Diseño de oligonucléotidos para el estudio de genes celulolíticos y solventogénicos en cepas colombianas de clostridium sp. (clostridiaceae)

El objetivo de este estudio fue analizar las rutas metabólicas para la producción de solventes y degradación de celulosa en cepas colombianas promisorias del género Clostridium. Para ello se diseñaron sondas de hibridación que sirvieran para posteriores estudios de mejoramiento genético de las cepas. Se construyó la base de datos denominada MULTICLOST en Microsoft Access® con las secuencias de 485 genes involucrados en las rutas metabólicas arriba mencionadas, provenientes de 45 especies bacterianas y 10 especies fúngicas. Los genes fueron agrupados de acuerdo al tipo de enzima y a los dominios catalíticos o de unión a sustrato en el caso de las celulasas. Cada grupo se sometió a alineamiento múltiple en ClustalW 1.83 y con base en los resultados se crearon subgrupos de similitud mayor al 50%. Se localizaron secuencias conservadas de longitud mayor a 19 nucleótidos en GeneDoc 2.6.002 y sus valores termodinámicos fueron estimados con GeneRunner v3.05, mientras que la sensibilidad y especificidad fue verificada por búsquedas en GenBank usando BLASTN 2.2.8. En total se obtuvieron 94 secuencias conservadas con las siguientes características: longitud promedio de 24 nucleótidos, Tm promedio de 65,8 ºC y contenido de (G+C) entre 14,3 y 60,0%. Se determinó que ninguna de las sondas diseñadas forma estructuras secundarias estables con Tm superior a 36,1 ºC. De acuerdo a sus características y valores termodinámicos, todas las sondas podrían ser utilizadas en la construcción de un microarreglo o en reacciones de PCR para la identificación de regiones relevantes en el mejoramiento del proceso por ingeniería metabólica.

• Autores: Montoya Solano, José David; Suárez Moreno, Zulma Rocío; Riaño Pachón, Diego Mauricio; Montoya Castaño, Dolly; Aristizábal Gutiérrez, Fabio Ancízar
• Tipo de recurso: Article of journal
• Fecha de publicación: 2007
• Institución: Universidad Nacional de Colombia
• Repositorio: Universidad Nacional de Colombia
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.unal.edu.co:unal/39134
• Acceso en línea: https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/39134; http://bdigital.unal.edu.co/29231/
• Palabra clave: Ciencias Bilógicas; Biología; Medicina; Oligonucleotide Probes; Clostridium SP; Microarrays; Bioinformatics; Ciencias Bilógicas; Biología; Medicina; Sondas de Oligonucleótidos; Clostridium SP; Microarreglos; Bioinformática
• Rights: openAccess
• License: Atribución-NoComercial 4.0 Internacional