Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo

Este trabajo tuvo como objetivo identificar los alelos y haplotipos HLA-DRB1 y DQB1 relacionados con la persistencia, depuración y redetección de 6 tipos de VPH de alto riesgo (VPH-AR) (-16, -18, -31, -33, -45 y -58) en una cohorte de mujeres colombianas. A partir de muestras de cérvix de 276 mujere...

Full description

Autores:
Del Río Ospina, Luisa Fernanda
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2019
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/76313
Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/76313
http://bdigital.unal.edu.co/72568/
Palabra clave:
Virus del Papiloma Humano
Depuración
Redetección
DRB1
DQB1
Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento
Human Papilomavirus
Clearance
Redetection
Next Generation Sequencing
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
id UNACIONAL2_e2ac79d5d3fcfabae03331563ea9298c
oai_identifier_str oai:repositorio.unal.edu.co:unal/76313
network_acronym_str UNACIONAL2
network_name_str Universidad Nacional de Colombia
repository_id_str
dc.title.spa.fl_str_mv Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
title Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
spellingShingle Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
Virus del Papiloma Humano
Depuración
Redetección
DRB1
DQB1
Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento
Human Papilomavirus
Clearance
Redetection
Next Generation Sequencing
title_short Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
title_full Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
title_fullStr Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
title_full_unstemmed Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
title_sort Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo
dc.creator.fl_str_mv Del Río Ospina, Luisa Fernanda
dc.contributor.advisor.spa.fl_str_mv Patarroyo Gutiérrez, Manuel Alfonso (Thesis advisor)
dc.contributor.author.spa.fl_str_mv Del Río Ospina, Luisa Fernanda
dc.contributor.spa.fl_str_mv Camargo Pinzón, Sandra Milena
dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv Virus del Papiloma Humano
Depuración
Redetección
DRB1
DQB1
Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento
Human Papilomavirus
Clearance
Redetection
Next Generation Sequencing
topic Virus del Papiloma Humano
Depuración
Redetección
DRB1
DQB1
Secuenciación de Nucleótidos de Alto Rendimiento
Human Papilomavirus
Clearance
Redetection
Next Generation Sequencing
description Este trabajo tuvo como objetivo identificar los alelos y haplotipos HLA-DRB1 y DQB1 relacionados con la persistencia, depuración y redetección de 6 tipos de VPH de alto riesgo (VPH-AR) (-16, -18, -31, -33, -45 y -58) en una cohorte de mujeres colombianas. A partir de muestras de cérvix de 276 mujeres, se realizó la tipificación de los loci DRB1 y DQB1 mediante el sistema MiSeq-Illumina. Se estimó la probabilidad de depuración y redetección en función del tiempo para cada uno de los 6 tipos de VPH-AR, con el método de Kaplan Meier. Se ajustaron modelos de supervivencia para identificar los alelos y haplotipos relacionados con la depuración y redetección teniendo en cuenta otras covariables. Se encontraron, para DRB1, 47 asociaciones (20 alelos), para DQB1, 6 asociaciones (3 alelos) y para los haplotipos, 87 asociaciones (34 haplotipos) con la depuración/persistencia de VPH. Con respecto a la redetección, 45 asociaciones de alelos DRB1 (23 alelos), 6 asociaciones para DQB1 (3 alelos) y 64 asociaciones, de 36 haplotipos, fueron identificadas. Se encontraron asociaciones tanto a favor como en contra de los eventos analizados, siendo algunas consistentes entre los tipos de VPH infectantes y otras diferentes. El efecto de los alelos y haplotipos de HLA sobre el curso clínico de las infecciones de VPH (depuración, persistencia y redetección viral) es dependiente del tipo de VPH responsable de la infección. El efecto independiente de algunos alelos fue consistente al configurar los haplotipos, mientras que para otros se observó una modificación del efecto.
publishDate 2019
dc.date.issued.spa.fl_str_mv 2019-05-10
dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv 2020-03-30T06:18:03Z
dc.date.available.spa.fl_str_mv 2020-03-30T06:18:03Z
dc.type.spa.fl_str_mv Trabajo de grado - Maestría
dc.type.driver.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
dc.type.version.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/acceptedVersion
dc.type.content.spa.fl_str_mv Text
dc.type.redcol.spa.fl_str_mv http://purl.org/redcol/resource_type/TM
status_str acceptedVersion
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/76313
dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv http://bdigital.unal.edu.co/72568/
url https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/76313
http://bdigital.unal.edu.co/72568/
dc.language.iso.spa.fl_str_mv spa
language spa
dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv Universidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Medicina Departamento de Morfología
Departamento de Morfología
dc.relation.haspart.spa.fl_str_mv 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology
61 Ciencias médicas; Medicina / Medicine and health
dc.relation.references.spa.fl_str_mv Del Río Ospina, Luisa Fernanda (2019) Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.
