Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas
ilustraciones
- Autores:
-
Ortega Recalde, Oscar Javier
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2016
- Institución:
- Universidad de los Andes
- Repositorio:
- Séneca: repositorio Uniandes
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/13741
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/1992/13741
- Palabra clave:
- Biología computacional - Aplicaciones
Metagenómica - Investigaciones
Biología
- Rights
- openAccess
- License
- http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
id |
UNIANDES2_33d2c2df7787495cb4d0a1345517ee32 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/13741 |
network_acronym_str |
UNIANDES2 |
network_name_str |
Séneca: repositorio Uniandes |
repository_id_str |
|
spelling |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Caro Quintero, Alejandro2d4c9184-2781-4bc3-88d6-0b907914e2c6500Reyes Muñoz, Alejandrovirtual::16491-1Ortega Recalde, Oscar Javier0af6d554-925c-4672-9273-36b759832a865002018-09-28T10:52:09Z2018-09-28T10:52:09Z2016http://hdl.handle.net/1992/13741u729188.pdfinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional Sénecarepourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ilustracionesIncluye referencias bibliográficastextocomputadorarecurso en líneaDada su gran abundancia y diversidad, los virus constituyen entidades de gran importancia en la biosfera terrestre. A pesar del interés creciente en el estudio de estos organismos una gran parte de sus funciones y el papel que cumplen en diferentes biomas es aún desconocida. El uso de nuevas técnicas de secuenciación y los avances en biología molecular y computacional ha revolucionado en gran parte dicho estudio. El presente trabajo hace uso de los datos obtenidos de diferentes estudios con el fin de analizar potenciales firmas protéicas en metagenomas virales provenientes de agua dulce, agua de mar, microbialitos, suelo e intestino humano. Tras la obtención de los datos se realizó un análisis de la calidad, curación, ensamblaje, y anotación de proteínas y dominios. Los dominios, regiones interdominios y proteínas sin dominios conocidos permitieron construir clusters de grupos de ortólogos (COGs) los cuales fueron analizados por Random Forest para evaluar la capacidad de dichos grupos de clasificar un ambiente dado. Para todos los biomas analizados el 74.8% de las proteínas virales predichas fue desconocida, siendo el porcentaje más alto de proteínas desconocidas las encontradas en intestino humano (83.3%). El análisis por Random Forest permitió identificar que existen 93 clusters de mayor importancia de un total de 24,502, logrando un porcentaje de clasificación correcta de hasta 93.75%. Nuestros resultados sugieren que existen firmas específicas a nivel de COGs, característicos de cada uno de los ambientes y los cuales a su vez podrían ser blancos prioritarios para estudios más profundos que identifiquen su función e importancia en la dinámica de los ecosistemasMagíster en Ciencias BiológicasMaestría50 hojasapplication/pdfspainstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaAnálisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomasTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMMaestría en Ciencias BiológicasFacultad de CienciasDepartamento de BiologíaBiología computacional - AplicacionesMetagenómica - InvestigacionesBiologíaPublicationhttps://scholar.google.es/citations?user=hbXF8UEAAAAJvirtual::16491-10000-0003-2907-3265virtual::16491-1https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000395927virtual::16491-1f71489e5-69f6-4e6b-90a6-c6b1d3fecec7virtual::16491-1f71489e5-69f6-4e6b-90a6-c6b1d3fecec7virtual::16491-1ORIGINALu729188.pdfapplication/pdf1189799https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/15dd9c1b-d469-44c9-9280-d8183417024f/download04923c3718074b8937e82175827ff4faMD51THUMBNAILu729188.pdf.jpgu729188.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4415https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/d41ef5a9-facc-4bb5-bd1e-b09b165df680/download5a540dc0527440f022d8a67e71fadf39MD55TEXTu729188.pdf.txtu729188.pdf.txtExtracted texttext/plain70856https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/067965a8-9068-4225-a606-d65c6e5e04e0/downloaddb97ea7a1e02e2c908479c57ce454905MD541992/13741oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/137412024-03-13 15:44:30.15http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co |
dc.title.es_CO.fl_str_mv |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
title |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
spellingShingle |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas Biología computacional - Aplicaciones Metagenómica - Investigaciones Biología |
title_short |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
title_full |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
title_fullStr |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
title_full_unstemmed |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
title_sort |
Análisis bioinformático de metagenomas virales provenientes de diferentes biomas |
dc.creator.fl_str_mv |
Ortega Recalde, Oscar Javier |
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Caro Quintero, Alejandro Reyes Muñoz, Alejandro |
dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Ortega Recalde, Oscar Javier |
dc.subject.keyword.es_CO.fl_str_mv |
Biología computacional - Aplicaciones Metagenómica - Investigaciones |
topic |
Biología computacional - Aplicaciones Metagenómica - Investigaciones Biología |
dc.subject.themes.none.fl_str_mv |
Biología |
description |
ilustraciones |
publishDate |
2016 |
dc.date.issued.none.fl_str_mv |
2016 |
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2018-09-28T10:52:09Z |
dc.date.available.none.fl_str_mv |
2018-09-28T10:52:09Z |
dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Maestría |
dc.type.coarversion.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TM |
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/1992/13741 |
dc.identifier.pdf.none.fl_str_mv |
u729188.pdf |
dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes |
dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional Séneca |
dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
url |
http://hdl.handle.net/1992/13741 |
identifier_str_mv |
u729188.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
dc.language.iso.es_CO.fl_str_mv |
spa |
language |
spa |
dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ |
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
rights_invalid_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.extent.es_CO.fl_str_mv |
50 hojas |
dc.format.mimetype.es_CO.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.program.es_CO.fl_str_mv |
Maestría en Ciencias Biológicas |
dc.publisher.faculty.es_CO.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
dc.publisher.department.es_CO.fl_str_mv |
Departamento de Biología |
dc.source.es_CO.fl_str_mv |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca |
instname_str |
Universidad de los Andes |
institution |
Universidad de los Andes |
reponame_str |
Repositorio Institucional Séneca |
collection |
Repositorio Institucional Séneca |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/15dd9c1b-d469-44c9-9280-d8183417024f/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/d41ef5a9-facc-4bb5-bd1e-b09b165df680/download https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/067965a8-9068-4225-a606-d65c6e5e04e0/download |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
04923c3718074b8937e82175827ff4fa 5a540dc0527440f022d8a67e71fadf39 db97ea7a1e02e2c908479c57ce454905 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositorio institucional Séneca |
repository.mail.fl_str_mv |
adminrepositorio@uniandes.edu.co |
_version_ |
1812134061652574208 |