Visualización de redes metabólicas

La visualización de redes metabólicas es crucial para comprender las interacciones bioquímicas en organismos, pero las herramientas actuales presentan limitaciones como interfaces poco intuitivas y visualizaciones estáticas. Este trabajo desarrolla una versión modernizada del software MetaPenta, int...

Full description

Autores:
Junco, Juan Pablo
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2025
Institución:
Universidad de los Andes
Repositorio:
Séneca: repositorio Uniandes
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/75482
Acceso en línea:
https://hdl.handle.net/1992/75482
Palabra clave:
Redes metabólicas
Biología de sistemas
Visualización interactiva
Análisis de redes metabólicas
Software bioinformático
Reconstrucción metabólica
Interfaz web
Visualización de grafos
Herramientas bioinformáticas
Ingeniería
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description La visualización de redes metabólicas es crucial para comprender las interacciones bioquímicas en organismos, pero las herramientas actuales presentan limitaciones como interfaces poco intuitivas y visualizaciones estáticas. Este trabajo desarrolla una versión modernizada del software MetaPenta, integrándolo en una plataforma web interactiva basada en React y Cytoscape.js, lo que permite una visualización dinámica y eficiente de redes metabólicas. Se mejoraron funcionalidades como la carga de archivos en formato SBML, la identificación de rutas cortas entre metabolitos y la personalización de grafos mediante algoritmos avanzados (ELK, DAGRE, COLA, KLAY). El backend, construido con SpringBoot, interactúa con el repositorio MetaPentaCore y bases de datos como BiGG para procesar redes metabólicas. La validación incluyó modelos como RECON1 y e_coli_core, comparando resultados con herramientas como Fluxer. Las mejoras lograron una experiencia de usuario más intuitiva y capacidades avanzadas para explorar patrones y relaciones dentro de las redes.
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Disponible en: https://manual.cytoscape.org/en/stable/Quick_Tour_of_Cytoscape.html#quick-tour-of-cyt oscapeFeist, A. M., & Palsson, B. Ø. (2008). The growing scope of applications of genome-scale metabolic reconstructions using Escherichia coli. Nature biotechnology, 26(6), 659–667. https://doi.org/10.1038/nbt1401Fluxer (s/f) FLUX and pathways viewER. Disponible en: https://fluxer.umbc.edu/García Cárdenas, G. (2024). Reaction balancer functionality in Metapenta. Universidad de los Andes. Disponible en: https://hdl.handle.net/1992/73495Grafahrend-Belau, E., Junker, B. H., Klukas, C., Koschützki, D., Schreiber, F., & Schwöbbermeyer, H. (2009). Topology of Plant Metabolic Networks. In Plant Metabolic Networks (pp. 173–209). Springer. https://doi.org/10.1007/978-0-387-78745-9_7Karp, P. D., Billington, R., Caspi, R., Fulcher, C. A., Latendresse, M., Kothari, A., Keseler, I. M., Krummenacker, M., Midford, P. E., Ong, Q., Ong, W. K., Paley, S. M., & Subhraveti, P. (2019). 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