Evaluación del comportamiento epidemiológico de aislamientos clínicos de Klebsiella pneumoniae mediante secuenciación de genoma completo (WGS)
ilustraciones, diagramas, fotografías color
- Autores:
-
Coral Gamboa, Angela Patricia
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2023
- Institución:
- Universidad Nacional de Colombia
- Repositorio:
- Universidad Nacional de Colombia
- Idioma:
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- OAI Identifier:
- oai:repositorio.unal.edu.co:unal/84445
- Palabra clave:
- 000 - Ciencias de la computación, información y obras generales
010 - Bibliografía
610 - Medicina y salud
500 - Ciencias naturales y matemáticas
000 - Ciencias de la computación, información y obras generales::004 - Procesamiento de datos Ciencia de los computadores
050 - Publicaciones seriadas generales
570 - Biología
Drug Resistance, Bacterial
Epidemiological Monitoring
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Klebsiella pneumoniae
KPC
Infecciones Asociadas a Atención en Salud
secuenciación de genoma completo
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Epidemiologa molecular
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Reconocimiento 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Barreto Hernández, Emilianob7a2cae2c08b5d6a549e173576c6c82dReguero Reza, María Teresa Jesús9ba54bc0326cdc978d84a9a9130f2d0cCoral Gamboa, Angela Patricia6fde278dad9a3983728f05913b892bb8Grupo de investigación en epidemiologia molecularBioinformáticaCoral Gamboa, Angela PatriciaCoral Gamboa, Angela PatriciaCoral Gamboa, Angela PatriciaCoral Gamboa, Angela PatriciaCoral Gamboa, Angela Patricia2023-08-03T21:47:31Z2023-08-03T21:47:31Z2023https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/84445Universidad Nacional de ColombiaRepositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiahttps://repositorio.unal.edu.co/ilustraciones, diagramas, fotografías colorEl fenómeno de la resistencia bacteriana ha cobrado fuerza en los últimos años, se estima que para el año 2050 el número de muertes asociadas a esta llegue a más de 10 millones de individuos en el mundo. En Colombia uno de los microorganismos resistentes a nivel hospitalario más aislados en servicios de UCI y hospitalización es Klebsiella pneumoniae tipo KPC, un bacilo Gram negativo formador de cápsula, productor de carbapenemasas. El gen blaKPC ubicado cerca del transposón Tn4401 en su genoma, confiere resistencia a los antibióticos carbapenémicos. El objetivo de este estudio fue evaluar el comportamiento epidemiológico y la variación de los perfiles genómicos de resistencia a antibióticos de cepas KPC de K. pneumoniae, provenientes de aislamientos clínicos, mediante Secuenciación de Genoma Completo (WGS). En total se procesaron 37 aislamientos recolectados entre 2019 y 2020, de los cuales el 51,35% presentaron un fenotipo multidrogo resistente (MDR). El mecanismo de resistencia bomba de eflujo de antibióticos fue el más frecuente en el resistoma (51,16%). En los 37 aislamientos se observó una baja diversidad clonal, detectándose cuatro clado que incluían el 83,78% de los aislamientos. El análisis por MLST mostró que el ST predominante fue ST1082 presente en el 48,6% de los aislamientos agrupados en el clado 4. Este grupo clonal fue el más circulante en el hospital y estuvo caracterizado por portar elementos móviles de resistencia como blaKPC, blaTEM-1 y tet. No se evidenciaron brotes a causa de ST1082 ya que estuvo circulando en todos los servicios del hospital durante todo el tiempo de estudio, condiciones por las cuales podría considerarse de un caso endémico y no de un brote en el centro hospitalario. En conclusión el método WGS permitió identificar el resistoma de las cepas de K. pneumoniae y evaluar su epidemiología molecular mediante los diferentes mecanismos de resistencia que confieren los distintos genes, lo cual se convierte en una importante herramienta para la toma de decisiones en el uso de los antimicrobianos. (Texto tomado de la fuente)El fenómeno de la resistencia bacteriana ha cobrado fuerza en los últimos años, se estima que para el año 2050 el número de muertes asociadas a esta llegue a más de 10 millones de individuos en el mundo. En Colombia uno de los microorganismos resistentes a nivel hospitalario más aislados en servicios de UCI y hospitalización es Klebsiella pneumoniae tipo KPC, un bacilo Gram negativo formador de cápsula, productor de carbapenemasas. El gen blaKPC ubicado cerca del transposón Tn4401 en su genoma, confiere resistencia a los antibióticos carbapenémicos. El objetivo de este estudio fue evaluar el