Detección e identificación de virus RNA que afectan el cultivo de Capsicum spp., en el Valle del Cauca (2019)
El objetivo de este trabajo fue actualizar la virosfera RNA que se encuentra en el cultivo del ají en Valle del Cauca. Para esto se realizaron tres colectas de cuatro variedades comerciales de ají (tabasco, habanero, cayena y jalapeño) en 12 municipios del Valle del Cauca en los años 2016, 2017 y 2018. Se purificó el RNA total y mediante RT-PCR se detectó la presencia de virus de los géneros Potyvirus, Tobamovirus (TMV), Tospovirus (TSWV) y Cucomovirus (CMV). Para conocer la identidad de los virus detectados, se clonaron los fragmentos virales, se secuenciaron y se analizaron empleando herramientas bioinformáticas. Finalmente, se diseñaron oligos específicos para los nuevos virus y se evaluaron en las muestras de ají colectadas. Se colectaron 176 muestras de ají, encontrándose presencia de un potyvirus en el 71% de las muestras; este virus fue caracterizado y se identificó como un nuevo virus que se denominó virus del moteado severo del ají aislado Colombia (Pepper severe mottle virus isolate Colombia – PepSMV-Col). También se detectó la presencia de CMV en el 62,5% de las muestras, este resultado constituye la primera detección con técnicas moleculares de CMV en cultivos de ají. Los análisis de secuencia lo identificaron como un aislado relacionado estrechamente con CMV que infecta banano. Con respecto a los virus de los géneros Tobamovirus (TMV), Tospovirus (TSWV), no se detectó la presencia de ellos en las muestras de ají evaluadas. Finalmente, sobre la secuencia de PepSMV-Col y CMV-ají se diseñaron oligos específicos. Se encontró la presencia de PepSMV-Col y CMV-ají en infecciones simples, dobles y triples con un virus DNA, un begomovirus; estas últimas fueron las más frecuentes con un 64,8% en ají habanero, y 40-41% en ají tabasco y cayena, respectivamente. La sintomatología por la triple infección fue la más fuerte y devastadora que la verificada en otro tipo de infecciones. Estos resultados indicarían que posiblemente estas interacciones virales establecen relaciones sinérgicas que exacerban la sintomatología y generar mayores pérdidas en los cultivos de ají, tal y como se observa en campo.