dc.rights.spa.fl_str_mv Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.license.spa.fl_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
dc.rights.uri.spa.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv application/pdf
institution Universidad Nacional de Colombia
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/76313/1/Tesis.pdf
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/76313/2/Tesis.pdf.jpg
bitstream.checksum.fl_str_mv 20d16e6c18d85cf84bb34aeeacd928c8
3e0da4af17c1776bb4f10154721603de
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia
repository.mail.fl_str_mv repositorio_nal@unal.edu.co
_version_ 1814089810307973120
spelling Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Camargo Pinzón, Sandra MilenaPatarroyo Gutiérrez, Manuel Alfonso (Thesis advisor)9a0b0436-fbcf-4757-b0ac-cbb68e54b216-1Del Río Ospina, Luisa Fernandaeb49973a-71c9-488d-95d3-6ed0c4629adf3002020-03-30T06:18:03Z2020-03-30T06:18:03Z2019-05-10https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/76313http://bdigital.unal.edu.co/72568/Este trabajo tuvo como objetivo identificar los alelos y haplotipos HLA-DRB1 y DQB1 relacionados con la persistencia, depuración y redetección de 6 tipos de VPH de alto riesgo (VPH-AR) (-16, -18, -31, -33, -45 y -58) en una cohorte de mujeres colombianas. A partir de muestras de cérvix de 276 mujeres, se realizó la tipificación de los loci DRB1 y DQB1 mediante el sistema MiSeq-Illumina. Se estimó la probabilidad de depuración y redetección en función del tiempo para cada uno de los 6 tipos de VPH-AR, con el método de Kaplan Meier. Se ajustaron modelos de supervivencia para identificar los alelos y haplotipos relacionados con la depuración y redetección teniendo en cuenta otras covariables. Se encontraron, para DRB1, 47 asociaciones (20 alelos), para DQB1, 6 asociaciones (3 alelos) y para los haplotipos, 87 asociaciones (34 haplotipos) con la depuración/persistencia de VPH. Con respecto a la redetección, 45 asociaciones de alelos DRB1 (23 alelos), 6 asociaciones para DQB1 (3 alelos) y 64 asociaciones, de 36 haplotipos, fueron identificadas. Se encontraron asociaciones tanto a favor como en contra de los eventos analizados, siendo algunas consistentes entre los tipos de VPH infectantes y otras diferentes. El efecto de los alelos y haplotipos de HLA sobre el curso clínico de las infecciones de VPH (depuración, persistencia y redetección viral) es dependiente del tipo de VPH responsable de la infección. El efecto independiente de algunos alelos fue consistente al configurar los haplotipos, mientras que para otros se observó una modificación del efecto.Abstract: The objective of this work was to identify HLA-DRB1 and DQB1 alleles and haplotypes related to the persistence, clearance and redetection of 6 high-risk HPV types (HR-HPV) (- 16, -18, -31, -33, - 45 and -58) in a cohort of Colombian women. From cervical samples of 276 women, DRB1 and DQB1 typing was performed using the MiSeq-Illumina system. The likelihood of clearance and redetection was estimated as a function of time for each of the 6 HR-HPV types with the Kaplan Meier method. Survival models were adjusted to identify alleles and haplotypes related to clearance and redetection, taking into account other covariates. We found, for DRB1, 47 associations (20 alleles), for DQB1, 6 associations (3 alleles) and for haplotypes, 87 associations (34 haplotypes) with clearance/persistence of HPV. With regard to redetection, 45 associations for DRB1 (23 alleles), 6 associations for DQB1 (3 alleles) and 64 associations for 36 haplotypes, were identified. Associations were found both in favor and against the events analyzed, with some being consistent between the infecting HPV types and others different. The effect of HLA alleles and haplotypes on the clinical course of HPV infections (clearance, persistence and viral redetection) is dependent on the HPV type responsible for the infection. The independent effect of some alleles was consistent when configuring the haplotypes, while for others a modification of the effect was observed.Maestríaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Bogotá Facultad de Medicina Departamento de MorfologíaDepartamento de Morfología57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology61 Ciencias médicas; Medicina / Medicine and healthDel Río Ospina, Luisa Fernanda (2019) Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Bogotá.Asociación de los alelos de HLA con la persistencia, depuración y reinfección de tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgoTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMVirus del Papiloma HumanoDepuraciónRedetecciónDRB1DQB1Secuenciación de Nucleótidos de Alto RendimientoHuman PapilomavirusClearanceRedetectionNext Generation SequencingORIGINALTesis.pdfapplication/pdf5704939https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/76313/1/Tesis.pdf20d16e6c18d85cf84bb34aeeacd928c8MD51THUMBNAILTesis.pdf.jpgTesis.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg5381https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/76313/2/Tesis.pdf.jpg3e0da4af17c1776bb4f10154721603deMD52unal/76313oai:repositorio.unal.edu.co:unal/763132024-07-11 23:51:45.443Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co