Estudio de la Diversidad Microbiana del Rumen en Ganado Colombiano con Enfasis en Virus y Bacterias

Diversos aspectos que tienen una incidencia directa sobre la composición y función de la comunidad de microorganismos del rumen se han estudiados en las últimas décadas. A pesar de todo este esfuerzo en investigación, no hay conocimiento de la diversidad y función de la mayoría taxones de bacterias que viven en él, así como entender más a fondo la diversidad de los fagos y su rol en el rumen. El objetivo general de esta tesis fue ampliar los límites en el estudio de la diversidad ruminal usando métodos no convencionales como el fraccionamiento del fluido ruminal, con énfasis en bacterias y fagos poco caracterizados. En el primer capítulo se presentó una metodología de bajo costo para el tratamiento de muestras ruminales, en la cual se separan las comunidades microbianas con base en el tamaño celular usando un gradiente de densidad de sacarosa para permitir luego la identificación de cambios discretos en la composición. El análisis de cada fracción mediante microscopía confocal mostró que una misma fracción de sacarosa separa de manera consistente los microorganismos con tamaños celulares similares, e independientemente del animal o del tratamiento. También detectó familias de bacterias de baja abundancia y cambios poblacionales entre los tratamientos ayuno y posterior a la alimentación que no se habrían detectado mediante un análisis no fraccionado del ADN. En el segundo capítulo, usando el fraccionamiento de la muestra de fluido ruminal, se ensamblaron un total de 16 genomas bacterianos, 15 de ellos enriquecidos en la fracción menos densa del gradiente que pertenecen a los filos Bacteroidota, Firmicutes_A, Firmicutes, Proteobacteria y Spirochaetota con diferentes potenciales funcionales y algunos presentaron una reducción del genoma. Y finalmente, en el tercer capítulo se sugiere que genes de glucósido hidrolasas de origen bacteriano fueron incorporados en el genoma de los fagos a través de transferencia horizontal, contribuyendo así a diversidad metabólica.

• Autores: Hernández Reyes, Ruth Dayana
• Tipo de recurso: Doctoral thesis
• Fecha de publicación: 2021
• Institución: Universidad de los Andes
• Repositorio: Séneca: repositorio Uniandes
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/55134
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/1992/55134
• Palabra clave: Diversidad microbiana; Fluido ruminal; Fraccionamiento; Gradiente de densidad de sacarosa; Bacterias poco abundantes; MAGs; Bacterias pequeñas; Biología
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