Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli
"Las vesículas de membrana externa (OMVs) han sido propuestas como herramientas novedosas para el transporte de medicamentos y como vacunas novedosas. Estas funciones ayudarían a combatir la creciente resistencia a antibióticos. El origen de la producción de OMVs ha sido vinculado con mecanismo...
- Autores:
-
Ruíz Moreno, Héctor Alejandro
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43868
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/43868
- Palabra clave:
- Ingeniería bioquímica - Investigaciones
Metabolismo - Investigaciones
Membranas (Biología) - Investigaciones
Membranas celulares - Investigaciones
Células - Metabolismo - Investigaciones
Algoritmos genéticos - Investigaciones
Escherichia coli - Investigaciones
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
| id |
UNIANDES2_3f37552fb6d2b70dcd39857775c835d0 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43868 |
| network_acronym_str |
UNIANDES2 |
| network_name_str |
Séneca: repositorio Uniandes |
| repository_id_str |
|
| dc.title.es_CO.fl_str_mv |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| title |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| spellingShingle |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli Ingeniería bioquímica - Investigaciones Metabolismo - Investigaciones Membranas (Biología) - Investigaciones Membranas celulares - Investigaciones Células - Metabolismo - Investigaciones Algoritmos genéticos - Investigaciones Escherichia coli - Investigaciones Biología |
| title_short |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| title_full |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| title_fullStr |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| title_full_unstemmed |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| title_sort |
Metabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coli |
| dc.creator.fl_str_mv |
Ruíz Moreno, Héctor Alejandro |
| dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
González Barrios, Andrés Fernando Valderrama Rincón, Juan Daniel |
| dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Ruíz Moreno, Héctor Alejandro |
| dc.subject.armarc.es_CO.fl_str_mv |
Ingeniería bioquímica - Investigaciones Metabolismo - Investigaciones Membranas (Biología) - Investigaciones Membranas celulares - Investigaciones Células - Metabolismo - Investigaciones Algoritmos genéticos - Investigaciones Escherichia coli - Investigaciones |
| topic |
Ingeniería bioquímica - Investigaciones Metabolismo - Investigaciones Membranas (Biología) - Investigaciones Membranas celulares - Investigaciones Células - Metabolismo - Investigaciones Algoritmos genéticos - Investigaciones Escherichia coli - Investigaciones Biología |
| dc.subject.themes.none.fl_str_mv |
Biología |
| description |
"Las vesículas de membrana externa (OMVs) han sido propuestas como herramientas novedosas para el transporte de medicamentos y como vacunas novedosas. Estas funciones ayudarían a combatir la creciente resistencia a antibióticos. El origen de la producción de OMVs ha sido vinculado con mecanismos estructurales y con varias vías metabólicas. Un proceso escalable a nivel industrial requiere la definición de un buen medio de cultivo para el crecimiento celular, producción de vesículas y secreción de proteínas. En este trabajo se proponen cuatro estrategias para mejorar la producción de OMVs a través de redes metabólicas y modelación basada en restricciones. Las estrategias consisten en generar un modelo refinado, definir una función objetivo, seleccionar un medio de cultivo, y realizar un diseño de cepa por medio de deleción de genes in silico. Se desarrolló un algoritmo de optimización para analizar reacciones de intercambio con el medio extracelular para ayudar a seleccionar el contenido del medio de cultivo." -- Tomado del Formato de Documento de Grado. |
| publishDate |
2019 |
| dc.date.issued.es_CO.fl_str_mv |
2019 |
| dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2020-09-03T14:17:07Z |
| dc.date.available.none.fl_str_mv |
2020-09-03T14:17:07Z |
| dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Maestría |
| dc.type.coarversion.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
| dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TM |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1992/43868 |
| dc.identifier.pdf.none.fl_str_mv |
u831243.pdf |
| dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes |
| dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional Séneca |
| dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
| url |
http://hdl.handle.net/1992/43868 |
| identifier_str_mv |
u831243.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
| dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv |
eng |
| language |
eng |
| dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ |
| dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| rights_invalid_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv |
