Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo
La enfermedad del mosaico común de la yuca CCMD puede causar pérdidas de hasta el 30% en la producción. Esta enfermedad es causada por el virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; familia: Alphaflexiviridae) que ha sido registrado en varios países de Suramérica; sin embargo, la diversidad genética...
- Autores:
-
Leiva Sandoval, Ana María
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2015
- Institución:
- Universidad Nacional de Colombia
- Repositorio:
- Universidad Nacional de Colombia
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repositorio.unal.edu.co:unal/53829
- Acceso en línea:
- https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/53829
http://bdigital.unal.edu.co/48501/
- Palabra clave:
- 58 Plantas / Plants
63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture
Secuencias
Potexvirus
Filogenia
Diversidad
Serología
Cebadores
Retro-transcripción
Sequences
Potexvirus
Philogeny
Diversity
Serology
Primers
Retro-transcription.
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial 4.0 Internacional
| id |
UNACIONAL2_bef59a445eb6074f5368870eb2412209 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:repositorio.unal.edu.co:unal/53829 |
| network_acronym_str |
UNACIONAL2 |
| network_name_str |
Universidad Nacional de Colombia |
| repository_id_str |
|
| dc.title.spa.fl_str_mv |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| title |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| spellingShingle |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo 58 Plantas / Plants 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture Secuencias Potexvirus Filogenia Diversidad Serología Cebadores Retro-transcripción Sequences Potexvirus Philogeny Diversity Serology Primers Retro-transcription. |
| title_short |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| title_full |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| title_fullStr |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| title_full_unstemmed |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| title_sort |
Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo |
| dc.creator.fl_str_mv |
Leiva Sandoval, Ana María |
| dc.contributor.author.spa.fl_str_mv |
Leiva Sandoval, Ana María |
| dc.contributor.spa.fl_str_mv |
Cuellar, Wilmer Vaca Vaca, Juan Carlos |
| dc.subject.ddc.spa.fl_str_mv |
58 Plantas / Plants 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture |
| topic |
58 Plantas / Plants 63 Agricultura y tecnologías relacionadas / Agriculture Secuencias Potexvirus Filogenia Diversidad Serología Cebadores Retro-transcripción Sequences Potexvirus Philogeny Diversity Serology Primers Retro-transcription. |
| dc.subject.proposal.spa.fl_str_mv |
Secuencias Potexvirus Filogenia Diversidad Serología Cebadores Retro-transcripción Sequences Potexvirus Philogeny Diversity Serology Primers Retro-transcription. |
| description |
La enfermedad del mosaico común de la yuca CCMD puede causar pérdidas de hasta el 30% en la producción. Esta enfermedad es causada por el virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; familia: Alphaflexiviridae) que ha sido registrado en varios países de Suramérica; sin embargo, la diversidad genética y el estado actual del virus en Colombia es desconocido. El objetivo de este trabajo fue determinar la diversidad genética en este virus y el estado actual del CsCMV en dos departamentos de Colombia (Sucre y Amazonas). En este estudio se evaluaron 217 genotipos de yuca procedentes del campo y 61 accesiones de la colección del Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT). Se realizaron pruebas biológicas observándose variabilidad de síntomas propios del CsCMV, pruebas serológicas y moleculares con las cuales se detectó la presencia de este virus en infecciones simples y en infección mixta con otros virus en plantas de yuca, estableciéndose un nuevo método de diagnóstico por RT-PCR para el CsCMV. Se caracterizaron dos genomas virales completos y se reportaron secuencias virales parciales correspondientes a la replicasa viral (RdRp) y la proteína de la cubierta (CP). De acuerdo con los análisis filogenéticos sobre las secuencias de la RdRp, se evidenció una alta diversidad nucleotídica (π=0,08863) que demarca variabilidad. Las evidencias halladas en este estudio sugieren que existe una amplia diversidad en el CsCMV y que la presión ambiental juega un importante papel en la evolución de este virus. |
| publishDate |
2015 |
| dc.date.issued.spa.fl_str_mv |
2015-05-15 |
| dc.date.accessioned.spa.fl_str_mv |
2019-06-29T18:32:02Z |
| dc.date.available.spa.fl_str_mv |
2019-06-29T18:32:02Z |
| dc.type.spa.fl_str_mv |
Trabajo de grado - Maestría |
| dc.type.driver.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| dc.type.version.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/acceptedVersion |
| dc.type.content.spa.fl_str_mv |
Text |
| dc.type.redcol.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/redcol/resource_type/TM |
| status_str |
acceptedVersion |
| dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/53829 |
| dc.identifier.eprints.spa.fl_str_mv |
http://bdigital.unal.edu.co/48501/ |
| url |
https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/53829 http://bdigital.unal.edu.co/48501/ |
| dc.language.iso.spa.fl_str_mv |
spa |
| language |
spa |
| dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv |
Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira Facultad de Ciencias Agropecuarias Maestría en Ciencias Biológicas Maestría en Ciencias Biológicas |
| dc.relation.references.spa.fl_str_mv |
Leiva Sandoval, Ana María (2015) Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Palmira. |
| dc.rights.spa.fl_str_mv |
Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia |
| dc.rights.coar.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| dc.rights.license.spa.fl_str_mv |
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional |
