Visualización de redes metabólicas

La visualización de redes metabólicas es crucial para comprender las interacciones bioquímicas en organismos, pero las herramientas actuales presentan limitaciones como interfaces poco intuitivas y visualizaciones estáticas. Este trabajo desarrolla una versión modernizada del software MetaPenta, integrándolo en una plataforma web interactiva basada en React y Cytoscape.js, lo que permite una visualización dinámica y eficiente de redes metabólicas. Se mejoraron funcionalidades como la carga de archivos en formato SBML, la identificación de rutas cortas entre metabolitos y la personalización de grafos mediante algoritmos avanzados (ELK, DAGRE, COLA, KLAY). El backend, construido con SpringBoot, interactúa con el repositorio MetaPentaCore y bases de datos como BiGG para procesar redes metabólicas. La validación incluyó modelos como RECON1 y e_coli_core, comparando resultados con herramientas como Fluxer. Las mejoras lograron una experiencia de usuario más intuitiva y capacidades avanzadas para explorar patrones y relaciones dentro de las redes.

• Autores: Junco, Juan Pablo
• Tipo de recurso: Trabajo de grado de pregrado
• Fecha de publicación: 2025
• Institución: Universidad de los Andes
• Repositorio: Séneca: repositorio Uniandes
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/75482
• Acceso en línea: https://hdl.handle.net/1992/75482
• Palabra clave: Redes metabólicas; Biología de sistemas; Visualización interactiva; Análisis de redes metabólicas; Software bioinformático; Reconstrucción metabólica; Interfaz web; Visualización de grafos; Herramientas bioinformáticas; Ingeniería
• Rights: openAccess
• License: Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International