Pipeline design for user-friendly viral metagenomic analysis
"Cada vez se requieren más herramientas bioinformáticas y recursos computacionales para entender los amplios conjuntos de datos producidos por las tecnologías NGS. La curva de aprendizaje del uso de herramientas de bioinformática viene acompañada por sentimientos de frustración, quedándose así...
- Autores:
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Forero Junco, Laura Milena
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/62451
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/62451
- Palabra clave:
- Bioinformática
Biología computacional
Flujo de trabajo
Genómica microbiana
Metagenómica
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
| Summary: | "Cada vez se requieren más herramientas bioinformáticas y recursos computacionales para entender los amplios conjuntos de datos producidos por las tecnologías NGS. La curva de aprendizaje del uso de herramientas de bioinformática viene acompañada por sentimientos de frustración, quedándose así con opciones limitadas para avanzar en los análisis de sus datos. Así, el objetivo de este proyecto fue crear un software de fácil uso para el análisis de datos de metagenómica viral. Esta herramienta, Mosaic, está diseñada para el análisis de muestras enriquecidas por virus. Se basa en el uso de Snakemake como sistema de gestión de flujo de trabajo, junto con conda para la instalación de las dependencias requeridas. Así, este software utiliza datos de secuenciación crudos para generar la tabla de abundancia viral (vOTU). Además, este software de código abierto es compatible con lecturas largas, en concordancia con su prometedor futuro en el análisis metagenómico." -- Tomado del Formato de Documento de Grado. |
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