comportamiento epidemiológico y la variación de los perfiles genómicos de resistencia a antibióticos de cepas KPC de K. pneumoniae, provenientes de aislamientos clínicos, mediante Secuenciación de Genoma Completo (WGS). En total se procesaron 37 aislamientos recolectados entre 2019 y 2020, de los cuales el 51,35% presentaron un fenotipo multidrogo resistente (MDR). El mecanismo de resistencia bomba de eflujo de antibióticos fue el más frecuente en el resistoma (51,16%). En los 37 aislamientos se observó una baja diversidad clonal, detectándose cuatro clado que incluían el 83,78% de los aislamientos. El análisis por MLST mostró que el ST predominante fue ST1082 presente en el 48,6% de los aislamientos agrupados en el clado 4. Este grupo clonal fue el más circulante en el hospital y estuvo caracterizado por portar elementos móviles de resistencia como blaKPC, blaTEM-1 y tet. No se evidenciaron brotes a causa de ST1082 ya que estuvo circulando en todos los servicios del hospital durante todo el tiempo de estudio, condiciones por las cuales podría considerarse de un caso endémico y no de un brote en el centro hospitalario. En conclusión el método WGS permitió identificar el resistoma de las cepas de K. pneumoniae y evaluar su epidemiología molecular mediante los diferentes mecanismos de resistencia que confieren los distintos genes, lo cual se convierte en una importante herramienta para la toma de decisiones en el uso de los antimicrobianos.MaestríaMagíster en Ciencias - MicrobiologíaBiología molecular de agentes infecciososxvi, 83 páginasapplication/pdfspaUniversidad Nacional de ColombiaBogotá - Ciencias - Maestría en Ciencias - MicrobiologíaFacultad de CienciasBogotá,ColombiaUniversidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá000 - Ciencias de la computación, información y obras generales010 - Bibliografía610 - Medicina y salud500 - Ciencias naturales y matemáticas000 - Ciencias de la computación, información y obras generales::004 - Procesamiento de datos Ciencia de los computadores050 - Publicaciones seriadas generales570 - BiologíaDrug Resistance, BacterialEpidemiological MonitoringFarmacoresistencia bacterianaMonitoreo epidemiológicoKlebsiella pneumoniaeKPCInfecciones Asociadas a Atención en Saludsecuenciación de genoma completoNGSResistencia a los antibióticosEpidemiologa molecularSeguimiento epidemiologicoEvaluación del comportamiento epidemiológico de aislamientos clínicos de Klebsiella pneumoniae mediante secuenciación de genoma completo (WGS)Evaluation of the epidemiological behavior of clinical isolates of Klebsiella pneumoniae using whole genome sequencing (WGS)Trabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMAbel, C. (1996). Ensayos de historia de la salud en Colombia : 1920-1990 (Vol. 37). Universidad Nacional de Colombia. IEPRI - CEREC. http://bdigital.unal.edu.co/43072/Alvarez, C., Cortes, J., Arango, Á., Correa, C., Leal, A., & Grebo. (2006). Resistencia antimicrobiana en Unidades de Cuidado Intensivo de Bogotá, Colombia, 2001-2003. Revista de Salud Publica. https://doi.org/10.1590/S0124-00642006000400008Argimón, S., Abudahab, K., Goater, R. J. E., Fedosejev, A., Bhai, J., Glasner, C., Feil, E. J., Holden, M. T. G., Yeats, C. A., Grundmann, H., Spratt, B. G., & Aanensen, D. M. (2016). Microreact: visualizing and sharing data for genomic epidemiology and phylogeography. Microbial Genomics, 2(11), e000093. https://doi.org/10.1099/MGEN.0.000093BiOptic inc (2016) Qsep100™Operation Manual English V1.6. www.bioptic.com.twChaves, J., Ladona, M. G., Segura, C., Coira, A., Reig, R., & Ampurdanés, C. (2001). 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Characteristics and risk factors caused by KPC and NDM producers. Infection and Drug Resistance. 14: 3145-3158.EVALUACIÓN DEL COMPORTAMIENTO EPIDEMIOLÓGICO DE AISLAMIENTOS CLÍNICOS DE Klebsiella pneumoniae MEDIANTE SECUENCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO (WGS)ColcienciasEstudiantesInvestigadoresMaestrosMedios de comunicaciónPadres y familiasPúblico generalLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-85879https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/84445/1/license.txteb34b1cf90b7e1103fc9dfd26be24b4aMD51ORIGINAL1085306912.2023..pdf1085306912.2023..pdfTesis de Maestría en Ciencias - Microbiologíaapplication/pdf2682107https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/84445/2/1085306912.2023..pdfcf12ab40b7617a8c41a3686548bcd7e3MD52unal/84445oai:repositorio.unal.edu.co:unal/844452023-08-08 15:27:04.456Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.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