Development of a software solution for genome alignment
"En este trabajo presentamos una nueva solución de software para el alineamiento de genomas completos a través de la identificación eficiente de bloques sinténicos construidos a partir de cadenas largas de genes ortólogos. En contraste con herramientas clásicas que construyen alineamientos basa...
- Autores:
-
Tello Velasco, Daniel
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2018
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/35046
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/35046
- Palabra clave:
- Genómica comparativa - Programas para computador - Investigaciones
Biología computacional - Investigaciones
Genómica - Procesamiento de datos - Investigaciones
Complejidad computacional - Investigaciones
Algoritmos genéticos - Investigaciones
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
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Duitama Castellanos, Jorge Alexander |
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"En este trabajo presentamos una nueva solución de software para el alineamiento de genomas completos a través de la identificación eficiente de bloques sinténicos construidos a partir de cadenas largas de genes ortólogos. En contraste con herramientas clásicas que construyen alineamientos basados solamente en secuencias similares, las cadenas de ortólogos permite el alineamiento entre cromosomas y genomas muy grandes en solo minutos, con pocos procesadores y 8Gb de memoria RAM. Nuestra solución fue comparada contra algunas de las herramientas más comunes para hacer genómica comparativa, requiriendo significativamente menos tiempo y recursos computacionales para procesar genomas de gran tamaño. Adicionalmente, usando tecnologías de visualización de última generación, proporcionamos vistas novedosas e interactivas del alineamiento generado por nuestro software. Esperamos que este desarrollo represente una contribución importante al campo de la genómica comparativa, facilitando descubrimientos en evolución, genómica funcional y campos relativos." -- Tomado del Formato de Documento de Grado. |
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