Ensamblaje de alta calidad del genoma de una cepa colombiana de Trypanosoma cruzi como herramienta de análisis de variabilidad genética y evolución (2021)
La enfermedad de Chagas es una enfermedad tropical causada por el parásito protozoo Trypanosoma cruzi. T. cruzi se considera un parásito con una amplia diversidad genética debido a la complejidad de su genoma. Este no se ha podido descifrar en su totalidad por el uso de tecnologías de secuenciación de lecturas cortas. Por esta razón, resulta interesante generar un genoma de referencia mediante tecnologías como SMRT de Pacific Bioscience que superan la limitación de las lecturas cortas. El objetivo de este trabajo fue proporcionar el ensamblaje genómico y anotación de genes de una cepa colombiana de T. cruzi para analizar la variabilidad genética dentro de la especie y entre especies de la familia Trypanosomatidae. Para esto, se hizo el cultivo de parásitos, extracción de ADN, secuenciación mediante PacBio, ensamblaje de las secuencias y anotación del genoma, determinación de la ploidía, comparación de genomas de diferentes DTUs de T. cruzi y de diferentes especies de la familia Trypanosomatidae. Por primera vez se describió la composición genómica de una cepa de T. cruzi aislada en Colombia, secuenciada con una tecnología de lecturas largas. Se obtuvó un ensamblaje de ~120 contigs de ~42 Mb con su genoma haploide y alrededor de 14.000 genes. Se generó un ensamblaje con fases separadas de ~90 Mb con aproximadamente 28.000 genes. Se evidenció una amplia variabilidad dentro de TcI a nivel de variantes y de familias multigénicas, lo que confirmaría la amplia plasticidad del genoma y la evolución cepa-especifica de T. cruzi. Combinar la información de las familias ortólogas a escala de todo el genoma en diferentes especies, permite hacer una reconstrucción filogenética más precisa que la que se haría con unos pocos genes. Finalmente, se demuestra la importancia de utilizar tecnologías de lecturas largas en genomas con alta complejidad como T. cruzi para comprender la composición y analizar relaciones evolutivas.