Expresión y evaluación de la proteína YdeM como posible activador de sulfatasas en Pichia pastoris

La mucopolisacaridosis es una enfermedad dentro del grupo de los errores innatos del metabolismo, la cual se caracteriza por afectar la producción de la enzima N-acetilgalactosamina-6-sulfato sulfatasa (GALNS), encargada de catalizar la degradación de glucosaminoglicanos, queratán sulfato y condroit...

Full description

Autores:
Mojica Boada, Diego Andrés
Mora Guevara, Lady Juliet
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2018
Institución:
Universidad de los Andes
Repositorio:
Séneca: repositorio Uniandes
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/39280
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/1992/39280
Palabra clave:
Activación enzimática
Enzimas proteolíticas
Sulfatasas
Escherichia coli
Ingeniería
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description La mucopolisacaridosis es una enfermedad dentro del grupo de los errores innatos del metabolismo, la cual se caracteriza por afectar la producción de la enzima N-acetilgalactosamina-6-sulfato sulfatasa (GALNS), encargada de catalizar la degradación de glucosaminoglicanos, queratán sulfato y condroitín-6-sulfato. El presente informe tiene como objetivo la expresión y evaluación del gen de la proteína YdeM como posible activador de sulfatasas en Pichia pastoris. Para lograr esto, se tienen varios objetivos secundarios; entre los que se encuentran, la obtención del gen de la proteína YdeM de la bacteria Escherichia coli BL21(DE3). Para esto se realizó una PCR que permitirá amplificar la secuencia de YdeM con ayuda de primers creados para tal fin (primers forward y reverse). Se verificará la presencia de la proteína mediante electroforesis, finalmente, se purificará para su posterior uso. De este modo, podrá ser introducido en el plásmido pPic9k con ayuda de enzimas de restricción EcoRI y BamHI. El plásmido pPic9k fue proporcionado por el Instituto de Errores Innatos del Metabolismo de la Pontificia Universidad Javeriana. Para poder insertar el gen de interés es importante realizar una transformación de este en una bacteria Escherichia coli, con el fin de tener varias copias del plásmido con y sin el gen de interés. Una vez insertado el gen se purificará el plásmido y se introducirá el ADN no viral en la Pichia pastoris para así evaluar la producción de la enzima GALNS. Sin embargo, se tuvieron problemas en la trasformación lo que impidió continuar el procedimiento para transformar en Pichia pastoris. Dichos problemas son explicados a lo largo del documento
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El presente informe tiene como objetivo la expresión y evaluación del gen de la proteína YdeM como posible activador de sulfatasas en Pichia pastoris. Para lograr esto, se tienen varios objetivos secundarios; entre los que se encuentran, la obtención del gen de la proteína YdeM de la bacteria Escherichia coli BL21(DE3). Para esto se realizó una PCR que permitirá amplificar la secuencia de YdeM con ayuda de primers creados para tal fin (primers forward y reverse). Se verificará la presencia de la proteína mediante electroforesis, finalmente, se purificará para su posterior uso. De este modo, podrá ser introducido en el plásmido pPic9k con ayuda de enzimas de restricción EcoRI y BamHI. El plásmido pPic9k fue proporcionado por el Instituto de Errores Innatos del Metabolismo de la Pontificia Universidad Javeriana. Para poder insertar el gen de interés es importante realizar una transformación de este en una bacteria Escherichia coli, con el fin de tener varias copias del plásmido con y sin el gen de interés. Una vez insertado el gen se purificará el plásmido y se introducirá el ADN no viral en la Pichia pastoris para así evaluar la producción de la enzima GALNS. Sin embargo, se tuvieron problemas en la trasformación lo que impidió continuar el procedimiento para transformar en Pichia pastoris. Dichos problemas son explicados a lo largo del documentoMucopolysaccharidosis is a disease within the group of inborn errors of metabolism that affects the production of the enzyme N-acetylgalactosamine-6-sulfate sulfatase (GALNS). This enzyme is responsible for catalyzing the degradation of glycosaminoglycan, keratin sulfate and chondroitin -6-sulfate. The objective of this investigation is the expression and evaluation of the YdeM protein as a possible activator of sulphatases in Pichia pastoris. In order to accomplish this, several secondary objectives were taken into account; obtaining the YdeM protein from the bacterium E. coli BL21 (DE3). For this, a PCR was carried out that amplified the sequence of YdeM with the help of primers created for that purpose (primers forward and reverse). The presence of the protein will be verified by electrophoresis. Finally, it will be purified for its later use. This would guarantee its introduction into the pPic9k plasmid with the aid of restriction enzymes EcoRI and BamHI. Plasmid Ppic9k was provided by the Institute of Inborn Errors of Metabolism of the Pontificia Universidad Javeriana. In order to insert the gene of interest, it is important to transform it into an E. coli bacterium. This was done in order to have several copies of the plasmid without and with the gene of interest. Once the gene is inserted, the plasmid will be purified, and the non-viral DNA will be introduced into the Pichia pastoris to evaluate the production of the GALNS enzyme. However, there were problems in the transformation which prevented the continuation of the procedure to transform into Pichia pastoris. These problems will be explained through out the documentIngeniero QuímicoPregrado21 hojasapplication/pdfspaUniversidad de los AndesIngeniería QuímicaFacultad de IngenieríaDepartamento de Ingeniería Químicainstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaExpresión y evaluación de la proteína YdeM como posible activador de sulfatasas en Pichia pastorisTrabajo de grado - Pregradoinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TPActivación enzimáticaEnzimas proteolíticasSulfatasasEscherichia coliIngenieríaPublicationhttps://scholar.google.es/citations?user=2vO8IrIAAAAJvirtual::9876-10000-0001-7251-5298virtual::9876-1https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0001574664virtual::9876-17bc6dc94-4e9c-4245-8b42-9f7dbc69de83virtual::9876-17bc6dc94-4e9c-4245-8b42-9f7dbc69de83virtual::9876-1THUMBNAILu821185.pdf.jpgu821185.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg24326https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/e4077333-2113-4aa2-a2de-ad3b13efa3a7/downloadfc12feef5cc338a09e192bc2b9961c00MD55TEXTu821185.pdf.txtu821185.pdf.txtExtracted texttext/plain54383https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/a59925cb-ee6e-4688-a1b3-b1a2b16e6b38/download56c9b4fdebc0e23b8ebcc320a3cb9ccfMD54ORIGINALu821185.pdfapplication/pdf1232209https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/b300ec14-ce6e-480c-8898-a4375da81acd/download42e895964bc55a58adddd0a3f4da485aMD511992/39280oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/392802024-03-13 14:02:43.892http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co