Exploring the caudovirales : evaluation of their internal classification and potential relationships with the tectiviridae

Los Caudovirales son el grupo más abundante de virus de dsADN, infectando Bacterias y Archaeas. Métodos actuales de distancia y teoría de grafos, que emplean clústeres de proteínas ortólogas, ponen en duda la clasificación de las tres familias tradicionales de Caudovirales: Myoviridae, Podoviridae, y Siphoviridae, basada en criterios morfológicos, y sugieren una relación entre este orden y la familia Tectiviridae. Así pues, el presente trabajo buscaba, mediante el uso de clústeres de dominios virales ortólogos (VDOGs) y k-meros, determinar si la clasificación actual del orden es razonable evolutivamente, y explorar la posibilidad de una ancestría común entre Caudovirales y Tectiviridae. Para lograrlo, se emplearon más de 4000 genomas completos de Caudovirales y 15 de Tectiviridae, descargados de la base de datos Assembly del NCBI. Estos fueron dereplicados a nivel de genoma y proteoma, produciendo un conjunto de proteomas representativos que se sometieron a una búsqueda en una base de datos de Modelos Ocultos de Markov para determinar qué proteomas contenían qué VDOGs...

• Autores: Andrade Martínez, Juan Sebastián
• Fecha de publicación: 2018
• Institución: Universidad de los Andes
• Repositorio: Séneca: repositorio Uniandes
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/35117
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/1992/35117
• Palabra clave: Caudovirales - Investigaciones; Tectiviridae - Investigaciones; Biología
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