Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations
Las interacciones lípido-proteína tienen un rol clave en organismos vivos. Durante la hemostasis las plaquetas se adhieren a sitios de lesión vascular para crear un tapón que detiene el sangrado, y hay evidencia que sugiere que los receptores de plaqueta que intervienen en este proceso son regulados...
- Autores:
-
Orjuela Zúñiga, Juan David
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43920
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/43920
- Palabra clave:
- Glucoproteinas - Investigaciones
Hemostasis - Investigaciones
Dinámica molecular - Investigaciones
Física
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
| id |
UNIANDES2_a67c49d2fcb93f751be177ad60b5d69f |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43920 |
| network_acronym_str |
UNIANDES2 |
| network_name_str |
Séneca: repositorio Uniandes |
| repository_id_str |
|
| dc.title.es_CO.fl_str_mv |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| title |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| spellingShingle |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations Glucoproteinas - Investigaciones Hemostasis - Investigaciones Dinámica molecular - Investigaciones Física |
| title_short |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| title_full |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| title_fullStr |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| title_full_unstemmed |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| title_sort |
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations |
| dc.creator.fl_str_mv |
Orjuela Zúñiga, Juan David |
| dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Leidy, Chad Aponte Santamaría, Camilo Andrés |
| dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Orjuela Zúñiga, Juan David |
| dc.contributor.jury.none.fl_str_mv |
Pedraza Leal, Juan Manuel Miscione, Gian Pietro |
| dc.subject.armarc.es_CO.fl_str_mv |
Glucoproteinas - Investigaciones Hemostasis - Investigaciones Dinámica molecular - Investigaciones |
| topic |
Glucoproteinas - Investigaciones Hemostasis - Investigaciones Dinámica molecular - Investigaciones Física |
| dc.subject.themes.none.fl_str_mv |
Física |
| description |
Las interacciones lípido-proteína tienen un rol clave en organismos vivos. Durante la hemostasis las plaquetas se adhieren a sitios de lesión vascular para crear un tapón que detiene el sangrado, y hay evidencia que sugiere que los receptores de plaqueta que intervienen en este proceso son regulados por interacciones lípido-proteína. En particular se ha mostrado que el receptor glicoproteína Ib solamente es activado en presencia de balsas lipídicas enriquecidas con glicosfingolípidos. Sin embargo, no se comprende bien el mecanismo molecular detrás de esta activación mediada por lípidos. Aquí examinamos ese interrogante modelando el complejo y haciendo simulaciones atomísticas de dinámica molecular con muestreo mejorado y simulaciones de grano grueso de varios microsegundos. Nuestras simulaciones preliminares revelaron el mecanismo por el cual la glicoproteína Ib se emsambla para formar un complejo funcional. Nuestros datos destacan interacciones entre residuos clave para la estabilidad del complejo y dan una intuición sobre el papel de las balsas de glicosfingolípidos en la función de este receptor... |
| publishDate |
2019 |
| dc.date.issued.es_CO.fl_str_mv |
2019 |
| dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2020-09-03T14:18:08Z |
| dc.date.available.none.fl_str_mv |
2020-09-03T14:18:08Z |
| dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Maestría |
| dc.type.coarversion.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
| dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TM |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1992/43920 |
| dc.identifier.pdf.none.fl_str_mv |
u831456.pdf |
| dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes |
| dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional Séneca |
| dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
| url |
http://hdl.handle.net/1992/43920 |
| identifier_str_mv |
u831456.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
| dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv |
eng |
| language |
eng |
| dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ |
| dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| rights_invalid_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv |
xi, 44 hojas |
| dc.format.mimetype.es_CO.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.publisher.es_CO.fl_str_mv |
Uniandes |
| dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv |
Maestría en Ciencias - Física |
| dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
| dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv |
Departamento de Física |
| dc.source.es_CO.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca |
| instname_str |
Universidad de los Andes |
| institution |
Universidad de los Andes |
| reponame_str |
Repositorio Institucional Séneca |
| collection |
Repositorio Institucional Séneca |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/6c9b956d-7034-40c3-ae9d-9c8d4a0123df/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/c03aa0c5-d53c-4b90-aa1d-8383c9fb686e/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/df8d860e-ec16-4489-863a-842a2d125c8b/download |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
f0324a985991783925265c15986896bd 9d03c0dd937265c2e80d787115227328 b2d50154ee5cab9bb4f6d87d7e1d40f9 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio institucional Séneca |
| repository.mail.fl_str_mv |
adminrepositorio@uniandes.edu.co |
| _version_ |
1818111960073371648 |
| spelling |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Leidy, Chad2b60d701-94f4-4ef0-8e4c-e38fc520e479500Aponte Santamaría, Camilo Andrés7f1b5e9e-4282-4188-8ca5-af3c1641b3e5500Orjuela Zúñiga, Juan David3d1f4404-a252-46d5-9810-d5395bd69765500Pedraza Leal, Juan ManuelMiscione, Gian Pietro2020-09-03T14:18:08Z2020-09-03T14:18:08Z2019http://hdl.handle.net/1992/43920u831456.pdfinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/Las interacciones lípido-proteína tienen un rol clave en organismos vivos. Durante la hemostasis las plaquetas se adhieren a sitios de lesión vascular para crear un tapón que detiene el sangrado, y hay evidencia que sugiere que los receptores de plaqueta que intervienen en este proceso son regulados por interacciones lípido-proteína. En particular se ha mostrado que el receptor glicoproteína Ib solamente es activado en presencia de balsas lipídicas enriquecidas con glicosfingolípidos. Sin embargo, no se comprende bien el mecanismo molecular detrás de esta activación mediada por lípidos. Aquí examinamos ese interrogante modelando el complejo y haciendo simulaciones atomísticas de dinámica molecular con muestreo mejorado y simulaciones de grano grueso de varios microsegundos. Nuestras simulaciones preliminares revelaron el mecanismo por el cual la glicoproteína Ib se emsambla para formar un complejo funcional. Nuestros datos destacan interacciones entre residuos clave para la estabilidad del complejo y dan una intuición sobre el papel de las balsas de glicosfingolípidos en la función de este receptor...Lipid-protein interactions play key roles in living organisms. During hemostasis, platelets adhere to sites of vascular injury to create a plug that ceases bleeding and there is evidence suggesting that the platelet receptors intervening in this process are regulated by lipid-protein interactions. In particular, the glycoprotein Ib receptor has been shown to only be activated in the presence of glycosphingolipid-enriched lipid rafts. However, the molecular mechanism for this lipid-mediated activation remains poorly understood. Here, we address this question by modeling the complex and performing both multiple microseconds coarse-grained and enhanced-sampling atomistic molecular dynamics simulations. Our preliminary simulations revealed the mechanism by which the glycoprotein Ib subunits assemble to form a functional complex. Our data highlight key interacting residues for the complex's stability and give insights into the role of glycosphingolipid rafts for the function of this receptor.Magíster en FísicaMaestríaxi, 44 hojasapplication/pdfengUniandesMaestría en Ciencias - FísicaFacultad de CienciasDepartamento de Físicainstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaAssembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulationsTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMGlucoproteinas - InvestigacionesHemostasis - InvestigacionesDinámica molecular - InvestigacionesFísicaPublicationTEXTu831456.pdf.txtu831456.pdf.txtExtracted texttext/plain69956https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/6c9b956d-7034-40c3-ae9d-9c8d4a0123df/downloadf0324a985991783925265c15986896bdMD54THUMBNAILu831456.pdf.jpgu831456.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg8178https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/c03aa0c5-d53c-4b90-aa1d-8383c9fb686e/download9d03c0dd937265c2e80d787115227328MD55ORIGINALu831456.pdfapplication/pdf6439510https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/df8d860e-ec16-4489-863a-842a2d125c8b/downloadb2d50154ee5cab9bb4f6d87d7e1d40f9MD511992/43920oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/439202023-10-10 18:46:41.358http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co |