Hacia la escala experimental de la epigenética: primera aproximación metodológica al análisis directo de la estructura configuracional de la cromatina total, proveniente de poblaciones de distintos fenotipos mutantes, de la mosca de la fruta Drosophila melanogaster

La estructura topológica de la cromatina define cuáles regiones de la secuencia nucleotídica se expresarán o no en un momento, según qué tan interferidas estén estas regiones por sus proteínas asociadas. Expresado de manera distinta, secuencias con menor presencia de proteínas asociadas, tendrán men...

Full description

Autores:
Ruano Córdoba, Irene
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2019
Institución:
Universidad de los Andes
Repositorio:
Séneca: repositorio Uniandes
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/45776
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/1992/45776
Palabra clave:
Drosophila melanogaster
Cromatina
Biología
Rights
openAccess
License
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description La estructura topológica de la cromatina define cuáles regiones de la secuencia nucleotídica se expresarán o no en un momento, según qué tan interferidas estén estas regiones por sus proteínas asociadas. Expresado de manera distinta, secuencias con menor presencia de proteínas asociadas, tendrán menos obstáculos para ser transcritas, en comparación con las secuencias que presentan asociadas, más de estas proteínas, mayoritariamente empaquetadas en nucleosomas. Así, las regiones libres de proteínas son transcripcionalmente activas y las regiones ocupadas no. Además, las regiones activas al ser minoritarias, más pequeñas y menos interferidas por proteínas resultan también, cuando son fijadas en su posición, ser las regiones más susceptibles a ser puntos de ruptura del ADN en caso de la aplicación experimental de un factor, con efectos destructivos, como la Sonicación. El experimento que aquí se propone, y que encuentra su sustento en el fenómeno estructural de la cromatina descrito, consiste en un método y protocolo, para la visualización y futura interpretación de fenómenos de naturaleza epigenética, basados; en las características medibles a la escala a la que ocurren los fenómenos de esa naturaleza, es decir, a la escala de la estructura configuracional de la cromatina. En este trabajo se establece una primera etapa de estandarización de un protocolo experimental que permita visualizar el patrón de ruptura por sonicación de las regiones más frágiles cromatina total de cada población de interés, mediante la visualización electroforética y cuantificación espectrofotométrica de la distribución de tamaños, de los fragmentos inactivos transcripcionalmente, en forma de ADN denaturado. De distintas poblaciones con diferentes fenotipos externos (variedades mutantes) de Drosophila melanogaster.
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Expresado de manera distinta, secuencias con menor presencia de proteínas asociadas, tendrán menos obstáculos para ser transcritas, en comparación con las secuencias que presentan asociadas, más de estas proteínas, mayoritariamente empaquetadas en nucleosomas. Así, las regiones libres de proteínas son transcripcionalmente activas y las regiones ocupadas no. Además, las regiones activas al ser minoritarias, más pequeñas y menos interferidas por proteínas resultan también, cuando son fijadas en su posición, ser las regiones más susceptibles a ser puntos de ruptura del ADN en caso de la aplicación experimental de un factor, con efectos destructivos, como la Sonicación. El experimento que aquí se propone, y que encuentra su sustento en el fenómeno estructural de la cromatina descrito, consiste en un método y protocolo, para la visualización y futura interpretación de fenómenos de naturaleza epigenética, basados; en las características medibles a la escala a la que ocurren los fenómenos de esa naturaleza, es decir, a la escala de la estructura configuracional de la cromatina. En este trabajo se establece una primera etapa de estandarización de un protocolo experimental que permita visualizar el patrón de ruptura por sonicación de las regiones más frágiles cromatina total de cada población de interés, mediante la visualización electroforética y cuantificación espectrofotométrica de la distribución de tamaños, de los fragmentos inactivos transcripcionalmente, en forma de ADN denaturado. De distintas poblaciones con diferentes fenotipos externos (variedades mutantes) de Drosophila melanogaster.The topological structure of chromatin defines which regions of the nucleotide sequence will be expressed or not in a moment, depending on how interfered these regions are by their associated proteins. Expressed differently, sequences with less presence of associated proteins, will have fewer obstacles to be transcribed, compared to the sequences that have associated, more of these proteins, mostly packaged in nucleosomes. Thus, protein-free regions are transcriptionally active and occupied regions are not. In addition, the regions active as being minority, smaller and less interfered with by proteins are also, when fixed in their position, to be the regions most susceptible to being DNA breakpoints in case of the experimental application of a factor, with effects destructive, such as Sonication. The experiment proposed here, and which finds its support in the structural phenomenon of the chromatin described, consists of a method and protocol, for the visualization and future interpretation of phenomena of epigenetic nature, based; in the characteristics measurable at the scale at which phenomena of that nature occur, that is, at the scale of the chromatin configurational structure. This work establishes a first stage of standardization of an experimental protocol that allows visualizing the pattern of rupture by sonication of the most fragile regions total chromatin of each population of interest, by means of electrophoretic visualization and spectrophotometric quantification of the distribution of sizes, of the transcriptionally inactive fragments, in the form of denatured DNA. From different populations with different external phenotypes (mutant varieties) of Drosophila melanogaster.BiólogoPregrado19 hojasapplication/pdfspaUniversidad de los AndesBiologíaFacultad de CienciasDepartamento de Ciencias Biológicasinstname:Universidad de los Andesreponame:Repositorio Institucional SénecaHacia la escala experimental de la epigenética: primera aproximación metodológica al análisis directo de la estructura configuracional de la cromatina total, proveniente de poblaciones de distintos fenotipos mutantes, de la mosca de la fruta Drosophila melanogasterTrabajo de grado - Pregradoinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/TPDrosophila melanogasterCromatinaBiologíaPublication0000-0002-7024-2879virtual::8442-1https://scienti.minciencias.gov.co/cvlac/visualizador/generarCurriculoCv.do?cod_rh=0000139980virtual::8442-13fe78000-6a14-44db-b3d5-0bef91324034virtual::8442-13fe78000-6a14-44db-b3d5-0bef91324034virtual::8442-1TEXTu828060.pdf.txtu828060.pdf.txtExtracted texttext/plain54638https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/2a3129a8-4916-454e-9407-c98b0fb6e60d/downloadf25be97a8fac29400bfa280b4e9a25aaMD54THUMBNAILu828060.pdf.jpgu828060.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg19331https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/fe0bc441-8cfb-48b9-a1de-fc93aaa93c79/download28eb464557ac3cb3fe430d7155c9a35fMD55ORIGINALu828060.pdfapplication/pdf827246https://repositorio.uniandes.edu.co/bitstreams/5c4a6cdd-781c-4df4-962d-2568bd3460d1/downloade2f89b587c456055cc1d8bf367d0cd6fMD511992/45776oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/457762024-03-13 13:40:54.05http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/open.accesshttps://repositorio.uniandes.edu.coRepositorio institucional Sénecaadminrepositorio@uniandes.edu.co