000190195virtual::16821-11735065d-7c92-4011-b244-8e579ec9f57cvirtual::16820-1324db0c6-0b71-49b7-846b-c997885dbe42virtual::16821-11735065d-7c92-4011-b244-8e579ec9f57cvirtual::16820-1324db0c6-0b71-49b7-846b-c997885dbe42virtual::16821-1ORIGINALTesis Daniel Correa version final 2.pdfTesis Daniel Correa version final 2.pdfapplication/pdf1176595https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/683d87db-c0f4-498b-a450-a36b93a2a8e7/download40a7dd3c07f87ec9d7c7ca1182da1ba6MD53Formatoautorizacion SC MV Firmado.pdfFormatoautorizacion SC MV Firmado.pdfHIDEapplication/pdf169981https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/423b621a-67de-40e9-b782-d8abb41f906d/downloadb9d00dfe264a31777324c1a705fdd9b6MD54TEXTTesis Daniel Correa version final 2.pdf.txtTesis Daniel Correa version final 2.pdf.txtExtracted texttext/plain74554https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/592fdee0-c970-491d-b624-c4d544992d9d/downloadbd4be4065c071a4e33a43e5f637d3ad0MD55Formatoautorizacion SC MV Firmado.pdf.txtFormatoautorizacion SC MV Firmado.pdf.txtExtracted texttext/plain1450https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/7f717e5d-6c20-4f70-8b99-b4e83754a389/download7c5c0226e1e426e4c9b4512bb9d23f82MD57CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8805https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/8bfef2f4-60cf-4f5d-8d7c-5ee7b40262a3/download4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347MD52THUMBNAILTesis Daniel Correa version final 2.pdf.jpgTesis Daniel Correa version final 2.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg21842https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/8ad1711a-e7aa-4d87-8b9f-1c1cc316ab64/download5f72b25d36d95baefe76e2377c59dbb2MD56Formatoautorizacion SC MV Firmado.pdf.jpgFormatoautorizacion SC MV Firmado.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg16179https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/1a69d4ac-943b-45ef-952b-f56052e042e4/downloade11b22b342d674de2a120e233ab2c1adMD58LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81810https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/768bda2a-cc9c-4170-9fa6-325c421c6d5a/download5aa5c691a1ffe97abd12c2966efcb8d6MD511992/59146oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/591462024-05-15 11:06:18.975http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.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