Genomics of the capybara, two emblematic colombian species
Los chigüiros, nativos a América del Sur, no solamente son los roedores más grandes del mundo sino también tienen otras características que los hacen únicos. Son especies de mamíferos semiacuaticas que pastean y viven en grandes grupos en los que las hembras crían comunitariamente a sus crías y los...
- Autores:
-
Gómez Hughes, María José
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2020
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/45058
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/45058
- Palabra clave:
- Chigüiros
Filogenia
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
id |
UNIANDES2_4d8d78f1761350fa241fab56c97fe792 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/45058 |
network_acronym_str |
UNIANDES2 |
network_name_str |
Séneca: repositorio Uniandes |
repository_id_str |
|
spelling |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Crawford, Andrew Jacksona90d0e65-d08f-479f-9712-d552c88cfb0b500Gómez Hughes, María José72bd6ee3-333c-4739-9167-b4733825878a500Herrera Alvarez, Santiago2020-09-03T15:11:42Z2020-09-03T15:11:42Z2020http://hdl.handle.net/1992/45058u831421.pdfinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/Los chigüiros, nativos a América del Sur, no solamente son los roedores más grandes del mundo sino también tienen otras características que los hacen únicos. Son especies de mamíferos semiacuaticas que pastean y viven en grandes grupos en los que las hembras crían comunitariamente a sus crías y los machos defienden sus territorios mediante marcajes con el morillo, una glándula especializada, y dos glándulas anales. Aquí presentamos el primer ensamblaje genómico del chigüiro menor, Hydrochoerus isthmius, y el primer transcriptoma del chigüiro, H. hydrochaeris, como también comparaciones con el genoma del chigüiro publicado anteriormente. Encontramos evidencia de reducciones poblacionales de ambas especies, como también rearreglos genómicos en comparación con el conejillo de indias. Nuestro análisis filogenético es consistente con análisis publicados previamente para el suborder Hystricomorpha, pero hay evidencia para la parafilia del chigüiro. Esperamos que este estudio contribuya a esfuerzos de conservación en estas especies, como también a un mejor entendimiento de esas características que los hacen únicos.Capybaras, which are native to South America, are not only the largest rodents in the world, but they also have a number of other characteristics that make them unique. They are semi-aquatic, grazing mammals and live in large groups where females engage in communal breeding. Males communally defend the territory through scent-marking with a specialized gland called the morillo and with two anal glands. Here we present the first genome assembly and annotation for the lesser capybara, Hydrochoerus isthmius, as well as the first transcriptome assembly for the capybara, H. hydrochaeris, both of which are comparable in completeness with previously published rodent genomes, and compared them with the previously published genome assembly for the capybara. We found evidence of reduction on the effective population size of both species, as well as big regions of genomic rearrangement with the guinea pig. Our phylogenetic analysis is consistent with previous phylogenies reported for the suborder Hystrichomorpha...BiólogoPregrado31 hojasapplication/pdfengUniandesBiologíaFacultad de CienciasDepartamento de Ciencias Biológicasinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaGenomics of the capybara, two emblematic colombian speciesTrabajo de grado - Pregradoinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TPChigüirosFilogeniaBiologíaPublicationTHUMBNAILu831421.pdf.jpgu831421.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg19903https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/79cb8d45-29b8-4843-ba44-37d07b7b9b9f/download58519ea6bed62fb44f440430913bfcdeMD55TEXTu831421.pdf.txtu831421.pdf.txtExtracted texttext/plain63283https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/14eb1e2c-b944-4777-b66f-7bc5b24a992b/download532dc1922cd63438ad5aa639c4b2cecdMD54ORIGINALu831421.pdfapplication/pdf1388767https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/001be8d1-9f6f-43ad-ae3d-dcbe1374cadf/download5c5230c28b0cea09736fd19bd04b626cMD511992/45058oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/450582023-10-10 18:16:43.224http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co |
dc.title.es_CO.fl_str_mv |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
title |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
spellingShingle |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species Chigüiros Filogenia Biología |
title_short |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
title_full |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
title_fullStr |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
title_full_unstemmed |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
title_sort |
Genomics of the capybara, two emblematic colombian species |
dc.creator.fl_str_mv |
Gómez Hughes, María José |
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Crawford, Andrew Jackson |
dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Gómez Hughes, María José |
dc.contributor.jury.none.fl_str_mv |
Herrera Alvarez, Santiago |
dc.subject.armarc.es_CO.fl_str_mv |
Chigüiros Filogenia |
topic |
Chigüiros Filogenia Biología |
dc.subject.themes.none.fl_str_mv |
Biología |
description |
Los chigüiros, nativos a América del Sur, no solamente son los roedores más grandes del mundo sino también tienen otras características que los hacen únicos. Son especies de mamíferos semiacuaticas que pastean y viven en grandes grupos en los que las hembras crían comunitariamente a sus crías y los machos defienden sus territorios mediante marcajes con el morillo, una glándula especializada, y dos glándulas anales. Aquí presentamos el primer ensamblaje genómico del chigüiro menor, Hydrochoerus isthmius, y el primer transcriptoma del chigüiro, H. hydrochaeris, como también comparaciones con el genoma del chigüiro publicado anteriormente. Encontramos evidencia de reducciones poblacionales de ambas especies, como también rearreglos genómicos en comparación con el conejillo de indias. Nuestro análisis filogenético es consistente con análisis publicados previamente para el suborder Hystricomorpha, pero hay evidencia para la parafilia del chigüiro. Esperamos que este estudio contribuya a esfuerzos de conservación en estas especies, como también a un mejor entendimiento de esas características que los hacen únicos. |
publishDate |
2020 |
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2020-09-03T15:11:42Z |
dc.date.available.none.fl_str_mv |
2020-09-03T15:11:42Z |
dc.date.issued.none.fl_str_mv |
2020 |
dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Pregrado |
dc.type.coarversion.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
dc.type.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TP |
format |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1992/45058 |
dc.identifier.pdf.none.fl_str_mv |
u831421.pdf |
dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes |
dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional Séneca |
dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
url |
http://hdl.handle.net/1992/45058 |
identifier_str_mv |
u831421.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ |
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
rights_invalid_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv |
31 hojas |
dc.format.mimetype.es_CO.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.es_CO.fl_str_mv |
Uniandes |
dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv |
Biología |
dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv |
Departamento de Ciencias Biológicas |
dc.source.es_CO.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca |
instname_str |
Universidad de los Andes |
institution |
Universidad de los Andes |
reponame_str |
Repositorio Institucional Séneca |
collection |
Repositorio Institucional Séneca |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/79cb8d45-29b8-4843-ba44-37d07b7b9b9f/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/14eb1e2c-b944-4777-b66f-7bc5b24a992b/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/001be8d1-9f6f-43ad-ae3d-dcbe1374cadf/download |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
58519ea6bed62fb44f440430913bfcde 532dc1922cd63438ad5aa639c4b2cecd 5c5230c28b0cea09736fd19bd04b626c |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositorio institucional Séneca |
repository.mail.fl_str_mv |
adminrepositorio@uniandes.edu.co |
_version_ |
1812133985075068928 |