Detección y cuantificación del potato mop-top virus (pmtv) en colombia mediante qrt-pcr

Potato mop-top virus (PMTV) is a re-emerging virus in potato crops in Colombia. It is transmitted by Spongospora subterranea, the causal agent of Powdery scab. Detection of PMTV is difficult due to its irregular distribution in infected plants, low titer and systemic movement of naked RNA. To increa...

Full description

Autores:
García Bastidas, Nevar Alirio
Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés
Marín Montoya, Mauricio Alejandro
Tipo de recurso:
Article of journal
Fecha de publicación:
2013
Institución:
Universidad Nacional de Colombia
Repositorio:
Universidad Nacional de Colombia
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Acceso en línea:
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/42862
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Palabra clave:
6 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Fitopatología
Virología vegetal
RT-PCR en tiempo real
Solanum phureja
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description Potato mop-top virus (PMTV) is a re-emerging virus in potato crops in Colombia. It is transmitted by Spongospora subterranea, the causal agent of Powdery scab. Detection of PMTV is difficult due to its irregular distribution in infected plants, low titer and systemic movement of naked RNA. To increase the number of diagnostic tools available to detect the PMTV strains present in Colombia and to support seed certification schemes, a two-step qRT-PCR test using primers PMTV-1948F/ PMTV-2017R and the Taqman® probe PMTV-1970 targeted to the CP-RT gene of RNA2 from PMTV was evaluated. A standard curve was obtained from in vitro transcripts of a 1513 pb fragment of this gene. The qRT-PCR test was evaluated using Nicotiana benthamiana and Solanum phureja bait plants inoculated with Sss cystosori, root-tissue from plants of potato showing symptoms of Powdery scab in La Unión (Antioquia, Colombia) and commercial tuber seeds. qRT-PCR was able to detect PMTV from roots in 11 out of 20 bait plants; while in the case of field samples 14 out 15 plants tested positive with concentration between 4,72x1011-7,60x1013 viral particles/μL. Finally, PMTV was detected in one out of 16 tuber seeds tested. These results demonstrate that qRT-PCR can be used routinely in the detection of PMTV strains affecting potato in Colombia.
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To increase the number of diagnostic tools available to detect the PMTV strains present in Colombia and to support seed certification schemes, a two-step qRT-PCR test using primers PMTV-1948F/ PMTV-2017R and the Taqman® probe PMTV-1970 targeted to the CP-RT gene of RNA2 from PMTV was evaluated. A standard curve was obtained from in vitro transcripts of a 1513 pb fragment of this gene. The qRT-PCR test was evaluated using Nicotiana benthamiana and Solanum phureja bait plants inoculated with Sss cystosori, root-tissue from plants of potato showing symptoms of Powdery scab in La Unión (Antioquia, Colombia) and commercial tuber seeds. qRT-PCR was able to detect PMTV from roots in 11 out of 20 bait plants; while in the case of field samples 14 out 15 plants tested positive with concentration between 4,72x1011-7,60x1013 viral particles/μL. Finally, PMTV was detected in one out of 16 tuber seeds tested. These results demonstrate that qRT-PCR can be used routinely in the detection of PMTV strains affecting potato in Colombia.El Potato mop-top virus (PMTV) es uno de los virus re-emergentes en cultivos de papa en Colombia. Es transmitido por Spongospora subterranea, el agente causal de la sarna polvosa. La detección del PMTV presenta dificultades debido a su distribución irregular en las plantas, bajo título y movimiento sistémico como ARN desnudo. Con el fin de ampliar el rango de herramientas disponibles para detectar el PMTV en los programas de certificación de tubérculo-semilla, en este estudio se evaluó la prueba de RT-PCR en tiempo real (qRT-PCR) en dos pasos: con los cebadores PMTV-1948F/PMTV-2017R y la sonda Taqman® PMTV-1970, dirigidos al gen CP-RT del ARN2 viral. Se construyó una curva estándar a partir de la transcripción in vitro de un fragmento de 1513 pb de este gen. Posteriormente, se evaluó la utilidad de la técnica a partir de tres tipos de muestras: plantas señuelo de Nicotiana benthamiana y Solanum phureja inoculadas con quistosoros de Sss, raíces de papa con síntomas de sarna polvosa del municipio de La Unión (Antioquia) y tubérculos-semilla. Mediante qRT-PCR fue posible detectar el virus en 11 de las 20 muestras de raíz de plantas señuelo, mientras que 14 de las 15 muestras de raíces de papa resultaron positivas, estimándose una concentración entre 4.72 x 1011 y 7.60 x 1013 partículas virales/μl. Adicionalmente, en el ensayo de tubérculo-semilla se determinó la presencia del PMTV en una de las 16 muestras. Estos resultados indican la viabilidad de utilizar rutinariamente la técnica de qRT-PCR para la detección de PMTV en Colombia.application/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Palmirahttp://revistas.unal.edu.co/index.php/acta_agronomica/article/view/32561Universidad Nacional de Colombia Revistas electrónicas UN Acta AgronómicaActa AgronómicaGarcía Bastidas, Nevar Alirio and Gutiérrez Sánchez, Pablo Andrés and Marín Montoya, Mauricio Alejandro (2013) Detección y cuantificación del potato mop-top virus (pmtv) en colombia mediante qrt-pcr. Acta Agronómica, 69 (2). pp. 120-128. ISSN 2323-01186 Tecnología (ciencias aplicadas) / Technology63 Agricultura y tecnologías relacionadas / AgricultureFitopatologíaVirología vegetalRT-PCR en tiempo realSolanum phurejaSolanum tuberosumSpongospora subterraneaReal time RT-PCRSolanum phurejaSolanum tuberosumSpongospora subterraneaDetección y cuantificación del potato mop-top virus (pmtv) en colombia mediante qrt-pcrArtículo de revistainfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Texthttp://purl.org/redcol/resource_type/ARTORIGINAL32561-120451-1-SP.docapplication/msword74752https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/42862/1/32561-120451-1-SP.doc37ff1a3ef8f75523fbcd640fc5f558f8MD5132561-186990-2-PB.pdfapplication/pdf345740https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/42862/2/32561-186990-2-PB.pdf2e1c3cc2b72dfcd2eb56b6800576784aMD5232561-120449-1-SP.jpgimage/jpeg389075https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/42862/3/32561-120449-1-SP.jpg96b1ce2c993e81f43ca01cc6eb3fbea8MD5332561-120450-1-SP.jpgimage/jpeg311906https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/42862/4/32561-120450-1-SP.jpg3a42d612c56d7882962b274026a33da4MD54THUMBNAIL32561-186990-2-PB.pdf.jpg32561-186990-2-PB.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg8645https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/42862/5/32561-186990-2-PB.pdf.jpg3a986a162318abf34089b717c0e2ef06MD55unal/42862oai:repositorio.unal.edu.co:unal/428622024-02-07 23:08:46.276Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co

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