Identificación de especies de Enterococcus spp: secuenciación del genoma completo en comparación con tres sistemas basados ​​en pruebas bioquímicas y dos sistemas de espectrometría de masas de tiempo de vuelo de ionización / desorción láser asistida por matriz (MALDI ‐ TOF MS) (2020)
Objetivo: Aquí, evaluamos el rendimiento de dos sistemas comerciales de EM MALDI ‐ TOF y tres sistemas basados en bioquímicos y los comparamos con WGS como el estándar de oro para identificar cepas de enterococos resistentes a la vancomicina (ERV). Métodos: Se incluyeron un total de 87 aislamientos clínicos de ERV. Los espectrómetros de masas fueron el sistema Microflex con software Biotyper 3.1 y el sistema Vitek MS. Los sistemas basados en bioquímicos incluyeron los sistemas Vitek 2, Phoenix y MicroScan WalkAway. La WGS se realizó en un instrumento Illumina MiSeq utilizando el kit de reactivos MiSeq v3. La resistencia a la vancomicina se determinó según los criterios de CLSI. Resultados: Entre los 87 VRE, 71 y 16 fueron identificados como Enterococcus faecium y Enterococcus faecalis por WGS. Los 71 E faecium fueron identificados correctamente por ambos espectrómetros de masas, así como por los instrumentos Vitek 2 y Phoenix. Sin embargo, el sistema MicroScan solo identificó correctamente 51 aislados de E. faecium . La identificación errónea más frecuente fue Enterococcus casseliflavus (n = 20). Para E. faecium resistente a la vancomicina , el sistema Microflex Biotyper tuvo la mayor sensibilidad (85,54%) y todos los instrumentos (excepto el Microscan) tuvieron una especificidad y un VPP del 100%. Hasta el 87% de E. faecalis los aislamientos fueron identificados erróneamente por VITEK MS y VITEK2, 81% por Microscan y Phoenix, y 75% por Bruker biotyper. Conclusión: A medida que la cobertura de la base de datos de secuencias de tipo cepa-genoma continúa creciendo y el costo de la secuenciación del ADN continúa disminuyendo, la identificación basada en el genoma puede ser una herramienta útil para los laboratorios de diagnóstico, con su precisión superior incluso sobre MALDI-TOF y las operaciones basadas en bases de datos .