A trilocus sequence typing scheme for hospital epidemiology and subspecies differentiation of an important nosocomial pathogen, Enterococcus faecalis (2009)
En este estudio, presentamos un esquema de tipificación de secuencia trilocus (TLST) basado en regiones intragénicas de dos genes antigénicos, ace y salA (que codifican una adhesina de colágeno / laminina y un antígeno asociado a la pared celular, respectivamente), y un gen asociado con antibiótico resistencia, lsa (que codifica un transportador ABC putativo), para la diferenciación de subespecies de Enterococcus faecalis. Cada uno de los alelos se analizó utilizando 50 aislamientos de E. faecalis que representan 42 tipos de secuencias multilocus diversos (ST M; basado en siete genes de mantenimiento) y cuatro grupos de aislados unidos clonalmente (por electroforesis en gel de campo pulsado [PFGE]). Los perfiles alélicos y / o secuencias concatenadas de los tres genes coincidieron con los resultados de la tipificación de secuencias multilocus (MLST) para la tipificación de 49 de los 50 aislamientos; Además de la única excepción, se encontró que dos aislamientos tenían tipos de TLST idénticos pero eran variantes de un solo locus (que se diferenciaban por un solo nucleótido) según MLST y, por lo tanto, también se clasificaron como relacionados clonalmente por MLST. TLST también fue comparable a PFGE para establecer relaciones epidemiológicas a corto plazo, tipificando todos los aislados clasificados como relacionados clonalmente por PFGE con el mismo tipo. A continuación, se aplicó TLST a aislamientos representativos (de cada subtipo de PFGE y año de aislamiento) de una colección de 48 aislamientos hospitalarios y se demostraron las mismas relaciones entre los aislamientos de una cepa del brote que los encontrados por MLST y PFGE. En conclusión, el esquema TLST descrito aquí demostró ser exitoso para investigar la epidemiología a corto plazo en un entorno hospitalario y puede proporcionar una alternativa a MLST para discriminar aislamientos.