Exploring the caudovirales : evaluation of their internal classification and potential relationships with the tectiviridae
Los Caudovirales son el grupo más abundante de virus de dsADN, infectando Bacterias y Archaeas. Métodos actuales de distancia y teoría de grafos, que emplean clústeres de proteínas ortólogas, ponen en duda la clasificación de las tres familias tradicionales de Caudovirales: Myoviridae, Podoviridae,...
- Autores:
-
Andrade Martínez, Juan Sebastián
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2018
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/35117
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/35117
- Palabra clave:
- Caudovirales - Investigaciones
Tectiviridae - Investigaciones
Biología
- Rights
- openAccess
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- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
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Los Caudovirales son el grupo más abundante de virus de dsADN, infectando Bacterias y Archaeas. Métodos actuales de distancia y teoría de grafos, que emplean clústeres de proteínas ortólogas, ponen en duda la clasificación de las tres familias tradicionales de Caudovirales: Myoviridae, Podoviridae, y Siphoviridae, basada en criterios morfológicos, y sugieren una relación entre este orden y la familia Tectiviridae. Así pues, el presente trabajo buscaba, mediante el uso de clústeres de dominios virales ortólogos (VDOGs) y k-meros, determinar si la clasificación actual del orden es razonable evolutivamente, y explorar la posibilidad de una ancestría común entre Caudovirales y Tectiviridae. Para lograrlo, se emplearon más de 4000 genomas completos de Caudovirales y 15 de Tectiviridae, descargados de la base de datos Assembly del NCBI. Estos fueron dereplicados a nivel de genoma y proteoma, produciendo un conjunto de proteomas representativos que se sometieron a una búsqueda en una base de datos de Modelos Ocultos de Markov para determinar qué proteomas contenían qué VDOGs... |
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