Análisis de perfiles de expresión del cáncer de colon y sus respectivas metástasis (2019)
La comprensión de transcriptomas y su regulación es fundamental para la interpretación articulada de los diversos constituyentes moleculares que integran la red de respuesta génica ante un determinado evento inductor. Las tecnologías de secuenciación de nueva generación son herramientas que permite la secuenciación masiva de ADN y ARN haciendo posible obtener perfiles de expresión génica de infinidad de enfermedades, ofreciendo grandes posibilidades para profundizar en el estudio de la respuesta inmune, la evolución de la enfermedad y los daños causados desde su primera etapa. Haciendo uso de esta técnica tan poderosa, en este trabajo intentaremos dar luz sobre un tema muy desconocido, como es el porqué de las especificidades a la hora de metastatizar un tumor hacía una serie de órganos concretos frente a otros. Para ello se va a analizar los perfiles de expresión del cáncer colorrectal con respecto a otros 4, en los cuales 2 de ellos (cáncer de hígado y cáncer de pulmón) son metástasis muy comunes mientras que los otros 2 (cáncer de cabeza/cuello y cáncer de riñón) son muy contados los casos que se hayan reportado tumores secundarios de colon. Para ello se usaron en total 1441 muestras de los 5 tipos de cánceres mezclando tejido normal, tumores primarios sólidos y metástasis de colon en los demás tejidos, analizando un total de 20501 genes en cada caso. Primero se ejecutó una normalización usando el método RPKM de tal forma que se evite la sobreexpresión por exceso de secuencia, se efectuó un mapa de calor para analizar si efectivamente las metástasis se parecen molecularmente más al tumor primario o a los tejidos en los cuales se encuentran alojados. Por último, se realizó un análisis de los genes comunes tanto en el tumor primario en el colon como en sus respectivas metástasis encontrando una relación entre el tumor primario y secundario en varios casos además de distintos genes presentes en todos los casos que podrían ser usados como blancos terapéuticos.