Hacia la escala experimental de la epigenética: primera aproximación metodológica al análisis directo de la estructura configuracional de la cromatina total, proveniente de poblaciones de distintos fenotipos mutantes, de la mosca de la fruta Drosophila melanogaster (2019)
La estructura topológica de la cromatina define cuáles regiones de la secuencia nucleotídica se expresarán o no en un momento, según qué tan interferidas estén estas regiones por sus proteínas asociadas. Expresado de manera distinta, secuencias con menor presencia de proteínas asociadas, tendrán menos obstáculos para ser transcritas, en comparación con las secuencias que presentan asociadas, más de estas proteínas, mayoritariamente empaquetadas en nucleosomas. Así, las regiones libres de proteínas son transcripcionalmente activas y las regiones ocupadas no. Además, las regiones activas al ser minoritarias, más pequeñas y menos interferidas por proteínas resultan también, cuando son fijadas en su posición, ser las regiones más susceptibles a ser puntos de ruptura del ADN en caso de la aplicación experimental de un factor, con efectos destructivos, como la Sonicación. El experimento que aquí se propone, y que encuentra su sustento en el fenómeno estructural de la cromatina descrito, consiste en un método y protocolo, para la visualización y futura interpretación de fenómenos de naturaleza epigenética, basados; en las características medibles a la escala a la que ocurren los fenómenos de esa naturaleza, es decir, a la escala de la estructura configuracional de la cromatina. En este trabajo se establece una primera etapa de estandarización de un protocolo experimental que permita visualizar el patrón de ruptura por sonicación de las regiones más frágiles cromatina total de cada población de interés, mediante la visualización electroforética y cuantificación espectrofotométrica de la distribución de tamaños, de los fragmentos inactivos transcripcionalmente, en forma de ADN denaturado. De distintas poblaciones con diferentes fenotipos externos (variedades mutantes) de Drosophila melanogaster.