Solución de la ecuación de Fokker-Plank para simular ADN confinado fuera del equilibrio considerando condiciones electrostáticas

Esta tesis explora un método novedoso para el análisis y la comprensión del ADN o polielectrolitos en confinamiento, el método tipo Ewald de geometría general (GgEm). El cual se emplea para evitar la gran separación de escalas de tiempo y longitud, comunmente encontradas en los sistemas biológicos o nano-tecnológicos. Acoplado al uso de simulación de dinámica Browniana a traves de la ecuación de Fokker-Plank y su vínculo con las ecuaciones diferenciales estocásticas. En este trabajo se presenta una estrategia para la validación de la solución a la ecuación de Poisson por medio de GgEm utilizando el método de las imágenes, donde se obtuvieron errores inferiores al 4%. Se estudia el comportamiento de sistemas confinados de macroiones y ADN-Flap. Los macroiones forman estructuras ordenadas determinadas por el confinamiento. En el sistema ADN-Flap, el cual es importante en la nano-secuenciación de ADN, investigamos la dinámica del flap dentro de un nanocanal y encontramos que las solapas generan un efecto estabilizador en el ADN, debido a la interacción del flap con las paredes, lo cual es más evidente a mayores longitudes del flap.

• Autores: Vásquez Echeverri, Alejandro
• Fecha de publicación: 2016
• Institución: Universidad Nacional de Colombia
• Repositorio: Universidad Nacional de Colombia
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.unal.edu.co:unal/58340
• Acceso en línea: https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/58340; http://bdigital.unal.edu.co/55094/
• Palabra clave: 51 Matemáticas / Mathematics; 53 Física / Physics; 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology; Dinámica Browniana; Simulación numérica; Métodos espectrales; Computación científica; ADN; Genética; Ecuación de Fokker-Plank
• Rights: openAccess
• License: Atribución-NoComercial 4.0 Internacional