| dc.rights.uri.spa.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ |
| dc.rights.accessrights.spa.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
Atribución-NoComercial 4.0 Internacional Derechos reservados - Universidad Nacional de Colombia http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv |
application/pdf |
| institution |
Universidad Nacional de Colombia |
| bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/53829/1/Ana_Maria_Leiva.pdf https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/53829/2/Ana_Maria_Leiva.pdf.jpg |
| bitstream.checksum.fl_str_mv |
ef6333d946ee9a65eb9e215f1b879e2f f72ca3f28d7c9e5237e861701f447339 |
| bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
| repository.name.fl_str_mv |
Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombia |
| repository.mail.fl_str_mv |
repositorio_nal@unal.edu.co |
| _version_ |
1814089281405190144 |
| spelling |
Atribución-NoComercial 4.0 InternacionalDerechos reservados - Universidad Nacional de Colombiahttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2Cuellar, WilmerVaca Vaca, Juan CarlosLeiva Sandoval, Ana María13f34138-fb36-411f-9145-22bc0f883f303002019-06-29T18:32:02Z2019-06-29T18:32:02Z2015-05-15https://repositorio.unal.edu.co/handle/unal/53829http://bdigital.unal.edu.co/48501/La enfermedad del mosaico común de la yuca CCMD puede causar pérdidas de hasta el 30% en la producción. Esta enfermedad es causada por el virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; familia: Alphaflexiviridae) que ha sido registrado en varios países de Suramérica; sin embargo, la diversidad genética y el estado actual del virus en Colombia es desconocido. El objetivo de este trabajo fue determinar la diversidad genética en este virus y el estado actual del CsCMV en dos departamentos de Colombia (Sucre y Amazonas). En este estudio se evaluaron 217 genotipos de yuca procedentes del campo y 61 accesiones de la colección del Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT). Se realizaron pruebas biológicas observándose variabilidad de síntomas propios del CsCMV, pruebas serológicas y moleculares con las cuales se detectó la presencia de este virus en infecciones simples y en infección mixta con otros virus en plantas de yuca, estableciéndose un nuevo método de diagnóstico por RT-PCR para el CsCMV. Se caracterizaron dos genomas virales completos y se reportaron secuencias virales parciales correspondientes a la replicasa viral (RdRp) y la proteína de la cubierta (CP). De acuerdo con los análisis filogenéticos sobre las secuencias de la RdRp, se evidenció una alta diversidad nucleotídica (π=0,08863) que demarca variabilidad. Las evidencias halladas en este estudio sugieren que existe una amplia diversidad en el CsCMV y que la presión ambiental juega un importante papel en la evolución de este virus.//Abstract: Cassava common mosaic disease (CCMD) can cause up to 30% of yield lost. This disease is caused by the common mosaic Cassava virus (CsCMV; family: Alphaflexiviridae) which has been registered in several South American countries. However, the genetic diversity and the current status of the virus in Colombia is still unknown. The objective of this study was to assess the genetic diversity of this virus and the current status of the CsCMV in two Colombian departments (Sucre and Amazonas). We evaluated 278 cassava genotypes collected from the field, 61 of them from the International Center of Tropical Agriculture (CIAT) collection. We inoculated the virus in susceptible host plants, and observed variability in the CsCMV characteristic symptoms, suggesting that there is variability in the virus. Also, we evaluated the presence of the virus in single and mixed infections with other virus in cassava genotypes by performing serological and molecular tests, and aCsCMV new diagnostic method based on with RTPCR was developed. We characterized two complete viral genomes and reported partial virus sequences corresponding to the viral replicase (RdRp) and the coat protein (CP). The phylogenetic analysis with the viral RdRp sequences and the high nucleotide diversity (π=0.08863) suggested a high virus genetic diversity, and an overall tendency for high mutation rate, which does not affect the function of the protein (X/Y=Z). We suggest that the selection force acting on the virus from the CIAT‟s collection is neutral, meanwhile the for field genotypes they have a selection purifying tendency. This difference in type of selection may be possibly due to environmental pressure.Maestríaapplication/pdfspaUniversidad Nacional de Colombia Sede Palmira Facultad de Ciencias Agropecuarias Maestría en Ciencias BiológicasMaestría en Ciencias BiológicasLeiva Sandoval, Ana María (2015) Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completo. Maestría thesis, Universidad Nacional de Colombia - Sede Palmira.58 Plantas / Plants63 Agricultura y tecnologías relacionadas / AgricultureSecuenciasPotexvirusFilogeniaDiversidadSerologíaCebadoresRetro-transcripciónSequencesPotexvirusPhilogenyDiversitySerologyPrimersRetro-transcription.Análisis de diversidad de aislados latinoamericanos del virus del mosaico común de la yuca (CsCMV; Género Potexvirus) caracterización biológica, diagnóstico molecular y obtención de genoma completoTrabajo de grado - Maestríainfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionTexthttp://purl.org/redcol/resource_type/TMORIGINALAna_Maria_Leiva.pdfapplication/pdf2901681https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/53829/1/Ana_Maria_Leiva.pdfef6333d946ee9a65eb9e215f1b879e2fMD51THUMBNAILAna_Maria_Leiva.pdf.jpgAna_Maria_Leiva.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4383https://repositorio.unal.edu.co/bitstream/unal/53829/2/Ana_Maria_Leiva.pdf.jpgf72ca3f28d7c9e5237e861701f447339MD52unal/53829oai:repositorio.unal.edu.co:unal/538292024-03-09 23:07:57.784Repositorio Institucional Universidad Nacional de Colombiarepositorio_nal@unal.edu.co |