Pipeline design for user-friendly viral metagenomic analysis
"Cada vez se requieren más herramientas bioinformáticas y recursos computacionales para entender los amplios conjuntos de datos producidos por las tecnologías NGS. La curva de aprendizaje del uso de herramientas de bioinformática viene acompañada por sentimientos de frustración, quedándose así...
- Autores:
-
Forero Junco, Laura Milena
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/62451
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/62451
- Palabra clave:
- Bioinformática
Biología computacional
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Genómica microbiana
Metagenómica
Biología
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Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Reyes Muñoz, Alejandro9e4d3f3f-d194-4692-aa8b-4497c83504ba400Forero Junco, Laura Milenafafd4ccd-80fa-43e3-915f-dddb3cab1a28500Riaño Pachón, Diego Mauricio2022-09-30T14:47:44Z2022-09-30T14:47:44Z2019http://hdl.handle.net/1992/62451instname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/827644-1001"Cada vez se requieren más herramientas bioinformáticas y recursos computacionales para entender los amplios conjuntos de datos producidos por las tecnologías NGS. La curva de aprendizaje del uso de herramientas de bioinformática viene acompañada por sentimientos de frustración, quedándose así con opciones limitadas para avanzar en los análisis de sus datos. Así, el objetivo de este proyecto fue crear un software de fácil uso para el análisis de datos de metagenómica viral. Esta herramienta, Mosaic, está diseñada para el análisis de muestras enriquecidas por virus. Se basa en el uso de Snakemake como sistema de gestión de flujo de trabajo, junto con conda para la instalación de las dependencias requeridas. Así, este software utiliza datos de secuenciación crudos para generar la tabla de abundancia viral (vOTU). Además, este software de código abierto es compatible con lecturas largas, en concordancia con su prometedor futuro en el análisis metagenómico." -- Tomado del Formato de Documento de Grado."Biodiversity is a key determinant on community and ecosystem dynamics and functioning. In particular, microbial communities are important players on biogeochemical cycling and influence the development, growth, and health of their hosts. During the last decade, viruses, most notably bacteriophages, received recognition for their contribution to intestinal microbial ecology, and their role in marine ecosystems and food webs. However, their study in a community context is still challenging. There are no known shared genes and only a small fraction of viral hosts can be cultivated in the laboratory, which makes Whole Genome Shotgun coupled with bioinformatics, the most suitable approach to gain insights into uncultured viral communities. High Throughput Sequencing technologies started to be widely used by 2008, and the data in public databases have started to grow exponentially. Only a decade has passed and nowadays there is a strong requirement for bioinformatics skills." -- Tomado del Formato de Documento de Grado.Magíster en Biología ComputacionalMaestría19 hojasapplication/pdfengUniversidad de los AndesMaestría en Biología ComputacionalFacultad de CienciasDepartamento de Ciencias BiológicasPipeline design for user-friendly viral metagenomic analysisTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMBioinformáticaBiología computacionalFlujo de trabajoGenómica microbianaMetagenómicaBiología201313924PublicationTHUMBNAIL18876.pdf.jpg18876.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg23495https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/3a5a0ce2-ee57-4fc8-8453-7cf10c3bd90a/download85cc442d17780320a539e80594fd390cMD53TEXT18876.pdf.txt18876.pdf.txtExtracted texttext/plain44358https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/2974912b-7447-4c97-a63e-21e0babecee9/download05233dd6bf86a2c5530ec09971317dc1MD52ORIGINAL18876.pdf18876.pdfapplication/pdf1088011https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/9efab784-09f1-49b4-a62d-1cb444ab68c2/download0b4c52bb3a370d02129299b65973e686MD511992/62451oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/624512023-10-10 19:31:42.772http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co |
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