23 hojas |
| dc.format.mimetype.es_CO.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.publisher.es_CO.fl_str_mv |
Uniandes |
| dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv |
Maestría en Biología Computacional |
| dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
| dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv |
Departamento de Biología |
| dc.source.es_CO.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca |
| instname_str |
Universidad de los Andes |
| institution |
Universidad de los Andes |
| reponame_str |
Repositorio Institucional Séneca |
| collection |
Repositorio Institucional Séneca |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/6e04467f-96f8-46d8-9390-c3fe3c99d115/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fd211bcb-4296-4712-9ebf-dcd710c08648/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/3521eef7-0a8b-4203-9f3e-56d86a562d0c/download |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
560f0591da23280f98692b7eb0837eee bfe07dec8a2f4eeea71b62192a4e34f1 884cd0f590a31391887419d01d7ba659 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio institucional Séneca |
| repository.mail.fl_str_mv |
adminrepositorio@uniandes.edu.co |
| _version_ |
1812133958732742656 |
| spelling |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2González Barrios, Andrés Fernandocc132031-adde-4342-ba8c-b406b8175e2b400Valderrama Rincón, Juan Daniel862a4eb6-bbc8-43d5-b702-8e1ae30b39c2500Ruíz Moreno, Héctor Alejandro12279f09-fb42-4952-8705-190bdd08bb2a5002020-09-03T14:17:07Z2020-09-03T14:17:07Z2019http://hdl.handle.net/1992/43868u831243.pdfinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/"Las vesículas de membrana externa (OMVs) han sido propuestas como herramientas novedosas para el transporte de medicamentos y como vacunas novedosas. Estas funciones ayudarían a combatir la creciente resistencia a antibióticos. El origen de la producción de OMVs ha sido vinculado con mecanismos estructurales y con varias vías metabólicas. Un proceso escalable a nivel industrial requiere la definición de un buen medio de cultivo para el crecimiento celular, producción de vesículas y secreción de proteínas. En este trabajo se proponen cuatro estrategias para mejorar la producción de OMVs a través de redes metabólicas y modelación basada en restricciones. Las estrategias consisten en generar un modelo refinado, definir una función objetivo, seleccionar un medio de cultivo, y realizar un diseño de cepa por medio de deleción de genes in silico. Se desarrolló un algoritmo de optimización para analizar reacciones de intercambio con el medio extracelular para ayudar a seleccionar el contenido del medio de cultivo." -- Tomado del Formato de Documento de Grado."Outer membrane vesicles (OMVs) have been proposed as a novel tool for drug delivery and as novel vaccines, which can help combat growing antibiotic resistance. The origin of OMVs production has been linked to structural mechanisms and several metabolic pathways. An industrially scalable process for OMV production requires the definition of the best culture media for cellular growth and vesicle production and protein secretion. Here we propose four strategies to enhance OMV production through metabolic networks and constraint based modeling. The strategies consist of model refinement, definition of an objective function, selection of culture medium, and gene knockout strain design. An optimization algorithm was developed to analyze exchange reactions with the extracellular medium to help select the contents of the culture medium. " -- Tomado del Formato de Documento de Grado.Magíster en Biología ComputacionalMaestría23 hojasapplication/pdfengUniandesMaestría en Biología ComputacionalFacultad de CienciasDepartamento de Biologíainstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaMetabolic engineering strategies for enhanced OMV production in Escherichia coliTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMIngeniería bioquímica - InvestigacionesMetabolismo - InvestigacionesMembranas (Biología) - InvestigacionesMembranas celulares - InvestigacionesCélulas - Metabolismo - InvestigacionesAlgoritmos genéticos - InvestigacionesEscherichia coli - InvestigacionesBiologíaPublicationTHUMBNAILu831243.pdf.jpgu831243.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4800https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/6e04467f-96f8-46d8-9390-c3fe3c99d115/download560f0591da23280f98692b7eb0837eeeMD55TEXTu831243.pdf.txtu831243.pdf.txtExtracted texttext/plain38585https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fd211bcb-4296-4712-9ebf-dcd710c08648/downloadbfe07dec8a2f4eeea71b62192a4e34f1MD54ORIGINALu831243.pdfapplication/pdf2235814https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/3521eef7-0a8b-4203-9f3e-56d86a562d0c/download884cd0f590a31391887419d01d7ba659MD511992/43868oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/438682023-10-10 17:49:43.094http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co |