Phage-host interaction prediction through nucleotide signals

"Las bacterias son importantes modeladores de diversos ecosistemas, los bacteriófagos o virus que infectan bacterias son, por lo tanto, factores importantes con la capacidad de modificar la presencia y abundancia de sus huéspedes correspondientes. En la actualidad, la mayoría de los estudios metagenómicos se han centrado en analizar las poblaciones bacterianas y virales por separado, generando una gran parte de las secuencias de bacteriófagos que permanecen no asociadas con su huésped bacteriano, lo que limita nuestro conocimiento sobre las asociaciones entre fagos y bacterias y su impacto en el equilibrio del ecosistema. Por lo tanto, este estudio tiene como objetivo determinar las señales informativas de la composición de nucleótidos para la predicción de las interacciones entre fagos y bacterias, mediante el desarrollo e implementación de un modelo de random forest usando como señal genómica la diferencia en el sesgo de uso de kmer (k = 2, 3, 4 y 6) entre 1448 fagos y 3345 genomas bacterianos de 23 familias taxonómicas." -- Tomado del Formato de Documento de Grado.

• Autores: Camelo Valera, Laura Carolina
• Fecha de publicación: 2020
• Institución: Universidad de los Andes
• Repositorio: Séneca: repositorio Uniandes
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43834
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/1992/43834
• Palabra clave: Bacteriófagos - Investigaciones; Relación huésped-virus - Investigaciones; Nucleótidos - Análisis - Investigaciones; Metagenómica - Investigaciones; Biología
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