Solución de la ecuación de Fokker-Plank para simular ADN confinado fuera del equilibrio considerando condiciones electrostáticas

Esta tesis explora un método novedoso para el análisis y la comprensión del ADN o polielectrolitos en confinamiento, el método tipo Ewald de geometría general (GgEm). El cual se emplea para evitar la gran separación de escalas de tiempo y longitud, comunmente encontradas en los sistemas biológicos o...

Full description

Autores:: Vásquez Echeverri, Alejandro

Tipo de recurso:

Fecha de publicación:: 2016

Institución:: Universidad Nacional de Colombia

Repositorio:: Universidad Nacional de Colombia

Idioma:: spa

Description
Summary:	Esta tesis explora un método novedoso para el análisis y la comprensión del ADN o polielectrolitos en confinamiento, el método tipo Ewald de geometría general (GgEm). El cual se emplea para evitar la gran separación de escalas de tiempo y longitud, comunmente encontradas en los sistemas biológicos o nano-tecnológicos. Acoplado al uso de simulación de dinámica Browniana a traves de la ecuación de Fokker-Plank y su vínculo con las ecuaciones diferenciales estocásticas. En este trabajo se presenta una estrategia para la validación de la solución a la ecuación de Poisson por medio de GgEm utilizando el método de las imágenes, donde se obtuvieron errores inferiores al 4%. Se estudia el comportamiento de sistemas confinados de macroiones y ADN-Flap. Los macroiones forman estructuras ordenadas determinadas por el confinamiento. En el sistema ADN-Flap, el cual es importante en la nano-secuenciación de ADN, investigamos la dinámica del flap dentro de un nanocanal y encontramos que las solapas generan un efecto estabilizador en el ADN, debido a la interacción del flap con las paredes, lo cual es más evidente a mayores longitudes del flap.

Solución de la ecuación de Fokker-Plank para simular ADN confinado fuera del equilibrio considerando condiciones electrostáticas

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