Un método híbrido para la predicción de la estructura terciaria de las proteínas a partir de su secuencia de aminoácidos

En esta tesis se abordó el problema de la predicción de la estructura de las proteínas, lo cual es un problema fundamental de la biología debido a que la función de una proteína está determinada por su estructura terciaria. Por tanto, son de vital importancia los métodos que ayuden a identificar la estructura terciaria de las proteínas. En este trabajo se propone un método de inteligencia computacional para la predicción del plegamiento de las proteínas, que se compone de dos etapas: en la primera se genera un modelo tridimensional de la estructura de la proteína utilizando PyRosetta, mediante un procedimiento de ensamblaje de fragmentos de tamaño 3 y 9; y en la segunda etapa, se realiza un refinamiento de la estructura obtenida en la primera fase utilizando el algoritmo multiobjetivo de búsqueda dispersa AbYSS. Se efectuaron experimentos con las proteínas 1CRN, 2KBQ, 1ROP y 2MQL, en las cuales la estructura terciaria fue determinada experimentalmente, con el objetivo de comparar los resultados obtenidos mediante la superposición estructural entre las estructuras obtenidas y las estructuras reportadas en el Protein Data Bank.

• Autores: Carvajal Patiño, Diego Felipe
• Fecha de publicación: 2015
• Institución: Universidad Nacional de Colombia
• Repositorio: Universidad Nacional de Colombia
• Idioma: spa
• OAI Identifier: oai:repositorio.unal.edu.co:unal/56467
• Acceso en línea: https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/56467; http://bdigital.unal.edu.co/52238/
• Palabra clave: 51 Matemáticas / Mathematics; 57 Ciencias de la vida; Biología / Life sciences; biology; 6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology; 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture; 65 Gerencia y servicios auxiliares / Management and public relations; Proteínas; Conformaciones; Coordenadas internas; Ensamblaje de fragmentos; Optimización multiobjetivo; Búsqueda dispersa; Algoritmo de búsqueda; Protein; Conformation; Internal coordinates; Fragment assembly; Multiobjective optimization; Scatter Search; Search Algorithm
• Rights: openAccess
• License: Atribución-NoComercial 4.0 Internacional