Genomes assembly and comparative genomics of nine acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND)-causing vibrio parahaemolyticus isolates

Vibrio parahaemolyticus es un patógeno bacteriano que al adquirir un plásmido tipo pVA1 que lleva los genes pirABvp se vuelve letal para los camarones Penaeus al causando la enfermedad de necrosis hepatopancreática aguda (AHPND). Esta enfermedad causa pérdidas significativas en la industria del camarón en todo el mundo, con brotes reportados en el sudeste asiático, México y, más recientemente, América del Sur. Se han reportado diferencias en el nivel de virulencia y en desafios de mortalidad con aislamientos de V. parahaemolyticus de diferentes ubicaciones, y no está claro si este fenómeno es causado por elementos relacionados con el plásmido o elementos relacionados con el genoma de la bacteria. En este proyecto, nueve genomas de aislamientos de V. parahaemolyticus de América del Sur fueron ensamblados y analizados utilizando un enfoque de genómica comparativa. Los resultados de estos análisis indicaron que los nueve aislamientos eran cepas similares a las mexicanas. Además, aunque todos los genomas eran muy similares, dos grupos de genomas: (1) genomas BA110 y BA37P5, (2) genomas BA94C2, LH47-1, LH49 y LH53-1, podrían agruparse por similitudes sobresalientes que los miembros de la grupo presentan entre ellos con respecto al resto de los genomas. Se llevaron a cabo análisis en profundidad de estas similitudes a (i) genoma completo, (ii) orientado al sistema de secreción y (iii) orientado al plásmido, y condujeron a la identificación de elementos genómicos relevantes para la enfermedad que variaban entre los diferentes aislamientos en patrones que pueden ser útiles para comprender la enfermedad.

• Autores: Castellanos Sánchez, Alejandro
• Tipo de recurso: Trabajo de grado de pregrado
• Fecha de publicación: 2021
• Institución: Universidad de los Andes
• Repositorio: Séneca: repositorio Uniandes
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/54017
• Acceso en línea: http://hdl.handle.net/1992/54017
• Palabra clave: Sistemas de secreción bacterianos; Industria del camarón; Necrosis; Microbiología
• Rights: openAccess
• License: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/